mardi 30 septembre 2014

Introduction à une semaine de dialogues #OGM

[caption id="attachment_2513" align="aligncenter" width="150"]cliquez sur l'image (rapport très vague avec le texte, mais BD amusante) cliquez sur l'image (rapport très vague avec le texte, mais BD amusante)[/caption]

Après un silence saisonnier (septembre, mois des étudiants qui rentrent et qui me donnent du boulot), voici un projet que je prépare depuis un moment. J'ai plusieurs fois parlé des OGM sur ce blog, mais toujours à la première personne. Or même si j'essaye d'être objectif et de couvrir les différents éléments et types d'évidence, je ne donne qu'un point de vue. Et en discutant avec mes collègues, je vois bien qu'il y en a plusieurs, des points de vue. En partie parce que, comme tout le monde, on peut avoir des philosophies politiques différentes. En surtout parce que selon l'aspect du monde que l'on étudie, on met l'accent sur des aspects différents, et ce biais professionnel colore notre vision du monde. Je trouve très intéressant aussi le décalage entre les différences de point de vue chez les biologistes, qui existent, et le débat dans la société, qui est beaucoup plus polarisé et marqué.

J'ai donc proposé sur l'été à 7 collègues biologiste de discuter des OGM. Il ne s'agit pas d'interviews au sens classique, et j'ai choisi de les appeler "dialogues" parce que c'est ce que nous avons fait. Le mode opératoire a été le suivant : on s'est assis ensemble avec 2 ordinateurs, avec un même document ouvert dans Google Docs. Je tapais des questions, eux des réponses, en même temps que nous discutions pour clarifier des points ou orienter la discussion ; en moyenne ça a pris une grosse heure par personne.

J'ai choisi mes collègues sur deux critères très subjectifs : représenter différents points de vue et approches de la biologie pertinents aux OGM ; et que j'ai une bonne relation avec eux, permettant un dialogue détendu. Ils sont tous de ma Faculté de Biologie et Médecine à l'Université de Lausanne, dans les départements de Biologie moléculaire des plantes, de Microbiologie fondamentale, de Génomique intégrative, et d'Ecologie et évolution (comme moi).

Je vais maintenant poster ces billets à raison d'un par jour, avec pause le week-end. Je met ci-dessous l'ordre prévu, qui pourra être modifié si un collègue me le demande en dernière minute. J'étais parti sur l'ordre alphabétique, légèrement modifié suite à certaines indisponibilités. J'ai demandé à mes collègues d'être disponibles pour répondre aux commentaires, mais ils n'ont pas pour la plupart l'habitude du médium blog, alors on va voir comment ça se passe. Ah et puis je n'ai pas voulu leur choisir une BD chacun, alors ils seront chacun illustré par un organisme sur lequel ils travaillent ou ont travaillé.

L'ordre prévu est (avec liens au fur et à mesure de publication) :

(* rien à voir avec la NASA, répartition des espèces dans les montagnes.)

(Et si vous êtes lecteur régulier de ce blog : Jérôme m'a suggéré ce billet ; Christian F. m'a envoyé les commentaires pris en compte ici ; je parle du travail d'Ian dans ce billet.)

Voilà, j'espère que vous apprendrez des choses.

Mise à jour : le bilan de ces dialogues ici.

mercredi 3 septembre 2014

Manipuler les champignons pour mieux cultiver le manioc

[caption id="attachment_2467" align="aligncenter" width="150"]cliquez sur l'image pour savoir comment Superman peut sauver le monde cliquez sur l'image pour savoir comment Superman peut sauver le monde[/caption]

Il y a un article d'un collègue dont je voulais parler depuis un an. Comme je n'ai jamais trouvé le temps d'en parler longuement, je vais en parler rapidement, ça me donnera une excuse pour revenir sur le sujet quand il aura de nouveaux résultats publiés.

Les champignons mycorhiziens (arbuscular mycorrhizal fungi : AMF) sont des champignons qui vivent en symbiose avec des plantes (très bon article dans Wikipedia francophone pour une fois). On sait depuis longtemps que la présence de ces champignons améliore la productivité des plantes au labo. Le groupe de mon collègue, Ian Sanders, et d'autres ont aussi montré au labo que différentes variétés de la même espèce de champignons avaient une efficacité différente sur la croissance et la productivité des plantes. Mais le défi qui leur était présenté était de montrer que ceci était pertinent à l'agriculture réelle, hors du labo.

Ian a donc échangé son chapeau de chercheur fondamental en écologie pour celui du chercheur appliqué en agronomie (je vous rassure, il fait encore du fondamental aussi), et a trouvé une collaboration avec la Colombie. Pourquoi là-bas ? Une bonne raison est que l'on s'attend à ce que les AMF fassent davantage de différence dans les sols acides typiques des pays tropicaux humides, pour lesquels de nombreux engrais (phosphates, nitrates) sont typiquement nécessaires pour augmenter la productivité. Et parce qu'en Colombie on étudie la culture du manioc, qui est une culture vivrière dans de très nombreux pays pauvres.

Et le résultat dont je voulais parler, publié en août 2013 dans PLOS One, est que oui l'innoculation de champignons AMF cultivés, sur du manioc en plein champ, améliore la productivité :

[caption id="attachment_2466" align="aligncenter" width="150"]Effet de l'ajout d'AMF (barres noires). En (b) remarquer que l'ajout de phosphate (gauche à droite) améliore aussi, mais l'AMF peut compenser zero phosphate ajouté. Effet de l'ajout d'AMF (barres noires). En (b) remarquer que l'ajout de phosphate (gauche à droite) améliore aussi, mais l'AMF peut compenser zero phosphate ajouté.[/caption]

Alors ce n'est qu'une première étude, d'autres sont en cours, mais les colombiens qui travaillent avec Ian sont très enthousiastes, et il y a aussi une collaboration avec une compagnie qui peut potentiellement produire en quantité industrielle les AMF le jour où le bon mélange est trouvé. Il y a aussi un projet parallèle qui démarre en Afrique.

Maintenant que je me suis lancé sur le sujet, j'espère bien que je trouverais le temps d'y revenir. :-)

Mise à jour : il y a eu un excellent article là-dessus sur le site de PBS, la télévision publique américaine (en anglais donc) : The next revolution may rely on microbes.

lundi 1 septembre 2014

C'est la rentrée, rappel de mes billets les plus lus de l'été

[caption id="attachment_2459" align="aligncenter" width="150"]cliquez pour voir le conte d'été cliquez pour voir le conte d'été[/caption]

C'est la rentrée en France, une semaine après les vaudois, et je vois bien sur internet que ça redémarre de partout. Alors pour ceux qui ont raté l'actualité pendant leur tour de l'Arctique en solitaire à la rame, voici un rappel de mes billets les plus lus de cet été :

  1. Des lobbies proposent de supprimer le conseiller scientifique à la commission européenne

  2. Mon index Kardashian est de 1.39

  3. Pourquoi je suis favorable à l’enseignement de la programmation à l’école

  4. Faut-il arrêter de citer Feynman s’il était un gros cochon sexiste ?

  5. Les généticiens ne sont pas d’accord pour être instrumentalisés par un raciste

  6. Des complotistes et de l’expertise scientifique (#chemtrails, #OGM, #climat etc)


Il semble qu'il se soit aussi passé des choses pas couvertes sur ce blog, mais je vous laisse trouver ça tout seuls.