tag:blogger.com,1999:blog-21398722140927195612024-03-13T09:46:04.789+01:00Tout se passe comme siCe blog a déménagé au C@afé des Sciencesmrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.comBlogger274125tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-79510210277083030232019-01-14T18:45:00.000+01:002020-10-14T14:52:46.710+02:00Thread: pour être scientifique un résultat doit être reproductible dans
des conditions différentes, même si c'est Séralini sur les OGM<blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Je voudrais revenir un peu sur l’argument utilisé par <a href="https://twitter.com/hashtag/Seralini?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#Seralini</a> et ses défenseurs pour contrer les études invalidant ses résultats de 2012 : thread. <a href="https://twitter.com/hashtag/OGM?src=hash&ref_src=twsrc%5Etfw">#OGM</a></p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813473698271234?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Un point qui revient souvent c'est que les nouvelles études ne seraient pas pertinentes car elles ne reproduiraient pas exactement le protocole de l'étude d'origine (variétés de rat différentes, durée différente, etc).</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813506229256192?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Par exemple ici <a href="https://t.co/s12isTAr8c">https://t.co/s12isTAr8c</a><br>(par ailleurs cette interview de Séralini est un tel naufrage intellectuel que cela vaut-il la peine de la décortiquer ?)</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813556053434368?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Or ce qui caractérise un résultat scientifique, par rapport à une observation isolée par exemple, c'est sa généralité.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813584155230208?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Généralité qui est bien illustrée par l'intérêt porté à l'étude de 2012 : ce qui intéressait tout le monde, ce n'était pas qu'un rat en particulier avait une tumeur, mais que "les OGM" donnaient "des cancers”, sous entendu pas qu’aux rats mais aussi à d’autres espèces.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813613297295360?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Si je dis "je vois des nuages par la fenêtre" ce n'est pas une observation scientifique. Ce n'est ni reproduit ni invalidé par le fait qu'une autre personne, à un autre endroit ou à un autre moment, voit des nuages par la fenêtre.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813655533867008?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Par contre si je dis "à Lausanne il y a une couverture nuageuse plus importante en décembre qu'en juillet", c'est général, c'est testable. C’est une observation scientifique.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813688719245313?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Et le test est reproductible, avec différentes conditions et critères du moment qu’ils testent cette hypothèse. On peut mesurer les nuages par satellite ou par observation directe, on peut faire 1 mesure/jour tjs à la même heure ou mesurer 4 jours au hasard sur 24h, etc.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813735460507650?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Si l’affirmation de départ est générale et robuste, elle doit résister à des tentatives de reproduction dans différentes circonstances.</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813816834203649?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote><br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="fr" dir="ltr">Bref, une fois de plus le seule utilité du “travail” de Séralini est d’illustrer la démarche scientifique par l’absurde. /fin</p>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1084813857409982464?ref_src=twsrc%5Etfw">January 14, 2019</a></blockquote>mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com7tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-90508792051922232402019-01-09T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:46.347+02:00Thread: Paradoxe de Monty Hall et nature des probabilitésLes personnes les plus observatrices auront remarqué que ce blog, comme pas mal d'autres d'ailleurs, n'est plus très actif.<br/><br/>Pour 2019, j'ai décidé d'essayer de faire quelques expériences mélangeant les types de communication. Je commence par un thread Twitter : je suis nettement plus actif sur Twitter que sur ce blog, et du coup en collant le thread (série de tweets qui se suivent) ici, je fais d'une pierre deux coups : les personnes qui ne lisent pas Twitter ont accès ici, et le thread est facile à retrouver.<br/><br/>La question de départ concerne le <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Probl%C3%A8me_de_Monty_Hall">paradoxe de Monty Hall, que vous trouvez facilement sur Wikipedia</a>.<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Je réagis un peu tard, mais : ce paradoxe illustre un point fondamental sur les probabilités, qui est qu’elles ne représentent les relations causales dans le monde indépendamment de nous, mais plutôt l’état de notre information.</p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1082731760545394689?ref_src=twsrc%5Etfw">January 8, 2019</a></blockquote><br/><a href="https://platform.twitter.com/widgets.js">https://platform.twitter.com/widgets.js</a><br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">C’est bien illustré par cette extrait de Probability theory - The logic of science de E.T. Jaynes <a href="https://t.co/y8xudWOcju">pic.twitter.com/y8xudWOcju</a></p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1082731885372080128?ref_src=twsrc%5Etfw">January 8, 2019</a></blockquote><br/><a href="https://platform.twitter.com/widgets.js">https://platform.twitter.com/widgets.js</a><br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Je pense que la citation de Jaynes est importante car ce qui fait le sentiment de paradoxe est justement ce “mind projection falacy” où on pense que les probabilités dues à notre information partielles correspondent à des relations causales dans le monde physique.</p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/1082732403964153856?ref_src=twsrc%5Etfw">January 8, 2019</a></blockquote><br/><a href="https://platform.twitter.com/widgets.js">https://platform.twitter.com/widgets.js</a><br/><br/>La première fois qu'on m'a posé ce paradoxe je me suis bien planté, et c'est grâce à ce livre que je pense avoir compris.<br/><br/>Mise à jour : vous pouvez commenter soit ici, soit sur Twitter. ;-)mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com8tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-76086117612088323532017-09-01T10:30:00.000+02:002020-10-14T14:52:46.056+02:00CRISPR-Cas est-il larmarckien ?Suite à un tweet de Sacha Schutz (<a href="http://dridk.me">bloggeur cafe-sciences aussi</a>), j'ai eu une petite discussion Twitter sur CRISPR-Cas et le larmarckisme. Cela me donne une bonne excuse pour reprendre ce blog.<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr"><a href="https://twitter.com/hashtag/CRISPR?src=hash">#CRISPR</a> chez les bactéries = la revenche de <a href="https://twitter.com/hashtag/Lamarck?src=hash">#Lamarck</a> sur <a href="https://twitter.com/hashtag/Darwin?src=hash">#Darwin</a>. <a href="https://t.co/GALHu8B2Ep">https://t.co/GALHu8B2Ep</a></p><br/>— Sacha schutz (@dridk) <a href="https://twitter.com/dridk/status/903036670030831617">30 août 2017</a></blockquote><br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Je trouve bizarre de dire que c’est Lamarck vs Darwin.<br/>Darwin pensait lui aussi qu’il y avait hérédité des caractères acquis.</p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/903214580754771968">31 août 2017</a></blockquote><br/>Le point de départ est un article dans Médecine/Sciences sur le <a href="https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/full_html/2016/07/medsci20163206p640/medsci20163206p640.html">CRISPR "et évolution lamarckienne d’un système immunitaire adaptatif"</a>. Il y a eu toute une discussion sur Twitter, que vous pouvez aller lire, y compris avec l'un des auteurs, <a href="https://twitter.com/p_laurenti">Patrick Laurenti</a>. Et vous pouvez suivre les liens de l'article Médecine/Sciences pour les explications sur CRISPR-Cas.<br/><br/>Qu'est-ce qui me gène dans cet article ? Il utilise une définition courante du lamarckisme, à savoir l'hérédité des caractères acquis. Mais l'hérédité des caractères acquis était la théorie dominante en génétique, avec l'hérédité par mélange, avant pendant après Lamarck, ça ne lui était pas spécifique. C'était d'ailleurs explicitement défendu par Darwin. A tel point que lorsque les lois de Mendel ont été redécouvertes, il a fallu pas mal d'efforts pour convaincre les biologistes que Mendel et Darwin étaient compatibles (<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Modern_synthesis">Wikipedia en anglais</a> est bien là-dessus). (Si on veut être pédant, on peut aussi noter que la fameuse séparation lignée germinale - lignée somatique n'existe pas chez les plantes, qui pourtant ont joyeusement de l'évolution darwinienne.)<br/><br/>On peut rappeler en passant que la théorie de Lamarck n'a eu aucun impact sur la recherche en biologie, et n'est donc pas une erreur féconde ou importante. Je pense qu'on ne s'en rappelle que parce que c'est un outil pédagogique pour enseigner l'évolution darwinienne.<br/><br/>Ceci dit, si on veut discuter du lamarckisme, il faut noter qu'il est basé sur deux forces, ou tendances, supposées du vivant :<br/><ul><br/> <li>une tendance à se complexifier (qui est fausse mais expliquerait pourquoi on voit des animaux et plantes complexes) ;</li><br/> <li>une tendance à l'adaptation (qui expliquerait que les organismes soient adaptés à leur environnement – ce qu'explique la sélection naturelle au final).</li><br/></ul><br/>CRISPR-Cas présente un cas intéressant où, pour une adaptation très spécifique et limitée, il peut y avoir des mutations héréditaires qui sont préférentiellement celles qui sont utiles, ce qui penche en effet un peu dans le sens de la deuxième force de Lamarck. Toutefois, il reste que même lorsque de l'ADN externe est incorporé en priorité à l'ADN de la bactérie que dont on cause de son CRISPR, il n'y a pas biais à ma connaissance vers de l'ADN de pathogènes dangeureux pour la bactérie. <strong>La probabilité de la mutation ne dépend pas de son effet sur la bactérie</strong>.<br/><br/>Et puis il n'y a toujours pas tendance à la complexification.<br/><br/>Donc je pense qu'appeler le CRISPR-Cas lamarckien, en invocant une théorie qui n'a jamais été utile, ne rend pas service ni ne permet de clarifier les choses.<br/><br/>Voilà pourquoi je râlais sur Twitter.<br/><br/>La prochaine fois j'essayerais de bloguer quelque chose de plus constructif. ;-)<br/><br/>Note au 13 novembre : excellent article <a href="http://www.encyclopedie-environnement.org/vivant/lamarck-darwin-deux-visions-divergentes-monde-vivant/">"Lamarck et Darwin : deux visions divergentes du monde vivant"</a> par Jean-Claude Bregliano à L’Encyclopédie de l’environnement de l’Université Grenoble Alpes.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-63180779614460578252017-07-03T19:30:00.000+02:002020-10-14T14:52:45.429+02:00Pourquoi les journalistes combattent-ils le libre accès aux articles
scientifiques ?Il y a eu récemment un <a href="https://www.theguardian.com/science/2017/jun/27/profitable-business-scientific-publishing-bad-for-science">excellent article dans The Guardian</a> sur la mise en place du système de publication scientifique que nous avons à présent, dans lequel un petit nombre de maisons d'éditions exploitent le travail non rémunéré des chercheurs pour vendre les articles scientifiques aux bibliothèques dans un marché de monopole, en interdisant l'usage libre dédits articles. Déjà, <a href="https://www.theguardian.com/science/2017/jun/27/profitable-business-scientific-publishing-bad-for-science">lisez l'article</a> si vous lisez l'anglais, c'est très intéressant pour ceux que ces choses intéressent.<br/><br/>Une solution poussée par une partie de la communauté scientifique depuis des années est l'open access, ou libre accès. Dans ce modèle, les articles scientifiques sont en accès gratuit immédiat, et sous licence "<a href="http://creativecommons.fr">creative commons</a>" permettant l'usage dans des livres, articles, encyclopédies, cours, etc. Les frais de publication sont soit couverts par une fondation, soit payés par les auteurs lors de la publication. Ce qui peut paraître surprenant, mais les chercheurs ne sont de toutes façons pas payés pour publier, et dans beaucoup de cas on paye (sur les finances des laboratoires) pour publier sans que soit en libre accès. Voir discussions précédentes par exemple ici et liens inclus :<br/><br/>http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/12/01/moi-qui-vous-cause-je-parle-d-open-access/<br/><br/>Tout ça pour dire qu'en lisant l'article du Guardian, je me demandais pourquoi il y a si peu de soutien pour l'open access dans les journaux français. Non seulement on ne voit jamais d'articles comme celui-là, mais on a régulièrement des chroniques comme celle-ci :<br/><br/>http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2017/05/24/une-revue-scientifique-prise-au-piege-dun-canular-sur-le-penis/<br/><br/>Dans lesquelles l'open access est assimilé à de la sous-science, à un problème à régler, et non à une tentative récente de réparer un système cassé. Je me permet de renvoyer à mon billet <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/03/26/lopen-access-ne-nuit-pas-a-la-qualite-scientifique/">L’open access ne nuit pas à la qualité scientifique</a>.<br/><br/>Nous avons donc d'un coté de grandes maisons d'éditions privées, qui font des marges de bénéfices parmi les plus élevées du monde (dans les 30-40%, plus qu'Apple ou Total), qui prennent le travail des chercheurs fonctionnaires, le verrouillent derrière des "droit d'auteurs" abusifs qui ne protègent que les sociétés d'édition et pas les auteurs, revendent cette connaissance scientifique accumulée à des prix prohibitifs en constante augmentation aux universités et aux bibliothèques, et bloquent toute tentative de partage de la connaissance avec le reste de la société.<br/><br/>Et de l'autre coté des journaux qui rendent toute la connaissance immédiatement disponible et réutilisable à tous, et qui sont en concurrence directe sur les frais de publication (si je choisis où publier, il y a marché libre ; si je dois lire un certain article, il y a monopole).<br/><br/>Les journalistes scientifiques soutiennent donc évidemment les deuxièmes, non ?<br/><br/>Si non, ils sont prudemment neutres ?<br/><br/>Non et non, ils avalent chaque canular et attaque injuste des éditeurs traditionnels, répandent chaque rumeur injuste sur l'open access, et ne donnent presque aucun écho au scandale des frais d'abonnement négociés en secret :<br/><br/><a href="http://tempsreel.nouvelobs.com/rue89/rue89-nos-vies-connectees/20141110.RUE6560/la-france-prefere-payer-deux-fois-pour-les-articles-de-ses-chercheurs.html">La France préfère payer (deux fois) pour les articles de ses chercheurs</a><br/><br/>(mon <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/11/11/le-scandale-des-abonnements-de-revues-scientifiques-eclate-au-grand-jour/">commentaire ici</a>)<br/><br/>Que faudra-t-il pour que les journalistes francophones soutiennent l'effort historique pour rendre toute la recherche scientifique libre et accessible à tous ?mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-92119507519511698352017-06-29T10:30:00.000+02:002020-10-14T14:52:45.718+02:00L'hypocrisie du débat sur la vaccination obligatoireSuite à la proposition de la ministre de la santé française de rendre davantage de vaccins obligatoires (<a href="http://www.lemonde.fr/sante/article/2017/06/16/la-ministre-de-la-sante-envisage-de-rendre-onze-vaccins-obligatoires_5145311_1651302.html">Le Monde</a>), le débat sur la vaccination obligatoire est reparti. Par exemple une tribune, à nouveau dans Le Monde :<br/><br/>« <a href="http://www.lemonde.fr/idees/article/2017/06/28/vaccins-l-obligation-n-est-pas-la-solution_5152151_3232.html">Au sujet des vaccins, l’obligation n’est pas la solution</a> » par Luc Perino.<br/><br/>(On <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/30/publier-des-tribunes-de-chercheurs-sous-abonnement-payant-pourquoi/">remarque à nouveau</a> que les tribunes écrites par des chercheurs, médecins, etc, dans Le Monde sont systématiquement réservées aux abonnés. Pourquoi ne pas rendre ces tribunes accessibles, si pas du point du vue du Monde, de celui des auteurs ?)<br/><br/>Ce qui me frappe, c'est que l'on ne voit pas tant de débats "raisonnables" sur l'obligation de la ceinture de sécurité, de ne pas vendre de tabac et d'alcool aux mineurs, l'obligation d'indiquer des dates de péremption, etc. C'est seulement là où il y a un mouvement social anti mesure de sécurité, qui se trouve être anti-scientifique, que l'on a ce type de débats. Alors lorsque l'on "pose juste la question", on ne soutient pas ces mouvements explicitement. Mais on leur donne une légitimité en tant que partenaire de débat raisonnable. Légitimité qu'ils n'ont pas plus que les créationistes ou les dénialistes du lien SIDA-HIV.<br/><br/>On pourra toujours discuter de la limite de ce qui est obligatoire ou simplement recommandé dans chaque société, et ces limites changent avec le temps et les moeurs. Mais les vaccins sauvent des vies et ont des effets secondaires négligeables, et si on est dans une société où les risques sont minimisés (à outrance parfois avec le principe de précaution qui reste pour des techniques pas si neuves) et la santé est vue comme une valeur cardinale, alors il n'y a aucune cohérence à ne pas rendre et garder les vaccins obligatoires.<br/><br/>Après avoir écrit ce billet, j'ai trouvé cette excellente tribune :<br/><br/>"<a href="http://www.leparisien.fr/societe/200-grands-medecins-s-engagent-en-faveur-de-la-vaccination-obligatoire-28-06-2017-7095930.php">200 grands médecins s'engagent en faveur de la vaccination obligatoire</a>" Le Parisien (et libre d'accès)<br/><br/>Sinon on va interdire le glyphosate parce que peut-être parfois ça donnerait des cancers, rendre obligatoire dans les cantines une alimentation bio sans bénéfice démontré, reconduire l'état d'urgence <em>ad vitam aeternam</em>, mais on va laisser des gens répandre des maladies dangereuses parce que la liberté est plus importante que la sécurité collective ?<br/><br/>Pour finir, si vous comprenez l'anglais, l'excellent comédien John Oliver sur les vaccins :<br/><br/>[youtube https://www.youtube.com/watch?v=7VG_s2PCH_c]mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com7tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-43375709722698404212017-01-06T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:44.564+02:00Ne mélangez pas "il n'y a pas un gène pour ça" et "ce n'est pas
génétique"[caption id="attachment_3366" align="alignnone" width="500"]<a href="http://www.ebi.ac.uk/gwas/diagram"><img class="wp-image-3366 size-large" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2017/01/gwas2016-1024x559.jpg" width="500" height="273" /></a> Carte des résultats les plus significatifs pour divers traits sur le génome humain. Cliquez pour l'original interactif.[/caption]<br/><br/>Entre les années 1970 et 2000, il y a eu une mode de recherche de gènes "pour" des tas de caractères compliqués, du style l'obésité, l'intelligence, la réussite, l'homosexualité, la tendance à <a href="http://www.theallium.com/biology/genome-study-finds-gene-believing-genome-studies/">chercher des gènes</a>, etc. Et en contre partie, les critiques de ces études mettaient en exergue le fait que ces traits ne soient pas déterminés par les gènes. Exceptionnellement, les deux extrêmes avaient tort, et la vérité est plus complexe.<br/><br/><a href="https://scholar.google.com/scholar?q=%22gene+for%22"><img class="alignnone size-medium wp-image-3340" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/12/googlescholar_genefor-300x199.jpg" alt="" width="300" height="199" /></a><br/><br/>Pour comprendre la discussion, prenons un exemple moins controversé : la taille. Qui plus est, c'est facile à mesurer sans ambiguïté, contrairement à l'intelligence ou l'orientation sexuelle.<br/><ul><br/> <li>La taille a une composante héréditaire : si les parents sont plus petits, les enfants sont plus petits.</li><br/> <li>Cette composante héréditaire n'est pas due juste à un environnement partagé, mais bien à une part génétique : mêmes adoptés, même dans un environnement très différent, des enfants auront une taille plus grande si leurs parents sont plus grands.</li><br/> <li>Mais il y a aussi une part environnementale : si des enfants grandissent avec plus ou moins à manger, une nourriture plus ou moins diversifiée, plus ou mois accès aux soins ou pas, etc, ils seront plus ou moins grands ; ce qui est illustré par l'augmentation de taille de la population de chaque pays lorsqu'il se modernise : ce n'est pas la composante génétique qui change.</li><br/> <li>Mais mais, il n'y a <strong>pas un gène de la taille</strong> ! La taille est le résultat de nombreux effets, interactions entre de nombreux gènes et de nombreux facteurs environnementaux.</li><br/></ul><br/>Avec cet exemple, on voit que ce n'est pas un simple choix "il y a un gène qui détermine", ou "ce n'est pas génétique". De nombreux gènes influencent la taille, et c'est le cas pour la plupart des caractéristiques complexes qui sont intéressantes. Chacun de ces gènes a une contribution individuelle très mineure : il n'y a même pas 5 ou 10 "gènes de la taille".<br/><br/>En fait, tellement de gènes sont impliqués, avec de si faibles contributions, que lorsque l'on a commencé à faire des études grande échelle de recherche des gènes impliqués dans la taille, on n'a presque rien trouvé. Alors avec d'un coté une composante héréditaire claire, d'autre part pas de gènes détectés, on a parlé d'<a href="https://scholar.google.com/scholar?q=missing+heritability">hérédité manquante</a>. Il y a eu beaucoup de spéculations sur le rôle des interactions entre gènes ou autres phénomènes pouvant expliquer la différence entre rôle des gènes détectés (peu) et hérédité (élevée). En fait, c'est juste que les effets sont tellement faibles qu'il faut beaucoup de données pour les mesurer avec confiance, donc des études avec les génomes de beaucoup de personnes : 253'288 individus pour trouver 697 variants génétiques qui expliquent 1/5ème de la variation de taille dans <a href="http://www.nature.com/ng/journal/v46/n11/abs/ng.3097.html">Wood et al 2014</a> ; "seulement" 44'126 individus, mais avec de meilleures données génomiques (séquences complètes et non variants prédéfinis) et une meilleure méthode pour expliquer 56% de la variation de taille avec ... 17 millions de variants génétiques dans <a href="http://www.nature.com/ng/journal/v47/n10/full/ng.3390.html">Yang et al 2015</a>. Il y a bien un effet génétique fort (56%), mais qui n'est absolument pas attribuable à un ou quelques gènes (dix-sept millions de variations !).<br/><br/>Et c'est là qu'on peut revenir aux débats sur "le gène de l'intelligence". Il est clair que des traits tels que l'intelligence, à supposer que l'on puisse les définir objectivement, sont le résultat de l'interaction de nombreux effets, et que certains seront génétiques et d'autres environnementaux. Il est donc illusoire de chercher "le gène". Mais il est également illusoire de penser qu'il n'y a pas de part génétique.<br/><br/>Cette dernière phrase peut être surprenante pour beaucoup de gens, en tous cas dans mon expérience. Il y a l'idée que de reconnaître une part génétique de traits importants socialement serait inégalitaire ou déterministe. Et une résistance de certains en sciences humaines à l'idée que la biologie serait pertinente à comprendre le comportement humain.<br/><br/>Pour le déterminisme, reprenons l'exemple de la taille : face à l'héritabilité importante de la taille, serait-il justifié qu'il ne sert à rien de bien nourrir les enfants pour les aider à grandir ? Non, tout le monde grandira mieux s'il est bien nourri. Par exemple les français semblent avoir gagné 5 cm en moyenne entre 1960 et 1990 (<a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Taille_(anthropom%C3%A9trie)#.C3.89volution_de_la_taille_moyenne_au_XXe.C2.A0si.C3.A8cle">Wikipedia</a>) (à noter aussi pour tous les nostalgiques qui pensent qu'on était tellement plus sains avant). De même, ce n'est pas parce qu'il y a des facteurs génétiques pour des traits comportementaux complexes qu'il y a une fatalité. Et de toutes façons, s'il y a une composante génétique il y en a une, que ça fasse plaisir ou non.<br/><br/>Alors y a-t-il des éléments de preuve pour une composante génétique pour l'intelligence ? L'intelligence en soi c'est très difficile à définir objectivement, mais il commence à y avoir des éléments concernant des traits de ce type. C'est un domaine en évolution rapide, donc résultats à prendre avec des pincettes, surtout si vous tombez sur ce billet quelques temps après sa publication en janvier 2017.<br/><br/><a href="http://www.nature.com/nature/journal/v533/n7604/full/nature17671.html">Okbay et al 2016</a> ont étudié 293'723 personnes (avec réplication des résultats dans un autre groupe de 111'349 personnes). Ils ont trouvé 74 variations dans le génome qui sont associées au nombre d'années d'études. De manière intéressante, ces variations sont surtout dans des gènes actifs dans le développement embryonnaire du cerveau. Ce qui tend à conforter l'idée que ce soient des résultats pertinents et non dus au hasard.<br/><br/>Approche différente : des régions du génome peuvent être manquantes ou au contraire en double chez certaines personnes. On les appelle <em>Copy Number Variants</em>. <a href="http://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2297168">Männik et al 2015</a> ont caractérisé chez 7877 estoniens en bonne santé ces <em>Copy Number Variants</em> et ont trouvé que les personnes ayant de gros morceaux d'ADN en trop ou pas assez avaient moins bien réussi leurs études que les autres personnes.<br/><br/>Enfin, <a href="http://www.nature.com/neuro/journal/v19/n12/full/nn.4404.html">Ganna et al 2016</a> ont cherché les variations génétiques très rares (observées une seule fois jusqu'ici), dans 14'133 personnes. Ils trouvent que les personnes ayant des mutations affectant la fonction d'un gène ont une réussite éducative plus faible, et ceci spécifiquement pour les gènes actifs dans le cerveau.<br/><br/>Au final, les humains sont des animaux, et il n'y a pas de raison de penser que notre comportement et nos capacités ne soient pas en partie génétiques. En acceptant cela, il faut garder à l'esprit que :<br/><ol><br/> <li>nous sommes chacun le résultat d'une interaction génome x environnement ;</li><br/> <li>ce n'est pas pour autant qu'il existe un "gène pour X" ;</li><br/> <li>détecter ces composantes génétiques est très difficile, et nous n'en sommes qu'au début, donc prendre chaque résultat individuel avec des pincettes (y compris les exemples donnés ici) ;</li><br/> <li>et donc ne pas croire tout titre provocateur "l'intelligence vient de la mère" ou je ne sais quoi ;</li><br/> <li>la variation génétique <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/07/a-propos-de-races-humaine-et-de-tolerance-au-lactose/">ne correspond pas aux "races"</a> traditionnelles (qui ne correspondent <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2012/03/16/races-and-genetique-cest-reparti/">d'ailleurs à rien</a>).</li><br/></ol>mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com21tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-25026747404639111902017-01-03T10:00:00.000+01:002020-10-14T14:52:45.298+02:00Billet invité : revue du livre "Conflits intérieurs"<em>Hébergement exceptionnel d'un billet par un collègue, <a href="http://lab.dessimoz.org/">Christophe Dessimoz</a>, qui n'a pas de blog francophone : sa revue d'un roman scientifique qui lui a particulièrement plu.</em><br/><br/><img class="alignnone size-medium wp-image-3337" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/12/41DnrLAKvTL-205x300.jpg" alt="" width="205" height="300" /><br/><br/>"<a href="http://materiologiques.com/essais-2427-4933/207-conflits-interieurs-9782919694891.html">Conflits Intérieurs</a>"<br/>écrit par Eric Bapteste<br/>publié aux Editions Matériologiques, 2015, €15 (papier) €9 (ebook)<br/><br/>Pour mieux s'en sortir, vaut-il mieux de rivaliser ou coopérer? Cette question fondamentale se pose dès lors qu'il y a des interactions entre agents—qu'il s'agisse d'individus, d'entreprises, ou de peuples. Et il en va de même à travers tout le vivant. Dans son roman "Conflits Intérieurs", le biologiste Éric Bapteste donne une place centrale à la réalisation récente de l'extraordinaire complexité des interactions à tous les niveaux biologiques.<br/><br/>Par exemple, chacun d'entre nous porte entre une et dix bactéries pour chacune de nos cellule humaine. Que ce soit sur la peau, dans la bouche, ou dans l'intestin, ces bactéries sont souvent commensales—c'est à dire qu'elles bénéficient de l'environnement offert par le corps humain sans y nuire—ou même symbiotique en ce sens qu'elles contribuent des fonctions biologiques bénéfiques pour l'homme ou nous protège de variétés pathogéniques. Mais ces interactions ne sont pas inébranlables. Quand l'occasion se présente—par exemple si une masse critique est atteinte ou le système immunitaire est affaibli—des bactéries inoffensives peuvent soudain se révéler fatales...<br/><br/>Comment aborder ces thèmes somme tout assez techniques dans un livre grand public? En mariant science et intrigues! L'auteur nous raconte la rivalité entre les Professeurs Beaubien et Hatch, caricatures l'un du professeur "vieille école" savant mais détaché, et l'autre du scientifique-manager sans scrupules. Les sujets scientifique abordés dans le livre sont véridiques mais l'histoire et les protagonistes, l'auteur nous l'assure, purement fictifs.<br/><br/>Fictifs certes mais pas invraisemblable: quête de renommée, conspirations, relations tumultueuses entre chef de labo et subordonnés, romance.... le monde de la science contemporaine est en effet loin des clichés du chercheur solitaire à la poursuite de La Vérité. Au contraire, c'est un monde éminemment social, où sont manipulés données et collègues.<br/><br/>Le cocktail de science et intrigues entre chercheurs fonctionne. Les théories sont distillées de façon abordable et sans prétention au cours d'une histoire palpitante. Le résultat captive.<br/><br/>Le thriller de vulgarisation scientifique, un nouveau genre?<br/><br/>(Ajout de MRR : quelques autres <a href="http://www.cafe-sciences.org/page/2/?s=roman">billets sur des romans au cafe-sciences</a>.)mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-16419664532180789912016-12-01T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:44.388+02:00Moi qui vous cause, je parle d'open access en vidéo<a href="http://shop.spreadshirt.com/mbeisen/"><img class="aligncenter wp-image-3281 size-thumbnail" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/cc-by-ac-dc-men-s-t-shirt-150x150.jpg" alt="cc-by-ac-dc-men-s-t-shirt" width="150" height="150" /></a>Vendredi 11 novembre il y avait une <a href="http://www.unige.ch/dis/confbiblio/">conférence sur l'open access à l'Université de Genève</a>, où l'on m'avait demandé de présenter "le point de vue du chercheur". Après discussion avec les organisateurs, j'ai décidé de donner un point de vue assez subjectif, en insistant sur les méconceptions fréquentes sur l'open access, et sur les aspects pratiques et moraux pour les chercheurs.<br/><br/>Mon live-tweet de la conférence : <a href="https://twitter.com/hashtag/OAunige">hashtag #OAunige</a>.<br/><br/>Ma présentation a été filmée, et la voilà :<br/><br/>[caption id="attachment_3321" align="aligncenter" width="300"]<a href="https://mediaserver.unige.ch/play/98070"><img class="size-medium wp-image-3321" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/conf_unige_OA-300x180.jpg" alt="En cliquant vous arriverez sur la page avec la vidéo, le embed fourni ne semble pas marcher" width="300" height="180" /></a> En cliquant vous arriverez sur la page avec la vidéo, le embed fourni ne semble pas marcher[/caption]<br/><br/>Mes <a href="http://fr.slideshare.net/Furer/lopen-access-dans-les-carrires-acadmiques-perspectives-pratiques-et-morales-du-chercheur-par-marc-robinsonrechavi-68886839?qid=287ce21e-a326-4464-814e-2da1512e242c&v=&b=&from_search=1">diapositives sur slideshare</a>.<br/><br/>Si vous ne connaissez pas l'open access, j'ai écrit plusieurs fois dessus dans ce blog : <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/category/science-et-societe/politique-de-publication/">mot clé politique de publication</a>, et notamment <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/07/21/petit-entretien-sur-la-publication-libre-acces-openaccess/">ici une interview</a> au magazine de mon université, et ici <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2012/06/25/243/">un article d'opinion</a> dans Le Temps. En bref, open access c'est quand les articles écrits (gratuitement) par les chercheurs payés par les contribuables et donateurs sont disponibles gratuitement et réutilisables. Le contraire, "toll access" (expression que j'ai apprise pendant cette conférence et que j'ai bien aimé), c'est quand on donne l'entièreté des droits de vendre et contrôler notre labeur à des éditeurs, et qu'on doit payer des abonnements chers pour le lire.<br/><br/>(J'ai parfois écrit "libre accès", mais je vois que tous les francophones autour de moi utilisent "open access", dont acte.)<br/><br/>De nombreux malentendus sur l'open access semblent dus à ce que c'est un modèle relativement récent. Donc même si quelques journaux (comme Nucleic Acids Research) sont passé du toll access à l'open access, en général les journaux anciens sont en toll access, et les journaux en open access sont récents. D'où confusion avec d'autres caractéristiques corrélées à l'age des journaux : réputation, professionnalisme, etc. C'est un thème sur lequel je reviens plusieurs fois dans la conférence et dans la <a href="https://mediaserver.unige.ch/play/98073/Echanges%20et%20discussion">discussion suivante</a>.<br/><br/>L'autre thème récurrent c'est que le choix de l'open access comprend des aspects pratiques, de coût, de visibilité, mais c'est aussi et surtout une question morale : tout le monde devrait avoir accès aux résultats de la recherche publique. Ce qui n'est pas sans lien avec mon <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/30/publier-des-tribunes-de-chercheurs-sous-abonnement-payant-pourquoi/">billet d'hier sur les tribunes de chercheurs</a> d'ailleurs.<br/><br/> mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-80748131311072935782016-11-30T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:44.094+02:00Publier des tribunes de chercheurs sous abonnement payant : pourquoi ?Petit échange Twitter récent :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Très bonne tribune de chercheurs dans <a href="https://twitter.com/lemondefr">@lemondefr</a> "Perturbateurs endocriniens: halte à la manipulation de la science" <a href="https://t.co/OjHoi8cbrW">https://t.co/OjHoi8cbrW</a></p><br/>— Martin Clavey (@mart1oeil) <a href="https://twitter.com/mart1oeil/status/803556401754869760">November 29, 2016</a></blockquote><br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr"><a href="https://twitter.com/mart1oeil">@mart1oeil</a> <a href="https://twitter.com/lemondefr">@lemondefr</a> je trouve très dérangeant que les tribunes de chercheurs soient si souvent d’accès limité aux abonnés d’un journal</p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/803556929071120385">November 29, 2016</a></blockquote><br/>Si vous cliquez sur les liens vous pouvez lire toute la discussion. Je suis <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/category/science-et-societe/politique-de-publication/">généralement</a> pour la publication libre d'accès (open access) de toute la litérature scientifique. Mais je trouve particulièrement choquants les cas de tribunes ou bilans de la recherche explicitement à destination du public ou des décideurs, ou les concernant directement, qui sont cachés par des abonnements payants parce que... que quoi en fait ? Les auteurs pensaient que ces publications avaient davantage de prestige, donc ils seraient davantage écoutés ? Ou peut-être (probablement dans mon expérience limitée) que les auteurs ne se sont pas posés la question.<br/><br/>Alors sans abonnement au Monde vous ne pouvez pas lire la tribune sur les perturbateurs endocriniens. D'après Martin Clavey, les auteurs pourraient la publier ailleurs, mais (1) ils ne semblent pas l'avoir fait encore (ou mon Google-fu me trahit), (2) la version largement visible est celle du Monde, et (3) mais pourquoi ne pas l'avoir publiée visible d'emblée ? Et dans bien des cas, cette option n'existe pas.<br/><br/><em>Mise à jour : la <a href="http://www.lemonde.fr/idees/article/2016/11/29/let-s-stop-the-manipulation-of-science_5039867_3232.html">version anglaise est librement disponible</a> (et le copyright n'est pas clair pour moi).</em><br/><br/>Est également sorti récemment <a href="http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature20588.html">un article</a> faisant le bilan de ce que l'on sait sur les menaces sur les pollinisateurs et les conséquences s'en suivant. Très important, non accessible sans abonnement à Nature, et non copiable ailleurs car "© 2016 Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature. All rights reserved". Eh oui, un aspect peu discuté du libre accès par rapport à la publication traditionnelle "toll access" est que le copyright en "open access" reste aux auteurs sous Creative Commons, alors que dans le modèle traditionnel il va aux éditeurs (qui n'ont pas écrit et ne payent pas les auteurs, eh non) qui bloquent tout et font comme ils ont envie.<br/><br/>Un autre exemple récent : deux articles très intéressants sur la perception par le public, les décideurs et la communauté scientifique du problème des espèces invasives, <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2016.10.012">The Rise of Invasive Species Denialism</a> et <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2016.11.001">Invasion Biology: Specific Problems and Possible Solutions</a>. Tous les deux fermés derrière abonnement chez Elsevier, "© 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved". :-(<br/><br/>Alors si vous pensez que votre science est importante, rendez-la disponible ! Et ne signez pas de transferts de copyright !<br/><br/>Réactions sur Twitter, cliquez sur la date du tweet et déroulez le fil :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Les tribunes de chercheurs doivent-elles être en accès ouvert? Oui. Pourquoi ils ne la publient pas ailleurs que dans la presse? Mystère. <a href="https://t.co/YfPR9EAxfZ">https://t.co/YfPR9EAxfZ</a></p><br/>— Martin Clavey (@mart1oeil) <a href="https://twitter.com/mart1oeil/status/803865934859563008">November 30, 2016</a></blockquote>mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-63629077057602355952016-11-25T18:34:00.000+01:002020-10-14T14:52:43.916+02:00Commentaire sur "Vaccins : l’exception française en débat" chez
{Sciences2}Il y a un billet très intéressant sur la défiance énorme, irrationnelle et dangereuse des français envers les vaccins, <a href="http://huet.blog.lemonde.fr/2016/11/24/vaccins-lexception-francaise-en-debat/">sur le très bon blog {Sciences<sup>2</sup>} de Sylvestre Huet</a>.<br/><br/>Pour des raisons que je ne m'explique pas, mes commentaires sur ce blog ne passent jamais, donc voici le commentaire que j'avais écrit ce matin (qui ne fait sens qu'après lecture du billet de M. Huet) :<br/><br/>Au-delà de l'influence des "médecines" alternatives, il me semble qu'il y a un courant plus large de défiance envers les scientifiques et de sacralisation du naturel, y compris dans une partie de l'agriculture "bio" et sa communication, l'opposition à de la recherche en génétique, etc. Des journalistes (pas M. Huet heureusement) peuvent-ils attaquer le consensus scientifique sur les OGM ou prétendre qu'un pesticide "naturel" n'est pas un pesticide, puis ne pas avoir une part de responsabilité dans la confusion générale, y compris sur les vaccins ?mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-91298496573243025862016-11-17T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:43.387+02:00Plus loin de l'Afrique, plus de mutations délétères mais moins de
variabilité génétique humaineL'humanité (Homo sapiens) vient d'Afrique sub-saharienne. Il y a environ 50'000 ans certains humains sont sortis d'Afrique et leurs descendants se sont dispersés un peu partout dans le monde, voir carte ci-dessous.<br/><br/>[caption id="attachment_3290" align="aligncenter" width="697"]<a href="http://www.pnas.org/content/113/4/E440/F1.expansion.html"><img class="size-full wp-image-3290" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/outofAfrica.jpg" alt="Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50'000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l'article que dont il est question plus bas." width="697" height="296" /></a> Dispersion de Homo sapiens ces dernières 50'000 ans. Points colorés : échantillons utilisés dans l'article que dont il est question plus bas.[/caption]<br/><br/>Une question intéressante, et qui nous ramène à <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/07/a-propos-de-races-humaine-et-de-tolerance-au-lactose/">la question de la pertinence de la classification des humains en "races"</a>, est l'effet de cette histoire sur la diversité génétique humaine.<br/><br/>Pour bien comprendre ce qui va suivre, quelques éléments de génétique des populations :<br/><br/>Premièrement, une mutation peut avoir un effet bénéfique (super rare, améliorer un truc en le modifiant au hasard), négatif (casser un truc qui marche c'est facile), ou neutre (aucun effet, très fréquent dans les génomes d'animaux ou de plantes). Voir <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/10/10/types-de-selection-naturelle-avec-emojis-%f0%9f%90%80%f0%9f%90%81%f0%9f%90%97%f0%9f%90%96/">ce billet pour les types de sélection naturelle</a> correspondant aux deux premiers ; les mutations neutres ne sont pas soumises à la sélection naturelle.<br/><br/>Deuxièmement, plus une population est grande, plus la sélection naturelle est puissante. Cette observation simple a de grandes conséquences. Lorsque la population est plus petite, la sélection naturelle est moins puissante. Alors une mutation qui a un effet faiblement négatif ne sera pas éliminée, et se comportera comme si elle était neutre. Il s'agit d'un effet continu : plus la population est petite, plus une mutation devra être grave pour être éliminée, plus de mutations se comporteront comme si elles étaient neutres.<br/><br/>Ca se corse et ça devient intéressant : lorsqu'il y a expansion par migration (comme lors de la sortie de certains humains d'Afrique), le groupe qui part est un sous-ensemble de la population globale. Donc déjà du départ il n'emporte pas toute la variabilité génétique. Si je prends 100 parisiens au hasard j'aurais moins de diversité (génétique, de noms de famille, de goûts vestimentaires) que dans tout Paris. Si quelques milliers d'humains sont partis d'Afrique, ils avaient moins de diversité qu'il n'y en avait dans l'humanité en Afrique. Et ces migrants, étant peu nombreux, formaient une petite population. Donc sélection naturelle faible, faible élimination de mutations délétères. Et ce phénomène se reproduit au fur et à mesure des étapes suivantes d'expansion de l'espèce : ceux qui vont plus loin sont toujours un sous-ensemble ayant perdu de la diversité de départ et ayant du mal à éviter les mutations délétères.<br/><br/>Est-ce que l'on observe bien cela ? C'est l'objet d'un article publié en janvier 2016 :<br/><blockquote>Henn et al 2016 Distance from sub-Saharan Africa predicts mutational load in diverse human genomes <a href="http://www.pnas.org/content/113/4/E440">PNAS 113: E440-E449</a></blockquote><br/>Première figure : le taux de variabilité génétique dans les 7 populations échantillonnées sur la carte ci-dessus (les couleurs correspondent) :<br/><br/>[caption id="attachment_3296" align="aligncenter" width="291"]<a href="http://www.pnas.org/content/113/4/E440?tab=ds"><img class="wp-image-3296 size-medium" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/human_heterozygocity-291x300.jpg" alt="Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l'origine africaine de l'espèce" width="291" height="300" /></a> Hétérozygotie de 7 populations humaines, classées selon leur distance à l'origine africaine de l'espèce[/caption]<br/><br/>Que voit-on ? Le plus de variabilité génétique dans les populations descendantes des humains jamais partis du lieu d'origine de l'espèce. Et de moins en moins de variabilité génétique lorsque l'on s'éloigne de l'Afrique, pour arriver à un minimum en Amérique (il s'agit de descendants des amérindiens arrivés par le détroit de Béring), au plus loin de l'Afrique en marche à pied.<br/><br/>Deuxième figure, pareil mais en ne montrant que les mutations qui sont probablement délétères (ici on suppose que de l'ADN généralement conservé entre primates est probablement important, donc le modifier est probablement délétère) :<br/><br/>[caption id="attachment_3298" align="aligncenter" width="245"]<a href="http://www.pnas.org/content/113/4/E440/F1.expansion.html"><img class="wp-image-3298 size-medium" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/deleterious_outofAfrica-245x300.jpg" alt="Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines" width="245" height="300" /></a> Fréquence des mutations délétères dans 7 populations humaines, classées selon leur distance à l'origine africaine de l'espèce[/caption]<br/><br/>Que voit-on ? Plus on s'éloigne de l'Afrique, plus on a de mutations délétères accumulées, comme attendu. Plus en détail, on a :<br/><br/>[caption id="attachment_3299" align="aligncenter" width="500"]<a href="http://www.pnas.org/content/113/4/E440/F2.expansion.html"><img class="wp-image-3299 size-large" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/deleterious2_outofAfrica-1024x408.jpg" alt="Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères." width="500" height="199" /></a> Pareil que la figure précédente, mais en trois catégories : peu délétères, moyennement, et très délétères.[/caption]<br/><br/>On voit que pour les mutations un peu mauvaises (à gauche et au milieu), l'effet de la distance à l'Afrique est très fort, avec un de plus un saut entre africains et les autres. Alors que pour les mutations très mauvaises (à droite), il y a un effet de la sortie d'Afrique, mais faible, et pas d'effet mesurable des migrations suivantes. On peut penser que la plupart de ces mutations très mauvaises sont éliminées même avec une population assez petite.<br/><br/>Conclusions : (1) la diversité de l'espèce humaine est en Afrique sub-saharienne ; (2) ce qui distingue le plus les humains hors d'Afrique sub-saharienne (y inclut tous les blancs et asiatiques) des africains (donc la plupart des noirs), ce sont des mutations à effet négatif, qui font que nous sommes moins aptes génétiquement (je dis nous parce que c'est mon cas, ne vous sentez pas visé si vous avez la chance d'être africain).mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com14tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-55700012698660832752016-11-07T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:43.069+02:00A propos de races humaines et de tolérance au lactoseNous parlions récemment (avant d'être déraillé par le débat OGM, comme d'hab) de tolérance au lactose chez certains humains : <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/10/27/en-evolution-les-mutations-sont-au-hasard-ca-veut-dire-quoi-au-hasard/">mutations au hasard ?</a> et <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/10/31/intolerance-au-lactose-letat-normal-peut-il-etre-appele-une-maladie/">état normal = maladie</a>.<br/><br/>Dans ce dernier billet, je m’étonnai de ce qu'un résultat de génétique de quelques populations humaines soit labellisé "African" et un autre "Finnish" (finois) sur un site d'information officiel américan, alors que dans l'étude originale les groupes ethniques africains concernés étaient bien spécifiés. Je pense que cela se rattache en partie à la réification (croire qu'un concept est réel) du concept de "races humaines". Pour rappel, j'avais écrit <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2012/03/16/races-and-genetique-cest-reparti/">mon premier billet sur ce blog</a> à ce sujet.<br/><br/>Concernant la tolérance au lactose, voici une carte de l'ancien monde avec la fréquence de la tolérance :<br/><br/>[caption id="attachment_3242" align="aligncenter" width="650"]<a href="http://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2148-10-36"><img class="size-full wp-image-3242" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/Traits_Lactose_Intolerance_fig3.jpg" alt="Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l'article)" width="650" height="371" /></a> Figure de Itan et al 2010 (cliquez pour l'article)[/caption]<br/><br/>Sur cette carte vous voyez des zones rouge-orange, qui correspondent aux origines des mutations permettant la digestion du lactose chez l'adulte (il y en a plusieurs, indépendantes, à différents endroits). A ces endroit la sélection naturelle a eu le temps d'augmenter la fréquence de la mutation dans la population jusque presque tout le monde (rouge = plus de 90% de la population tolérante). En bleu, les endroits où la mutation n'a pas encore eu le temps d'acquérir une fréquence élevée, car elle doit d'abord arriver par le jeu des migrations et des mariages / reproduction, et elle ne présente un avantage que depuis la domestication des vaches veaux cochons couvées (surtout les premiers), donc pas très longtemps en termes évolutifs.<br/><br/>Voici maintenant une carte des "races humaines" traditionnelles (j'ai pris le premier résultat Wikipedia, mais l'idée générale serait la même avec n'importe quelle carte) :<br/><br/><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/File:Meyers_b11_s0476a.jpg"><img class="aligncenter size-full wp-image-3244" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/Meyers_b11_s0476a.jpg" alt="meyers_b11_s0476a" width="1500" height="1187" /></a><br/><br/>Est-ce qu'en louchant bien vous arrivez à faire correspondre les couleurs sur ces deux cartes ? Parce que moi, non. Et pourtant.<br/><br/><a href="https://consensus.nih.gov/2010/lactoseabstracts.htm">Le site d'information cité précédemment</a> est une collection d'articles médicaux sur l'intolérance au lactose, et ils classifient tout le temps les gens en groupes raciaux socialement reconnus, dont "African Americans", pour lesquels on attribue les différences à l'origine génétique "africaine". Par exemple :<br/><blockquote>Frequency of Lactose Intolerance in Adults in Various Populations</blockquote><br/><table><br/><tbody><br/><tr><br/><th>Location</th><br/><th>% Lactose Intolerant Adults</th><br/></tr><br/><tr><br/><th>Asians, US</th><br/><td>90–100</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>Ibo, Yoruba, Africa</th><br/><td>90</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>Inuits, Greenland</th><br/><td>85</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>Southern Italians</th><br/><td>71</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>African Americans</th><br/><td>65</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>Caucasians, US</th><br/><td>21</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>British, UK</th><br/><td>6</td><br/></tr><br/><tr><br/><th>Danes</th><br/><td>3</td><br/></tr><br/></tbody><br/></table><br/>ou encore :<br/><blockquote>Lactose intolerance is estimated to affect 25% of the American population.<br/>Group prevalence is as follows:<br/>— 15% (6% to 19%) – whites<br/>— 53% – Mexican Americans<br/>— 62% to 100% – Native Americans<br/>— 80% – African Americans<br/>— 90% – Asian Americans</blockquote><br/>et :<br/><blockquote>Within the United States, 80–90% of African Americans, 95–100% of Native Americans, 80–90% of Asian Americans, and 50–55% of Latinos may be lactose intolerant.</blockquote><br/>En regardant ces chiffres, il est naturel de penser que les différences de tolérance au lactose sont structurées selon les "races" traditionnelles, et que notamment les africains / africains-américains ne digèrent pas le lactose. Pourtant ce n'est pas ce que l'on voit sur la première carte, qui représente les vraies données.<br/><br/>Plusieurs choses contribuent à cette incohérence. Premièrement, et la génétique de la lactase, et la classification en "races", suivent la géographie. On a donc un problème classique de corrélation erronée due à un facteur confondant : si A est corrélé à la géographie et que B est corrélé à la géographie, alors A et B apparaîtront corrélés. C'est pour ça que le choix de la carte des "races" n'est pas important : toute division arbitraire mais géographiquement organisée arrivera à ce type de résultat. Je suis sur qu'on trouverait des différences de tolérance au lactose entre religions, entre groupes linguistiques, etc.<br/><br/>Deuxièmement, on échantillonne souvent très mal la diversité humaine. Donc si je ne mesure la tolérance au lactose que dans une petite partie de l'Afrique, je peux tomber sur une région avec forte tolérance, ou forte intolérance, au lactose. Et c'est là où ça devient raciste, c'est à quelle région ou groupe humain allez-vous généraliser votre résultat. Si vous êtes d'origine européenne, vous êtes probablement sensible à la différence entre régions et pays, peut-être même savez-vous que les finnois ne sont pas scandinaves. Mais il est probable que vous ayez une idée assez vague de la diversité africaine, et qu'il soit tentant de labelliser un résultat d'une région africaine en "Afrique". C'est compliqué dans le cas des africains-américains par le fait que les traites négrières ont préférentiellement pris les gens de certaines régions (et même ethnies) pour les emmener de force en Amérique (<a href="http://www.slate.com/articles/life/the_history_of_american_slavery/2015/06/animated_interactive_of_the_history_of_the_atlantic_slave_trade.html">excellente visualisation ici</a>) ; donc les africains-américains ne portent pas la diversité génétique africaine.<br/><br/>Pourquoi est-ce important ? D'un point de vue pratique, la recherche et la pratique médicales américaines sont très organisées autour de ces catégories, et cela peut mener à mal estimer les risques pour des groupes en fait très hétérogènes, même si dans le cas du lactose ce n'est pas très grave probablement. Mais la recherche médicale américaine étant très influente (en gros ils sont les meilleurs, on peut être plus nuancés mais ce n'est pas le lieu), ces catégories se retrouvent reprises par plein d'études où elles ne sont pas pertinentes. (Entre parenthèses, les races sociologiquement définies sont pertinentes aux aspects sociologiques de la pratique médicale, à savoir qui a accès aux soins, à l'instruction, à l'alimentation, etc. Donc bébé, eau du bain, pas jeter.)<br/><br/>Et d'un point de vue plus fondamental, on retrouve régulièrement des arguments du type "les noirs courent plus vite, c'est bien la preuve" (voir <a href="http://www.curieuxdesavoir.com/104-y-a-t-il-trop-de-noirs-en-equ.html">ce billet de Curieux<sup>2</sup> savoir</a>), ou plus subtils comme les différences de tolérance au lactose, qui utilisent la corrélation entre des différences génétiques géographiquement structurées, et les "races" traditionnellement définies, pour soutenir finalement le bon gros racisme à l'ancienne. Qui n'est pas parti bien loin d'après l'actualité. :-(<br/><br/>En conclusion, ce n'est pas parce qu'en groupant les humains en classes grossières qu'on trouve des différences entre ces paquets, que les paquets sont "vrais" ni même utiles. Quand vous pensez diversité humaine, pensez gradients sur une carte, c'est plus joli et plus vrai que des noms dans un tableau.<br/><br/>(Juste après que j'ai publié ce billet, je vois un billet intéressant sur le blog du statisticien Nate Silver, connu pour ses prédictions concernant les élections américaines : <a href="http://fivethirtyeight.com/features/in-an-election-defined-by-race-how-do-we-define-race/">In An Election Defined By Race, How Do We Define Race?</a>)mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com6tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-50047958598644205642016-11-03T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:42.839+02:00Quelques liens à propos de l'article du New York Times "GMO promises
fall short" #OGMVu que tout le monde parle sur Twitter de l'article dans le New York Times “<a href="http://www.nytimes.com/2016/10/30/business/gmo-promise-falls-short.html">Doubt About the Promised Bounty of Genetically Modified Crops</a>”, voici une petite collection de liens qui le critiquent, preuves à l'appui. En bref, l'article compare des choses ni pertinentes ni comparables et mélange tout.<br/><br/>La meilleure critique à ce jour : <a href="http://weedcontrolfreaks.com/2016/10/the-tiresome-discussion-of-initial-gmo-expectations/">The tiresome discussion of initial GMO expectations</a>, par Andrew Kniss (<a href="http://weedcontrolfreaks.com/2015/08/who-funds-my-weed-science-program/">ses sources de financement</a>, avant que vous ne demandiez). Une des figures clé de cette critique :<br/><br/><a href="http://weedcontrolfreaks.com/2016/10/the-tiresome-discussion-of-initial-gmo-expectations/"><img class="aligncenter size-full wp-image-3220" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/EuropeHerbicideUse-1024x512.png" alt="europeherbicideuse-1024x512" width="1024" height="512" /></a><br/><br/>Si on choisit bien son pays de référence, on peut conclure tout et son contraire, ça rappelle un peu les rats de Séralini. ;-)<br/><br/>Ensuite, deux billets de blog de l'excellent Kevin Folta (pour une discussion des financements de Kevin, <a href="http://www.huffingtonpost.com/kevin-folta/setting-a-new-standard-fo_b_8162818.html">voir ici</a> et chercher "transparency" dans son blog) : <a href="http://kfolta.blogspot.ch/2016/10/rehashing-tired-argument.html">Rehashing a Tired Argument</a>, et <a href="http://kfolta.blogspot.ch/2016/11/some-actual-yield-data.html">Some Actual Yield Data</a>. Dans le premier billet il fait notamment remarquer que les modifications commercialisées ne visaient pas à augmenter les rendements en soi, et qu'on peut pas faire la somme de différents pesticides. C'est comme faire la somme des litres de bière, litres de vodka, et litres de Coca-Cola, et titrer sur la consommation globale de poisons liquides. Dans le deuxième il montre que l'on voit en fait des augmentations de production dans certains cas, mais bien sur l'agriculture c'est compliqué. Exemple :<br/><br/><a href="http://kfolta.blogspot.ch/2016/11/some-actual-yield-data.html"><img class="aligncenter size-full wp-image-3223" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/sugar-beet.jpg" alt="sugar-beet" width="400" height="308" /></a>Sur le blog NeuroLogica, moins spécialisé en agronomie mais plutôt sceptique et scientifique en général (en France on dirait zététique je suppose), <a href="http://theness.com/neurologicablog/index.php/the-times-gets-it-wrong-on-gmos/">The Times Gets it Wrong on GMOs</a>.<br/><br/>Nathanael Johnson est un journaliste américain qui, partant d'un point de départ anti-OGM modéré, a cherché à comprendre le sujet et a arrêté d'être anti-OGM. J'en parlais notamment <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/02/03/impressions-subjectives-sur-la-perception-des-ogm-via-twitter/">dans ce billet</a> qui avait donné lieu à une longue discussion. Il a <a href="http://grist.org/food/what-the-new-york-times-missed-with-its-big-gmo-story/">aussi critiqué l'article du NY Times</a>, en insistant sur l'inutilité de comparaisons à cette échelle, et il rappelle un point important :<br/><blockquote>And GMOs really aren’t all associated with industrial farming. The <a href="http://oregonstate.edu/instruct/bi430-fs430/Documents-2004/3B-BIOTECH%20METH/Gonsalves-papaya-story-AmPhytopSoc2004.pdf">disease-resistant papaya</a> is a wonderful innovation. The <a href="http://allianceforscience.cornell.edu/blog/bangladeshi-bt-brinjal-farmer-speaks-out-gmo-controversy">insect-resistant eggplant</a> seems to be reducing pesticide use in Bangladesh. This <a href="http://grist.org/science/these-vitamin-fortified-bananas-might-get-you-thinking-differently-about-gmos/">banana</a>, this <a href="http://www.economist.com/news/science-and-technology/21693184-annual-aaas-meeting-looked-immune-system-roman-portraits-and-genetic">cassava</a>, and this <a href="http://goldenrice.org/">rice</a> could all truly improve the lives of small farmers if those new crops make it over the technical and political hurdles.</blockquote><br/>Le bilan de toutes ces critiques ? On ne peut pas parler de pesticides en faisant la somme des kilogrammes de produits très différents, on ne peut pas comparer OGM à non OGM en mélangeant différents types d'OGM, on ne peut pas comparer les chiffres globaux pour des pays de climat, organisation agricole et types de récoltes différents, on ne peut pas juger une technique uniquement sur un chiffre qui n'était même pas l'objectif. Enfin, si, on peut, parce qu'en comparant n'importe quoi à n'importe quoi on va toujours pouvoir obtenir le résultat qui nous arrange, et c'est bien ça le but, non ? Voir cette <a href="http://projects.fivethirtyeight.com/p-hacking/index.html?initialWidth=1024&childId=phacking">excellente démonstration par l'absurde</a> (discutée <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2015/08/26/introduction-au-bricolage-de-significativite-des-tests-statistiques/">dans ce billet précédent</a>).<br/><br/>Pas une critique spécifique, mais un article a été publié récemment par l'INRA et AgroParisTech qui indique que l'utilisation des pesticides ne diminue en fait pas en France :<br/><blockquote>Hossarda et al 2016 Lack of evidence for a decrease in synthetic pesticide use on the main arable crops in France <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2016.10.008">Science of The Total Environment 575: 152–161</a></blockquote><br/>Finalement, l'auteur de l'article de départ, Danny Hakim, a répondu sur Twitter, mais je n'ai pas vraiment compris en quoi cela constitue une réponse. Voici le premier Tweet, il ne les a pas lié en conversation, mais en <a href="https://twitter.com/dannyhakim">allant à son compte</a> on trouve tout :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="en">1/I’ll try to address a few more questions I’ve seen in various forums on my GMO story: <a href="https://t.co/fcnnC9J0In">https://t.co/fcnnC9J0In</a></p><br/>— Danny Hakim (@dannyhakim) <a href="https://twitter.com/dannyhakim/status/793058894608232450">October 31, 2016</a></blockquote><br/>Mise à jour : voir aussi liens en commentaire. Et n'hésitez pas à en mettre d'autres, de préférence avec une petite explication.<br/><br/>Mise à jour 2 : <a href="http://blogs.plos.org/blog/2016/11/04/plant-life-gmos-cannabis-marijuana-pot-etc/">liste de liens commentés sur la plateforme de blogs de PLOS</a>.<br/><br/>Mise à jour 3 : <a href="https://storify.com/mem_somerville/nyt-fail">bon storify / collection de liens</a>; avec notamment cette citation excellente :<br/><blockquote>I looked at how much money is spent on heating in all of Finland and compared it to how much people in Hawaii spend on heating. Very clearly, people in Finland are worse polluters.</blockquote><br/><a href="http://www.scoop.it/t/ag-biotech-news/p/4071096603/2016/11/01/the-tiresome-discussion-of-initial-gmo-expectations-control-freaks-blog-2016">par Alexandre Stein</a>.<br/><br/>Mise à jour 3 : aller-retour très intéressant entre deux figures de la blogosphère scientifique / sceptique :<br/><br/><a href="http://theness.com/neurologicablog/index.php/the-times-gets-it-wrong-on-gmos/">The Times Gets it Wrong on GMOs</a> par Steven Novella, déjà cité ci-dessus.<br/><br/><a href="https://platofootnote.wordpress.com/2016/11/07/gmos-and-the-skeptic-movement/">GMOs and the skeptic movement</a>, réponse de Massimo Pigliucci, où il dit que les "sceptiques" sont systématiquement pro-OGM à tort.<br/><br/><a href="http://theness.com/neurologicablog/index.php/massimo-pigliucci-responds-on-gmos/">Massimo Pigliucci Responds on GMOs</a>, réponse de Steven Novella. A mon sens, cette réponse est un des meilleurs billets de blog sur les OGM et le débat associé.<br/><br/>Mise à jour 4 : <a href="http://weedcontrolfreaks.com/2016/11/could-gmo-corn-be-responsible-for-increasing-childrens-iq/">Could GMO corn be responsible for increasing childrens’ IQ?</a> réponse à l'insinuation dans l'article du NY Times selon augmentation d'herbicides = augmentation de pesticides = augmentation de risques dus aux insecticides (raisonnement glissant assez courant dans les discussions OGM je trouve). En fait les insecticides dangereux ont diminué.<br/><br/><img class="aligncenter wp-image-3271 size-medium" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/11/OPcorn-1-768x439-300x171.png" alt="opcorn-1-768x439" width="300" height="171" /><br/><br/>Encore une mise à jour : <a href="http://www.crediblehulk.org/index.php/2015/11/22/the-international-scientific-consensus-on-genetically-engineered-food-safety/">une liste de liens vers des prises de position de sociétés savantes, académies, etc, sur les OGM chez Credible Hulk</a>.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-53972276303318987222016-11-01T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:41.341+02:00Pourquoi refuser de débattre avec Stop #OGM ?<a href="http://www.pewresearch.org/fact-tank/2015/01/29/5-key-findings-science/"><img class="aligncenter size-full wp-image-3204" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/10/PewPollGMO.jpg" alt="pewpollgmo" width="310" height="254" /></a><br/><br/>On vient de m'inviter à participer à un débat sur les OGM en Afrique, dans mon université. Intéressant en principe, bien que l'on puisse se demander pourquoi moi plutôt qu'un spécialiste de la génétique des plantes (par exemple).<br/><br/>Mais au bout de 2 minutes de coup de fil, j'apprends qu'en plus d'une représentante d'agriculture africaine (problème des coups de fil par rapport aux emails : je n'ai pas tous les noms et affiliations notés...) [voir mise à jour en bas de page] [mise à jour : <a href="https://www.facebook.com/events/1300282516691164/">page Facebook officielle</a>], il y aura la présidente de <a href="http://www.stopogm.ch/index.php?option=com_content&view=article&id=41&Itemid=10">Stop'OGM</a>. Laquelle présidente est politicienne écologiste, je pense qu'il s'agissait d'Isabelle Chevalley (<a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Isabelle_Chevalley">Wikipedia</a>). Après quelques instants d'hésitation, j'ai décliné de participer. Mon interlocuteur, embarrassé, m'apprends que je ne suis pas le premier, et qu'il a bien du mal à trouver un ou une biologiste pour débattre face à Stop'OGM.<br/><br/>J'ai continué à discuter avec lui quelques moments, lui expliquant que si aucun biologiste ne veut débattre, il doit peut-être présenter à l'assistance ce fait et les raisons. A savoir que d'une part il y a un consensus scientifique clair sur beaucoup d'aspects des OGM, et que cette association nie ce consensus. Et d'autre part qu'un "débat" entre une personne dont le métier est de chercher la vérité et une personne dont le métier est de convaincre ne peut qu'être à sens unique. Si elle ment je fais quoi ? Je dis qu'elle ment, et j’apparais arrogant ? Je ne dis rien, et je laisse faire ? Il est clair que l'on peut enchaîner les mensonges et les demi-vérités (cf cette <a href="http://weedcontrolfreaks.com/2016/10/the-tiresome-discussion-of-initial-gmo-expectations/">critique récente en anglais</a> d'un article du New York Times [davantage de <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/03/quelques-liens-a-propos-de-larticle-du-new-york-times-gmo-promises-fall-short/">liens sur cette histoire ici</a>]) beaucoup plus vite que l'on ne peut expliquer en détail en quoi elles sont erronées ("<a href="http://rationalwiki.org/wiki/Gish_Gallop">Gish Gallop</a>"), et que l'on peut choisir les mensonges pour être convaincants, alors que les faits avérés et les nuances de méthodes, on ne les choisit pas pour leur pouvoir en débat mais pour leur véracité.<br/><br/>Et en présentant à l'assistance les raisons d'une absence de "débat", il faut avoir le courage de dire que sur les OGM, la situation est à présent aussi asymétrique que sur le changement climatique, l'existence de l'évolution, l'homéopathie ou l'efficacité des vaccins. Et comme vous ne devez pas me prendre au mot, ni prendre personne au mot quelles que soient ses qualifications ou son pouvoir rhétorique, voici quelques liens :<br/><ul><br/> <li>Rapport de <a href="http://www.easac.eu/home/press-releases/detail-view/article/easac-warns.html">European Academies Science Advisory Council</a>, qui regroupe toutes les académies des sciences européennes.</li><br/> <li>Rapport de l'<a href="https://nas-sites.org/ge-crops/">Académie des sciences américaine</a>. (Mais bien sûr, Info OGM considère que les académies des sciences sont "<a href="http://www.infogm.org/5978-ogm-academie-science-etats-unis-est-elle-impartiale?lang=fr">noyautées par l'industrie</a>" ; on voit comment un dialogue peut être constructif avec cette attitude.)</li><br/> <li>La plus grosse différence entre le public et les scientifiques aux USA est sur les OGM : les scientifiques considèrent qu'ils sont sans danger (<a href="http://www.pewresearch.org/fact-tank/2015/01/29/5-key-findings-science/">Pew poll</a>).</li><br/> <li>[mise à jour] Prise de position de <a href="http://www.aaas.org/sites/default/files/AAAS_GM_statement.pdf">American Association for the Advancement of Science</a> (AAAS).</li><br/> <li>[mise à jour] <a href="https://royalsociety.org/topics-policy/projects/gm-plants/">Information au Royal Society</a>, plus ancienne société scientifique en activité.</li><br/> <li>[mise à jour 2] les <a href="http://www.nfp59.ch/f_index.cfm">résultats du Pôle National de Recherche sur les OGM</a> en Suisse ; lequel a été financé pour que la recherche éclaire la décision durant un moratoire, puis les résultats ont été ignorés et le moratoire prolongé (et bien entendu <a href="http://www.stopogm.ch/index.php?option=com_content&view=article&id=447:das-nfp-59-geht-in-die-schlussphase-2&catid=4&Itemid=16">Stop OGM a conclu que le PNR était au service de l'industrie</a> – toujours le dialogue respectueux et constructif).</li><br/></ul><br/>Un débat public n'est pas le moyen de trancher une question scientifique. Et encore moins le moyen de trancher une pseudo-question entre d'une part une position idéologique et d'autre part un consensus scientifique qui gène cette position. (Notez que je n'ai pas dit qui s'y oppose ; si vous voulez interdire les OGM pour raisons esthétiques ou autres, faites, mais si vous niez la science et que vous utilisez des arguments pseudo-scientifiques erronés, alors la science va vous gêner.)<br/><br/><a href="#maj1">Mise à jour</a> : <a href="https://www.swissaid.ch/fr/conferences-aline-zongo-ogm#.WCHWjJngDkw.twitter">voici la page web de l'évènement</a>, organisée par SwissAid et foraus.<br/><blockquote>Avec la participation de:<br/>Aline Zongo, COPAGEN (Coalition pour la protection du patrimoine génétique africain) Burkina Faso<br/>Klaus Ammann, Prof. ém. de biodiversité de l’Université de Berne et ex-directeur du Jardin botanique de Berne<br/>Isabelle Chevalley, conseillère nationale Vert’Libéral, présidente de STOPOGM, Alliance suisse pour une agriculture sans génie génétique<br/>Modération: Catherine Morand, SWISSAID</blockquote><br/>Donc ils ont trouvé un biologiste, <a href="http://unibe-ch2.academia.edu/KlausAmmann">Klaus Amman</a> (<a href="https://de.wikipedia.org/wiki/Klaus_Ammann_(Botaniker)">Wikipedia germanophone)</a>. Je prends les paris si vous assistez au débat : (1) tout se que dira Klaus sera écarté d'office parce qu'il a travaillé avec des compagnies dont – hah ! – Monsanto ; (2) Aline Zongo représente non pas l'agriculture africaine mais l'activisme anti-OGM africain, donc débat plein de nuances en vue.<br/><br/>Et <a href="https://www.facebook.com/events/1300282516691164/">la page Facebook officielle</a>.<br/><br/>Si vous assistez au débat, compte-rendu et point de vue (pro ou anti ou autre) bienvenu dans les commentaires.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com48tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-9322350084102096902016-10-31T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:41.057+02:00Intolérance au lactose : l'état normal peut-il être appelé une maladie ?En préparant le <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/10/27/en-evolution-les-mutations-sont-au-hasard-ca-veut-dire-quoi-au-hasard/">billet précédent sur les mutations</a>, j'ai remarqué que l'intolérance au lactose était noté dans <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Lactase#Pathologies">Wikipedia francophone</a> comme une pathologie. Je trouve que cela pose la question de ce que l'on classifie comme "pathologie" ou "maladie". L'état commun à tous les mammifères est d'exprimer la lact<strong>a</strong>se (qui digère le lact<strong>o</strong>se) comme bébés, et d'arrêter de l'exprimer quand ils sont sevrés et ne consomment donc plus de lait.<br/><br/>La plupart des humains ont conservé cet état, normal chez les mammifères : 65% de la population humaine d'après le NIH (institut américain de la recherche médicale ; <a href="https://ghr.nlm.nih.gov/condition/lactose-intolerance#statistics">lien</a>). Il y a deux mutations principales expliquant l'état minoritaire, dans lequel on continue à digérer le lactose du lait après le sevrage.<br/><br/>Parenthèse sur les gènes : parmi les gènes, beaucoup codent pour des protéines. En ce cas, une partie de l'ADN contient l'information codant pour la protéine elle-même, on appelle cela l'ADN "codant". Autour de cet ADN codant, de l'ADN non codant, dont une part ne fait rien (en première approximation), mais aussi une part qui régule le gène. Cet ADN "régulateur" dirige quand et où (dans quels types de cellules – cerveau, intestin, muscle) la protéine est exprimée. Il le fait en permettant de fixer d'autres protéines, régulatrices, mais n'entrons pas dans les détails. Ce qui est important c'est que des mutations peuvent affecter un gène soit en changeant la partie codante, soit la partie régulatrice. Complexité supplémentaire, chez les <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Eukaryota">eucaryotes</a>, dont les humains, la partie codante est souvent découpée en morceaux (exons) interrompus par du non codant (introns), lequel peut être régulateur ou non. Dé plous en plous difficile, une séquence régulatrice d'un gène peut être dans l'intron d'un autre gène.<br/><br/>(Accessoirement, ce genre de bazar c'est ce qu'on attend d'un système fruit de milliards d'années de mutations au hasard, pas d'une intelligence créatrice ; je dis ça pour ceux qui s'émerveillent comme le vivant est bien fait.)<br/><br/>Avec tous ces outils conceptuels, voici les mutations courantes du gène lactase humain :<br/><br/>[caption id="attachment_3195" align="aligncenter" width="665"]<a href="https://consensus.nih.gov/2010/lactoseabstracts.htm"><img class="size-full wp-image-3195" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/10/image002.gif" alt="Mutations du gène de lactase (cliquez pour la source)" width="665" height="532" /></a> Mutations du gène de lactase (cliquez pour la source)[/caption]<br/><br/>Le gène LPH code pour la lactase, les petites boîtes en <em>c</em> sont les exons, le gène voisin MCM6 (que de poésie) a aussi des petites boîtes exons et des introns les séparant, et en <em>d</em> on voit les mutations ("SNP" = <em>single nucleotide polymorphism</em> prononcé "snip" (<em>SNP happens</em> est un de mes t-shirt scientifiques favoris)). A gauche, les mutations dans des introns de MCM6 qui modifient la régulation de la lactase chez des soudanais, kényans ou tanzaniens, à droite celles qui le modifient chez des européens du nord (c'est pas un peu raciste d'écrire "finnois" mais "africains" ci-dessus ? j'espère y revenir dans un prochain billet [<a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/11/07/a-propos-de-races-humaine-et-de-tolerance-au-lactose/">c'est fait</a>]).<br/><br/>Donc on a un état à la fois ancestral et majoritaire, et un état minoritaire, mutant disons-le, du à l'une ou l'autre mutation relativement récente (on estime dans les 10'000 ans, pour une échelle la séparation avec Néanderthal c'est environ 600'000 ans).<br/><br/>Et pourtant c'est cet état majoritaire ancestral qui est qualifié de pathologie. Par exemple <a href="https://ghr.nlm.nih.gov/condition/lactose-intolerance">ici au NIH</a>, <a href="http://www.mayoclinic.org/diseases-conditions/lactose-intolerance/basics/definition/con-20027906">ici au Mayo Clinic</a> (gros centre hospitalier privé américain), <a href="https://www.niddk.nih.gov/health-information/health-topics/digestive-diseases/lactose-intolerance/Pages/facts.aspx">ici un autre institut du NIH</a>, et en français (rien de l'INSERM, homologue du NIH ?) je trouve <a href="https://www.axaprevention.fr/sante-bien-etre/sante-question/intolerance-lactose">AXA prévention ici</a> ou le <a href="http://sante.lefigaro.fr/mieux-etre/nutrition-pratique/intolerance-lactose/quest-ce-que-cest">Figaro Santé ici</a>.<br/><br/>Il me semble que ceci pose des questions intéressantes de ce qui doit être considéré une pathologie. Un collègue à la fois médecin et bioinformaticien me disait récemment avoir soulevé le problème pour la classification informatique des pathologies, en prenant l'exemple de sa calvitie : est-ce simplement un aspect de son apparence, ou une pathologie ? Une partie du problème est que si l'on veut classifier quelque chose dans un cadre médical, alors le concept de pathologie est simple et déjà présent. Un autre aspect est de savoir si un phénotype est gênant : être chauve peut gêner certaines personnes, surtout si cela se déclare dès l'adolescence. Mais pas d'autres. Ne pas digérer le lactose à l'état adulte pose problème si vous êtes dans une société où la plupart des gens le digèrent, et donc il est un composant normal de l'alimentation. Mais si l'absence d'une mutation avantageuse est une maladie, alors toute apparition d'une <del>maladie</del> mutation avantageuse créé-t-elle une maladie correspondante chez ceux qui ne l'ont pas ? Ceux d'entre nous qui ne sont ni tibétains ni andins et ne sommes pas adaptés aux hautes altitudes souffrons-nous de sensibilité à l'altitude ? Est-ce une pathologie touchant 99% des humains ?<br/><br/>Je pose ces questions là, je n'ai pas de réponses.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com5tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-52439367740032019202016-10-27T10:34:00.000+02:002020-10-14T14:52:40.854+02:00En évolution, les mutations sont au hasard, ça veut dire quoi au
hasard ?<a href="https://commons.wikimedia.org/wiki/Zea_mays#/media/File:Peruvian_corn.jpg"><img class="aligncenter size-medium wp-image-3186" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/10/Peruvian_corn-300x225.jpg" alt="peruvian_corn" width="300" height="225" /></a><br/><br/>Un des fondements de la théorie néo-darwinienne de l'évolution par sélection naturelle est que les mutations sont au hasard. L'adaptation des êtres vivants à leur organisme, les yeux qui voient et les enzymes qui digèrent et les ailes qui volent, sont permis par la sélection naturelle qui vient après les mutations.<br/><br/>Ce sont le hasard et la nécessité de Monod : le hasard des mutations, la nécessité de la sélection naturelle.<br/><br/>Que veut dire "les mutations sont au hasard" ?<br/><br/>L'ADN est constitué de 4 bases : A, G, T et A. Au hasard, ça pourrait vouloir dire 1 chance sur 3 d'obtenir chacune des 3 bases possibles lors d'une mutation (pas 1 sur 4 parce que muter de A vers A ce n'est pas muter). Mais si à partir de A on a 1 chance sur 2 de muter vers G et 1 sur 4 pour C et T, n'est-ce plus du hasard ? Si je tire 2 dés et que je fais la somme, je n'ai pas 1 chance sur 11 d'obtenir chacun des nombres possibles (1+1=2 à 6+6=12), mais 1 chance sur 6 d'obtenir 7 et seulement 1 sur 36 d'obtenir 2 ou 12. La somme de deux dés n'est-elle pas du hasard ? Si, elle l'est, simplement la distribution parmi laquelle le résultat est obtenu au hasard n'est pas uniforme (toutes les possibilités ne sont pas égales). De même, les 4 bases n'ont pas la même probabilité d'être obtenues par mutation. Par exemple A et G sont de même type chimique, ce sont des purines, et une mutation A vers G (et réciproquement) est donc plus fréquente qu'une mutation de A vers C ou T.<br/><br/>Un génome humain fait 3,2 milliard de bases. Au hasard, ça pourrait aussi vouloir dire que toutes ces bases ont la même chance de muter à chaque génération. Mais ce n'est à nouveau pas le cas. Par exemple si beaucoup de bases identiques se suivent il y a davantage de chances d'avoir une erreur de rajout ou de perte d'une des bases (AAAAAAA devient AAAAAA ou AAAAAAAA) que pour une séquence plus complexe. Ah oui parce que les mutations ce n'est pas que des remplacements d'une base par une autre, il peut aussi y avoir des gains ou pertes de bases, ou de blocs de millers de bases, des inversions de blocs de bases, etc. Et chacun de ces types de mutation a des probabilités de se produire spécifiques.<br/><br/>Donc, les mutations ne sont pas uniformes.<br/><br/>De plus, strictement parlant, rien n'est au hasard dès que l'on sort de la physique quantique. Le résultat d'un dé est déterminé par la vitesse et l'angle auquel on l'a lancé, sa forme exacte, la surface où il atterri, etc etc. Pourtant non seulement on accepte généralement le résultat d'un dé comme "au hasard", mais un grand nombre de lancés de dés va bien suivre les attentes probabilistes. Sans entrer dans le détail des raisonnements probabilistes ici (notons juste que l'on doit raisonner en probabilités en fonction de notre ignorance de la situation – par exemple des forces agissant sur le dé), une analogie pertinente à l'évolution est que la somme des forces agissant sur le dé, et amenant un résultats ou un autre, ne doit rien aux intentions du joueur qui voudrait obtenir le chiffre le plus élevé possible.<br/><br/>Alors, venons-en au fait. Que veut dire au hasard dans le cadre de la théorie de l'évolution ?<br/><br/>Et bien c'est très simple. Au hasard, ça veut dire que les mutations se produisent indépendamment de leurs effets sur les organismes. Quand un A mute vers un G, la probabilité de cette mutation est indépendante de l'effet de la mutation sur l'organisme. La mutation se produit plus ou moins probablement selon que ce sont toutes deux des purines ou pas, selon que c'est une zone de l'ADN plus ou moins complexe, etc. Elle ne se produit pas plus ou moins probablement selon que l'organisme a besoin de cette mutation ou pas à ce moment. La somme des forces chimiques et physiques agissant sur les mutations est indépendante de l'avantage ou du désavantage sélectif de la mutation.<br/><br/>En termes plus formels, de connaître l'un n'apprend rien sur l'autre : de savoir quelles mutations sont probables ne me dit pas lesquelles sont avantageuses, de savoir quelles mutations sont avantageuses ne me dit pas lesquelles sont probables. Corrélation nulle.<br/><br/>Pourquoi est-ce important ? On ne comprend pas l'évolution du vivant si on ne comprend pas ce rôle central du hasard, et donc en quoi il consiste. On n'a pas une mutation de <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Lactase#Pathologies">régulation de lactase</a> permettant de digérer le lait chez les adultes parce qu'on en a besoin quand on élève des vaches. Lorsque l'on élève des vaches, cette mutation devient avantageuses, mais elle se produisait avant l'élevage avec la même fréquence.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-12956912616405757632016-10-14T10:30:00.000+02:002020-10-14T14:52:40.519+02:00Si je me remets à bloguer un peu plus, de quoi voulez-vous entendre
parler ?Normalement le lien du tweet vous emmène vers un sondage :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr">Si je me remets à bloguer un peu plus, de quoi voulez-vous entendre parler ?</p><br/>— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) <a href="https://twitter.com/marc_rr/status/786625129199448068">13 octobre 2016</a></blockquote><br/>Edit : version Google pour ceux qui ne sont pas sur Twitter :<br/><br/>Loading...<br/><br/>(si embed ne marche pas et il y a écrit "Loading", aller ici : <a href="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSehye-4EufB5aIKfmsMsF9rTKspK8gzHsoomEYFuBA_OB-mNw/viewform">https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSehye-4EufB5aIKfmsMsF9rTKspK8gzHsoomEYFuBA_OB-mNw/viewform</a>)<br/><br/>Et puis si personne ne répond, je vais peut-être faire autre chose. Comme me retirer dans un monastère, démarrer une chaîne YouTube, ou juste tweeter.<br/><br/><hr /><br/><br/>Merci pour vos réponses ! Les gagnants (Twitter + Google) sont :<br/><table><br/><tbody><br/><tr><br/><td>évolution</td><br/><td>25 votes</td><br/></tr><br/><tr><br/><td>OGM</td><br/><td>18 votes</td><br/></tr><br/><tr><br/><td>statistiques</td><br/><td>14 votes</td><br/></tr><br/><tr><br/><td>génome humain</td><br/><td>9 votes</td><br/></tr><br/></tbody><br/></table><br/>Et bien sûr comme suggéré par plusieurs personnes sur Twitter ou dans les commentaires, je vais continuer à écrire sur ce qui me plaît, mais ce petit sondage aide la motivation, notamment pour parler d'évolution.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com7tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-55577124890121312382016-10-10T10:30:00.000+02:002020-10-14T14:52:40.344+02:00Types de sélection naturelle, avec emojis ????Hé bin, ça fait un moment que je n'ai pas blogué ! J'ai été un peu débordé, et après c'est difficile de reprendre le rythme.<br/><br/>On va redémarrer en douceur avec une illustration rigolote de la sélection naturelle que j'ai vu cet été sur Twitter :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="en">Natural selection:<br/>Positive 🐁🐁🐁🐁→🐁🐁🐀🐁→🐀🐀🐀🐀<br/>Negative 🐁🐁🐁🐁→🐁🐁🐀🐁→🐁🐁🐁🐁<br/>Balancing 🐀🐁🐀🐁→🐀🐁🐀🐁→🐀🐁🐀🐁<br/>Artificial 🐗→🐖<br/>Disruptive 🐪→🐫 (that's a joke)</p><br/>— Jacob A Tennessen (@JacobPhD) <a href="https://twitter.com/JacobPhD/status/754049583987077120">July 15, 2016</a></blockquote><br/>La sélection naturelle, c'est le fait que les individus ont plus ou moins de succès de survie + reproduction et qu'une partie des différences sont dues à des différences génétiques entre eux. Les variants génétiques favorables à davantage de survie + reproduction sont favorisés.<br/><br/>Les émojis ci-dessus illustrent une différence souvent mal comprise entre types de sélection naturelle. Dans le détail :<br/><ul><br/> <li>La sélection positive (attention piège : le terme est utilisé dans un sens différent en <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Lymphocyte_T#S.C3.A9lection_positive">immunologie</a>) favorise un nouveau variant (généralement un nouveau mutant), donc accélère l'évolution. Dans le cas présenté ci-dessus, une mutation apparaît qui donne des souris aux poils foncés ; c'est avantageux par rapport aux poils clairs (peut-être sont-ils nocturnes) et la mutation s'impose dans l'espèce.</li><br/> <li>La sélection négative (même piège en immuno que ci-dessus) favorise ce qui établi. La même mutation donnant des poils foncés apparaît mais cette fois il est avantageux d'être clair (des <a href="https://www.youtube.com/watch?v=5UkxNkuc_OY">souris diurnes dans les dunes de sable</a>). Donc la sélection négative ralentit l'évolution.</li><br/></ul><br/>Si vous avez pensé "mais comment ça se fait que les souris ne sont pas déjà sombres si elles sont nocturnes ?", vous avez raison. La plupart du temps, les organismes ont déjà fixé les variations fortement avantageuses dans leur environnement, car elles y sont depuis assez longtemps. De plus, la plupart des mutations (parmi celles qui ont un effet) affectent des aspects qui dépendent peu des détails de l'environnement (par exemple reconnaître une hormone comme l’œstrogène commune à tous les animaux vertébrés). Donc : la sélection négative est nettement plus fréquente que la sélection positive. C'est intuitif : modifiez au hasard un truc compliqué qui marche, y a nettement plus de chances de l’abîmer que de l'améliorer.<br/><ul><br/> <li>La sélection balancée correspond au cas plus spécial où la sélection naturelle maintien plusieurs variants génétiques en même temps. Alors attention <strong>la sélection naturelle n'agit pas pour le bien de l'espèce</strong>. Soulignez deux fois en rouge. La sélection naturelle ne peut pas maintenir de la variation du système immunitaire (par exemple) parce que c'est bon pour l'espèce, contrairement à un sélectionneur artificiel s'il était malin. La sélection naturelle agit au niveau des individus. Malgré tout il y a plusieurs mécanismes qui peuvent quand même maintenir cette diversité. Les deux les mieux compris sont (1) l'avantage hétérozygote, quand il est mieux d'avoir deux versions du gène dans un individu (exemple : mieux d'avoir des versions différentes du <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Complexe_majeur_d%27histocompatibilit%C3%A9">MHC</a> pour se défendre contre plus de pathogènes), et (2) la sélection dépendant de la fréquence, quand c'est mieux d'être sombre quand il y a beaucoup de clairs, mais mieux d'être clair quand il y a beaucoup de sombres (exemple : mieux de manger une proie que moins de vos congénères mangent).</li><br/> <li>La sélection artificielle c'est grosso-modo de la sélection positive, mais avec un sélectionneur qui sait ce qu'il veut obtenir, et peut sélectionner contre l'intérêt de l'individu. En général ça peut aller très vite.</li><br/> <li>Le dernier point est une blague parce que la sélection disruptive favorise les phénotypes extrêmes, ce qui est généralement représenté comme une courbe bimodale, rappelée par les deux bosses du chameau (<a href="https://en.wikipedia.org/wiki/File:Selectiontypes-n0_images.png">cf ici</a>).</li><br/></ul><br/>En résumé : sélection positive = révolution, sélection négative = conservatisme, sélection balancée = bipartisme. ;-) (Et oui parfois les révolutionnaires deviennent conservateurs, en évolution comme ailleurs...)mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-13738140090966727212016-02-04T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:40.139+02:00Séquençage de virus en temps réel sur le terrain : ça arrive pour EbolaFin 2015 je <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2015/12/08/sequenceage-dadn-de-vos-toilettes/">vous ai embêté</a> avec les promesses du séquençage de l'ADN partout tout le temps facile pas cher. Un billet ultra rapide pour dire que ça y est, ça arrive pour de vrai :<br/><br/>Quick et al (centaine de co-auteurs) 2016 <em>Real-time, portable genome sequencing for Ebola surveillance</em> <a href="http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature16996.html">Nature doi:10.1038/nature16996</a><br/><br/>Je cite, ça vaut le coup :<br/><blockquote>In April 2015 this system was transported in standard airline luggage to Guinea and used for real-time genomic surveillance of the ongoing epidemic. We present sequence data and analysis of 142 EBOV samples collected during the period March to October 2015. We were able to generate results less than 24 h after receiving an Ebola-positive sample, with the sequencing process taking as little as 15–60 min.</blockquote><br/>Voilà, on peut amener le séquenceur dans ses bagages, aller sur le terrain, et obtenir des séquences d'ADN permettant d'identifier les souches et les mutations dans les 24h, dont moins d'une heure de séquençage proprement dit.<br/><br/>[caption id="attachment_3137" align="aligncenter" width="266"]<a href="http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature16996.html#f1"><img class="size-full wp-image-3137" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/02/nature16996-f1.jpg" alt="en a, les bagages, en d, le labo. voilà." width="266" height="200" /></a> en a, les bagages, en d, le labo. voilà.[/caption]<br/><br/>Pas pour prêcher pour ma paroisse, mais la mise au point d'une bonne méthode bioinformatique a été clé pour que ça soit utile. Avec ça, ils peuvent par exemple tracer l'évolution du virus en temps presque réel :<br/><br/><a href="http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature16996.html#f3"><img class="aligncenter size-full wp-image-3138" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/02/nature16996-f3.jpg" alt="nature16996-f3" width="946" height="1050" /></a><br/><br/>Seule point à noter, dans ce cas leur protocole dépendait du fait qu'ils connaissaient déjà le virus, afin de l'amplifier in vitro. Si ce n'est pas le cas, ça sera possible aussi, mais plus compliqué, car il faudra séquencer de plus petites quantités d'ADN.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-66238423675728935662016-01-28T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:39.726+02:00#Séralini et les #OGM : après la tragédie, la farceJe ne comptais pas commenter sur le dernier Séralini, mais c'est devenu tellement ridicule que je ne résiste pas. Il a donc publié un "article" qui décrit la mortalité des vaches dans une ferme allemande particulière et l'attribue aux OGM sans aucun élément de preuve. Je ne vais pas dans le détail, pour une fois je vous renvoie à <a href="http://alerte-environnement.fr/2016/01/26/seralini-deterre-laffaire-glockner/">alerte-environnement</a>.<br/><br/>Ce papier m'évoque la citation célèbre de Karl Marx :<br/><blockquote><span class="citation">Hegel fait remarquer quelque part que, dans l'histoire universelle, les grands faits et les grands personnages se produisent, pour ainsi dire, deux fois. Il a oublié d'ajouter : la première fois comme tragédie, la seconde comme farce.</span></blockquote><br/>Donc après la tragédie de 2012 (rappelez-vous, les rats torturés), voici la farce :<br/><ul><br/> <li>Le co-auteur de Séralini c'est le fermier qui a accusé le semencier d'être responsable de la mort de ses vaches à l'époque, et qui a été à l'époque débouté par la justice allemande.</li><br/> <li>Le journal est non seulement inconnu au bataillon, mais publié par un éditeur inconnu du Nigéria (il ne faut pas juger là-dessus, mais le Nigéria n'est pas connu pour sa recherche ni son édition), et contient une faute d'orthographe dans son titre : "Scholarly Journal of Agrucultural Science" (ça devrait être "agr<strong><span style="text-decoration: underline">i</span></strong>cultural").</li><br/> <li>L'article commence par cette phrase incroyable "<em>Thus it was not designed as a scientific experiment</em>". Ah bin pour une fois c'est clair. Ceci n'est pas une expérience scientifique. Ni une pipe. Ni rien.</li><br/> <li>Car cerise sur le gateau, le journal bidon a oublié de renouveller son domaine internet le lendemain de la conférence de presse annonçant le résultat. A pus article.</li><br/></ul><br/>Article et résultat auquels personne ne semble porter attention, ce en quoi tout le monde a bien raison.<br/><br/>C'est triste un naufrage pareil quelque part.<br/><br/>Liens :<br/><ul><br/> <li>le <a href="http://scholarly-journals.com/sjas/index.htm">site du journal</a>, "This domain name expired" à l'heure où j'écris.</li><br/> <li>un <a href="http://web.archive.org/web/20160123113210/http://scholarly-journals.com/sjas/index.htm">cache webarchive</a>, qui ne contient malheureusement pas le dernier numéro avec l'article en question.</li><br/> <li>une <a href="http://gmwatch.org/images/pdf/Prof_Gilles_Eric_Seralini_Paper.pdf">version PDF</a> de l'article sur le site américain GMwatch. Il ne semble pas que Séralini maîtrise l'art de mettre ses publications sur son propre site web (en a-t-il un ? une recherche Google mène au CRIIGEN [oui il a un site pas à jour, <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/01/28/seralini-et-les-ogm-apres-la-tragedie-la-farce/#comment-26804">voir commentaires</a>]), ou dans un site d'archives gratuites comme <a href="http://biorxiv.org/">biorxiv</a>. (Remarquez l'usage du titre "professeur" jusque dans le nom du PDF ; je remarque souvent un amour des titres chez les tenants des pseudo-sciences.)</li><br/> <li>un <a href="http://www.science20.com/science_20/it_was_not_designed_as_a_science_experiment_seralini_speaks_some_truth-164261">commentaire amusé</a> sur un blog scientifique anglophone.</li><br/> <li>la nouvelle de la disparition de l'article <a href="http://retractionwatch.com/2016/01/27/seralini-paper-claiming-gmo-toxicity-disappears-after-journal-domain-expires/">sur le site Retraction Watch</a>.</li><br/></ul><br/>Mise à jour du 2 février : le site est revenu en ligne, et un peu de contexte sur ce "journal" étrange sur <a href="http://seppi.over-blog.com/2016/02/les-vaches-de-glockner-et-seralini-quelqu-un-a-paye.html">le blog de Seppi</a>.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com10tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-87360203527079736142016-01-27T19:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:39.516+02:00Vent de folie dans les journaux scientifiques: 3- CRISPR/Cas édite
l'histoire de la génomiqueAllez, dernier billet dans la série (<a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/01/27/vent-de-folie-dans-les-journaux-scientifiques-1-la-secte-du-cladisme/">1- secte cladistes</a>, <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2016/01/27/vent-de-folie-dans-les-journaux-scientifiques-2-halte-aux-parasites-qui-osent-analyser-les-donnees/">2- parasites de la recherche</a>). A noter que le sujet cette fois a été couvert notemment <a href="http://abonnes.lemonde.fr/sciences/article/2016/01/25/crispr-cas9-dans-la-guerre-des-brevets_4853291_1650684.html">par Le Monde</a> (je profite de l'occasion pour saluer l'excellence du Monde sciences ces derniers temps - continuez !). Et je n'ai bêtement pas bien gardé tous les liens pertinents, donc il va manquer des trucs.<br/><br/>Or donc, CRISPR/Cas est la technique révolutionnaire qui permet d'éditer les génomes avec précision et puissance, facilement et pour pas cher. Et le 14 janvier, une somité de la génomique mondiale, Eric Lander, a publié :<br/><br/>The Heroes of CRISPR <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2015.12.041">Cell 164: 18–28</a><br/><br/>Dans cet article, Eric Lander brosse l'histoire de la découverte de cette technique, en disant vouloir mettre en avant les personnes moins reconnues d'habitude. Mais, il y a quelques mais :<br/><ul><br/> <li>Mais parmi ces héros méconnus, que des chefs de labos, pas de doctorants ni de postdocs.</li><br/> <li>Mais parmi les héros très généralement connus, deux femmes, Emmanuelle Charpentier (française travaillant en Allemagne) et Jennifer Doudna (Berkeley, Californie), reçoivent nettement moins d'attention que les autres intervenants. C'est curieux, ces deux femmes sont généralement créditées de la découverte de CRISPR/Cas.</li><br/> <li>Mais par contre la troisième personne très connue pour CRISPR/Cas, Feng Zhang (Broad Institute, Massachusetts), a droit à un portrait étendu et flatteur.</li><br/> <li>Mais Eric Lander est directeur du Broad Institute, lequel est en procès avec Berkeley pour un brevet sur CRISPR/Cas, pour savoir qui de Doudna ou de Zhang a la priorité sur l'application aux cellules humaines.</li><br/></ul><br/>Oups. Du coup, Twitter <a href="https://twitter.com/hashtag/landergate">#LanderGate</a> (depuis le Watergate, tous les scandales sont des truc-gate aux USA).<br/><br/>Commentaires acides de Doudna et Charpentier sur PubMed, la base de données de référence des articles en biologie et médecine (<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=26771483">lien</a>) disant que leur travail a été mal représenté et qu'elles n'ont pas été consultées. Plus surprenant, commentaires de George Church, qui travaille aussi au Broad avec Lander, et <a href="http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/45119/title/-Heroes-of-CRISPR--Disputed/">dit ne pas avoir</a> été suffisamment consulté et qu'il y a de nombreuses erreurs (voir <a href="http://fyre.it/TyfogZ.4">aussi ici</a>). De nombreuses critiques notent que l'article ne signale pas le conflit d'intérêts de Lander, mais il s'avère qu'il l'a signalé <a href="http://fyre.it/kZmW6J.4">au journal</a> qui a décidé de ne pas l'afficher.<br/><br/>Grosse <a href="https://pubpeer.com/publications/D400145518C0A557E9A79F7BB20294">discussion sur le site PubPeer</a> bien sûr, qui discute les articles scientifiques de manière anonyme.<br/><br/><a href="http://genotopia.scienceblog.com/573/a-whig-history-of-crispr/">Une analyse intéressante</a> du point de la rédaction historique, qui montre bien comment Lander diminue les rôles de Doudna et Charpentier.<br/><br/>Deux réactions très fortes de chercheurs très connus en génomique (et tous deux connus pour leur peu d'empressement pour la diplomatie) : <a href="http://www.michaeleisen.org/blog/?p=1825">Michael Eisen écrit</a> que Lander est un super-vilain fascinant, "an evil genius". De manière intéressante, une de ses conclusions c'est qu'il ne devrait pas y avoir de brevet (à noter qu'il est à Berkeley comme Doudna), et je suis assez d'accord dans ce cas-ci. Un brevet ne fera que du tort, et n'a rien à voir dans ce cas avec l'objectif affiché d'encourager l'innovation. Eisen dit aussi (et en <a href="http://fyre.it/BjazHL.4">commentaire à Cell</a>) qu'il est contre les prix qui mettent trop en avant un petit nombre de personnes, de manière toujours injuste. <a href="https://liorpachter.wordpress.com/2016/01/18/the-heroes-of-crispr/">Lior Pachter insiste</a> sur la manière dont Lander efface les postdocs et doctorants de l'histoire.<br/><br/>Tous deux, et de nombreux autres commentateurs, ironisent sur la carte accompagnant l'article, dans laquelle le monde se réduits aux USA et à l'Europe, et où le code couleur montre bien que la seule avancée déterminante a eu lieu à Boston, lieu du Broad Institute :<br/><br/>[caption id="attachment_3109" align="aligncenter" width="769"]<a href="http://www.cell.com/action/showImagesData?pii=S0092-8674%2815%2901705-5"><img class="size-full wp-image-3109" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/01/gr2.jpg" alt="carte telle que publiée" width="769" height="490" /></a> carte telle que publiée[/caption]<br/><br/>Exemple de tweet à ce propos :<br/><br/> <br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="en">CRISPR is so powerful, it can edit-out Iceland and Greenland from earth! HT <a href="https://twitter.com/mbeisen">@mbeisen</a> <a href="https://t.co/Xb9dYGJHho">https://t.co/Xb9dYGJHho</a> <a href="https://t.co/nfpdmp1K3F">pic.twitter.com/nfpdmp1K3F</a></p><br/>— Yaniv Erlich (@erlichya) <a href="https://twitter.com/erlichya/status/691689599001845760">January 25, 2016</a></blockquote><br/>Et lien rigolo tweeté suite à mon teaser plus tôt aujourd'hui :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="fr"><a href="https://twitter.com/tomroud">@tomroud</a> <a href="https://twitter.com/marc_rr">@marc_rr</a> j'aime bien l'épisode V - the microbes strike back :) <a href="https://t.co/ICHAXmtJoP">https://t.co/ICHAXmtJoP</a></p><br/>— Alexis Verger (@Alexis_Verger) <a href="https://twitter.com/Alexis_Verger/status/692340506475520000">January 27, 2016</a></blockquote><br/>Cet article a fait couler énormément d'encre électronique, et je n'ai pas le temps d'en faire le tour. Ceci clot donc pour le moment mon petit tour des délires des journaux scientifiques en ce début d'année 2016. :-)<br/><br/>Titre piqué à cet excellent tweet d'Alexis Verger :<br/><br/><blockquote class="twitter-tweet"><p lang="en" dir="ltr"><a href="https://twitter.com/hashtag/CRISPRfacts?src=hash">#CRISPRfacts</a> CRISPR is so powerful it can edit its own history.</p>— Alexis Verger (@Alexis_Verger) <a href="https://twitter.com/Alexis_Verger/status/687859294553944064">January 15, 2016</a></blockquote>mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-52823121462269437922016-01-27T13:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:39.286+02:00Vent de folie dans les journaux scientifiques: 2- halte aux parasites
qui osent analyser les donnéesAprès le <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/?p=3081">dogme cladiste issu du fond des ages</a>, un nouvel épisode de "maman j'ai raté le 21ème siècle", avec l'éditorial du <em>New England Journal of Medicine</em> du 21 janvier. Contrairement au journal <em>Cladistics</em> (voir billet précédent), NEJM est très connu et reconnu, l'un des plus prestigieux de la recherche en médecine :<br/><br/>Dan L. Longo, M.D.*, and Jeffrey M. Drazen, M.D.* <em>Data sharing</em> <a href="http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMe1516564">N Engl J Med 2016; 374:276-277</a><br/><em> * M.D. = medical doctor, parce que pour les chercheurs en médecine les titres sont souvent importants ; no comment.</em><br/><br/>Que dit l'éditorial (j'ai mis une version rapidement annotée <a href="https://www.dropbox.com/s/s9n58c53dnokinw/nejme1516564.pdf?dl=0">sur Dropbox ici</a>) ? Après avoir dit quelques mots sur la beauté théorique du partage des données, ça se gâte :<br/><blockquote>The first concern is that someone not involved in the generation and collection of the data may not understand the choices made in defining the parameters.</blockquote><br/>Les éditorialistes s'inquiètent de ce que des chercheurs n'ayant pas participé à la collecte des données ne comprennent pas les subtilités de ces données, et donc les interprètent mal. Donc ils pensent que le rapport des méthodes dans les articles, et les informations fournies avec les données, ne suffisent pas à comprendre ce qui a été fait ? C'est très inquiétant. En science, on doit rapporter les choses de manière reproductible (voir <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/02/08/doit-on-montrer-le-code-informatique-des-scientifiques-meme-sil-est-moche/">débat à propos du code scientifique</a>).<br/><br/>Ca devient pire :<br/><blockquote>A second concern held by some is that a new class of research person will emerge — people who had nothing to do with the design and execution of the study but use another group’s data for their own ends, possibly stealing from the research productivity planned by the data gatherers, or even use the data to try to disprove what the original investigators had posited.</blockquote><br/>Et d'une, il risque d'émerger une classe de gens qui volent la productivité des collecteurs de données (noble occupation on le comprend). Enchanté, moi je suis prof de bioinformatique depuis 2005, et je fais ça depuis le milieu des années 1990. Margaret Dayhoff a publié le premier atlas de séquences et structures de protéines en 1965 (pas trouvé de version en ligne), et Grantham et al (conflit d'intérêts : j'ai cosigné des articles avec deux des "et al") ont découvert que différentes espèces utilisaient le code génétique universel de manière subtilement différente en analysant toutes les séquences d'ADN alors disponibles <a href="http://nar.oxfordjournals.org/content/8/1/197.5.short">en 1980</a>.<br/><br/>Et de deux, les éditorialistes ont peur que "même" de vils chercheurs utilisent les données des gentils collecteurs de données pour tenter d'invalider les hypothèses de départ. Mais c'est que ça oserait faire de la science ces vauriens ! (Bon, conflit d'intérêt, c'est ce que je fais moi, voir <a href="http://people.unil.ch/marcrobinsonrechavi/2013/07/story-behind-the-paper-the-hourglass-and-the-early-conservation-models-co-existing-evolutionary-patterns-in-vertebrate-development/">ici en anglais</a> par exemple.)<br/><br/>On arrive à la phrase qui a le plus enflammé les réseaux sociaux des scientifiques :<br/><blockquote>There is concern among some front-line researchers that the system will be taken over by what some researchers have characterized as “research parasites.”</blockquote><br/><a href="https://www.google.com/search?q=tournesol+ah+je+fais+le+zouave&biw=1361&bih=744&tbm=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ved=0ahUKEwj37t30osjKAhXKFywKHVLWBhoQsAQIHg#imgrc=KgKICkpgtIhd4M%3A">Ah</a> on est des parasites ? Hop, hashtags Twitter <a href="https://twitter.com/hashtag/iamaresearchparasite">#Iamaresearchparasite</a>, <a href="https://twitter.com/hashtag/researchparasites">#researchparasites</a> et <a href="https://twitter.com/hashtag/researchparasite">#researchparasite</a>. Alors, là ça a réagi de partout : <a href="https://storify.com/phylogenomics/researchparasites">le storify</a>.<br/><br/>Soyons justes, l'éditorial propose une solution : quand on veut analyser des données, on doit concevoir une hypothèse non évidente, contacter les auteurs de l'étude d'origine, et établir une fructueuse collaboration entre gens bien nés. Ca n'arrive en effet jamais de manière légitime que l'on veuille analyser les données de centaines d'expériences, que l'on veuille <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2015/05/22/ciel-on-critique-un-article-scientifique-sur-twitter/">remettre en cause</a> les analyses telles que publiées, ou que l'on veuille analyser des données publiées il y a des années par des personnes parties à la retraite ou ayant arrété de faire de la recherche. Et bien entendu ceux qui génèrent des données intéressantes ont le temps de prendre en compte et répondre de manière appropriée à toutes les demandes qui pourraient leur être faites (génome humain : <a href="https://scholar.google.com/scholar?cites=17222139229225893396&as_sdt=2005&sciodt=0,5&hl=en">plus de 18000 citations</a>). Le bioinformaticien Claus Wilke <a href="http://serialmentor.com/blog/2016/1/24/I-failed-to-parasitize-an-established-clinical-researcher/">donne sur son blog</a> l'histoire intéressante d'un cas où il a du promettre de co-signer un papier pour avoir les données sur un soit-disant effet du jaune d'oeuf qui serait aussi mauvais pour la santé que le tabac. Ayant eu les données, il a refait l'analyse, trouvé que l'analyse de départ était faussée, et que l'hypothèse ne tenait pas. Les chercheurs en médecine concernés l'ont traité avec mépris, et il n'y a jamais eu de publication. Comme il avait signé de ne pas publier tout seul, ça en est resté là. Voilà le problème de la seule approche "collaborative" bien illustré.<br/><br/>Quelques autres réactions en vrac : Une <a href="http://jonathanpeelle.net/blog/2016/1/22/translation-to-plain-english-of-selected-portions-of-longo-and-drazens-editorial-on-data-sharing">traduction rigolote</a> en anglais ordinaire. Un <a href="http://genome.fieldofscience.com/2016/01/nejm-editorial-calls-data-scientists.html">point de vue</a> qui contraste cet éditorial avec les déclarations du vice-président américain sur le partage de données pour combattre le cancer. Puis un <a href="http://smallpondscience.com/2014/03/03/i-own-my-data-until-i-dont/">point de vue d'écologie</a> (la science) discutant comme le partage des données peut en effet être difficile. Et une <a href="http://www.opiniomics.org/the-age-of-the-dinosaurs-is-almost-over-nejm-publishes-one-of-their-last-dying-roars/">interprétation de cet éditorial</a> comme le dernier des dinosaures mourants de l'ancienne façon de faire de la recherche bio-médicale.<br/><br/>Et puis c'est pas comme si ce journal avait un problème de reproducibilité des résultats, par exemple s'il avait un taux élevé d'articles rétractés :<br/><br/>[caption id="attachment_3107" align="aligncenter" width="494"]<a href="http://retractionwatch.com/2011/08/11/is-it-time-for-a-retraction-index/"><img class="wp-image-3107 size-full" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2016/01/retraction_IF_NEJM.jpg" alt="corrélation entre facteur d'impact et taux de rétraction, avec flèche vers le journal que dont il est question ici" width="494" height="353" /></a> corrélation entre facteur d'impact et indice de rétraction, avec flèche vers le journal que dont il est question ici[/caption]<br/><br/>Bon 4 jours plus tard ils ont <a href="http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMe1601087">publié un correctif</a> (ce qui montre une fois de plus l'impact des médias sociaux sur la façon de fonctionner de la science, y compris ceux qui se croient à l'abri en haut de la tour d'ivoire). Ils disent qu'ils sont gentils, parce qu'ils ont signé des accords de diffusion des données. D'ailleurs même s'ils trouvent que c'est de mauvais goût, ils vont les respecter. Mais ils réitèrent que c'est légitime de considérer ceux qui analysent les données avec suspicion pour le moins. Et dans un article dans <a href="http://www.forbes.com/sites/stevensalzberg/2016/01/25/nejm-calls-data-scientists-parasites-can-joe-biden-change-this/">Forbes</a>, l'auteur principal de l'éditorial a refusé de condamner le terme "parasites". Comme dit <a href="http://www.opiniomics.org/dear-nejm/">sur le blog de Mick Watson</a>, ce n'est pas encore des excuses, et c'est insuffisant.<br/><br/>Finalement le mieux qui soit sorti de tout ceci sont les dessins de RedPenBlackPen, qui <a href="http://jasonya.com/wp/category/comic/">dessine sur la science</a> :<br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="en">Hi guys I'm Sucky, the <a href="https://twitter.com/hashtag/researchparasite?src=hash">#researchparasite</a>! I may look cute, but I'm daangerous! <a href="https://twitter.com/mbeisen">@mbeisen</a> <a href="https://twitter.com/NEJM">@nejm</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/IamAResearchParasite?src=hash">#IamAResearchParasite</a> <a href="https://t.co/O7yWLGhrlY">pic.twitter.com/O7yWLGhrlY</a></p><br/>— RedPen BlackPen (@redpenblackpen) <a href="https://twitter.com/redpenblackpen/status/690366890582130688">January 22, 2016</a></blockquote><br/><blockquote class="twitter-tweet">This is really too much fun. <a href="https://twitter.com/hashtag/IamAResearchParasite?src=hash">#IamAResearchParasite</a> <a href="https://t.co/3uVFOx0J6C">pic.twitter.com/3uVFOx0J6C</a><br/><br/>— RedPen BlackPen (@redpenblackpen) <a href="https://twitter.com/redpenblackpen/status/690377885123756034">January 22, 2016</a></blockquote><br/><blockquote class="twitter-tweet"><br/><p dir="ltr" lang="en">This is really too much fun. <a href="https://twitter.com/hashtag/IamAResearchParasite?src=hash">#IamAResearchParasite</a> <a href="https://t.co/3uVFOx0J6C">pic.twitter.com/3uVFOx0J6C</a></p><br/>— RedPen BlackPen (@redpenblackpen) <a href="https://twitter.com/redpenblackpen/status/690377885123756034">January 22, 2016</a></blockquote><br/><blockquote class="twitter-tweet">"Co-authors? Well, that only seems fair." <a href="https://twitter.com/hashtag/IamAResearchParasite?src=hash">#IamAResearchParasite</a> <a href="https://t.co/40VBtmRy8p">pic.twitter.com/40VBtmRy8p</a><br/><br/>— RedPen BlackPen (@redpenblackpen) <a href="https://twitter.com/redpenblackpen/status/690384380406136832">January 22, 2016</a></blockquote>mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-12555270498298215112016-01-27T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:39.031+02:00Vent de folie dans les journaux scientifiques: 1- la secte du CladismeIl y a eu récemment plusieurs éditoriaux ou billets d'opinion qui ont eu un certain, euh, écho sur les médias sociaux. Ils diffèrent par bien des points, mais ont en commun un certain aspect "what the fuck?" comme disent élégamment les américains.<br/><br/>Commençons par l'éditorial du journal <em>Cladistics</em> du 12 janvier (<a href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12148/abstract">lien</a>). Je l'ai vu via ce tweet :<br/><blockquote class="twitter-tweet" lang="fr"><br/><p dir="ltr" lang="en">A new Editorial from Cladistics. Back to the Cold War of systematists...<a href="https://t.co/L3irUPUTZb">https://t.co/L3irUPUTZb</a> <a href="https://twitter.com/hashtag/phylogeny?src=hash">#phylogeny</a> <a href="https://t.co/7SvWJCpRAd">pic.twitter.com/7SvWJCpRAd</a></p><br/>— Christoph Bleidorn (@C_Blei) <a href="https://twitter.com/C_Blei/status/687261513372037120">13 Janvier 2016</a></blockquote><br/>L'éditorial commence direct :<br/><blockquote>The epistemological paradigm of this journal is parsimony. There are strong philosophical arguments in support of parsimony versus other methods of phylogenetic inference (e.g. Farris, <a class="referenceLink" title="Link to bibliographic citation" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12148/full#cla12148-bib-0001" rel="references:#cla12148-bib-0001">1983</a>).</blockquote><br/>Alors un peu de contexte. Il existe différentes méthodes pour reconstruire des arbres phylogénétiques, à savoir les relations évolutives entre espèces. Jusque dans les années 1960-70 la classification des espèces se faisait de manière très approximative, sans méthode formelle. Dans les années 1970 est apparu un mouvement appelé "cladistique", qui visait à réformer la classification des espèces en la rendant objective, suite à un livre de Willi Hennig (1966 pour l'édition anglaise). Les cladistes proposaient un critère de classification, les relations phylogénétiques. Et comme il n'existait pas de méthode objective pour reconstruire ces relations, et l'objectivité était leur objectif, ils ont aussi proposé une méthode formelle (programmable informatiquement même), dite de "parcimonie" (orthographe <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/01/11/rions-un-peu-avec-les-methodes-scientifiques-et-twitter/">discutée ici</a> ;) ). Jusque là tout va bien. Mais dès la fin des années 1970 (<a href="http://www.jstor.org/stable/2412923?seq=1#page_scan_tab_contents">1978</a> pour être précis) Joe Felsenstein a montré que dans certains cas identifiables la parcimonie pouvait se tromper de phylogénie de manière systématique. Ce sont ensuivies deux décénnies de débats entre d'un coté des bio-statisticiens (école dont je suis issu) qui cherchaient les limites des méthodes de phylogénie et les améliorations à y apporter, et de l'autre le groupe proclamant que seul l'usage de la parcimonie fait le vrai "cladiste", pour la plupart issues de musées d'histoire naturelle. Durant ma thèse cette dispute était encore vive, et je me rappelle de discours très agressifs de Guillaume Lecointre fustigeant les fausses phylogénies des statisticiens.<br/><br/>Depuis la plupart des phylogénéticiens sont passés du coté statistique de la force, notamment parce que l'amélioration conjointe des ordinateurs et du séquençage d'ADN fait que nous avons des données bien adaptées au traitement statistique. Et puis quand même une méthode dont on peut montrer qu'elle est juste a quelque chose de préférable à une méthode qu'on aime bien pour des raisons historiques (voir aussi débat <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/02/12/un-petit-debat-scientifique-pour-darwinday-fossiles-contre-adn-chez-les-mammiferes/#comments">dans ce billet</a>).<br/><br/>Et donc l'éditorial de Cladistics, journal de la <em>Hennig society</em>, nous renvoie en arrière vers cette époque, et sans aucune nuance ni aucune leçon apprise. Il commence par dire que ce journal, c'est parcimonie et c'est tout. Il continue dans cette veine :<br/><blockquote>(...) we do not hold in special esteem any method solely because it is novel or purportedly sophisticated. Phylogenetic data sets submitted to this journal should be analysed using parsimony. If alternative methods are also used and there is no difference among the results, the author should defer to the principles of the Society and present the tree obtained by parsimony.</blockquote><br/>J'adore "because it is novel or purpotedly sophisticated". Les éditeurs ne se laissent pas impressioner par une méthode juste parce qu'elle est nouvelle (plus récente que 1966) ou soit disant sophistiquée. Ca fait pas du tout vieux barbons.<br/><br/>Plus loin :<br/><blockquote>we do not consider the hypothetical problem of statistical inconsistency to constitute a philosophical argument for the rejection of parsimony</blockquote><br/>Les problèmes connus et documentés à répétition depuis 1978 ne les embêtent pas, puisqu'il ne s'agit pas d'un argument philosophique. Bin tiens. Une méthode d'estimation de phylogénie estime la mauvaise phylogénie, mais puisqu'elle est <del>théologiquement</del> philosophiquement pure, gardons-la.<br/><br/>Et une phrase qui a fait se gratter bien des têtes en biologie évolutive :<br/><blockquote>The absence of certain truth represents a philosophical limit of empirical science.</blockquote><br/>Euh... oui on ne sait pas toujours tout, mais est-ce une justification pour accepter des méthodes qui se plantent ?<br/><br/>Bref, cet édito a fait rire tout ce qu'internet a de biologistes évolutifs, avec un storify des tweets ici :<br/><br/><a href="https://storify.com/phylogenomics/cladistics-journal-declares-long-live-parsimony">https://storify.com/phylogenomics/cladistics-journal-declares-long-live-parsimony</a><br/><br/>Il faut préciser que perso, faisant de la biologie évolutive, je n'ai plus rencontré ce genre d'attitudes depuis une vingtaine d'années, ce qui tend à indiquer que bien que des gens comme ça existent toujours, ils fréquentent peu les conférences habituelles de biologie évolutive. Je pense qu'ils vont entre eux à la conférence de la Hennig Society (voir à ce propos un <a href="http://judgestarling.tumblr.com/post/137441551016/once-upon-a-time-at-a-willi-hennig-society-meeting">compte-rendu rigolo de Dan Graur</a> d'une de ces conférences ainsi que la discussion dans les commentaires).<br/><br/>Que penser de tout ceci ? Que le dogmatisme peut exister dans des sous-cultures de la communauté scientifique ; que ce dogmatisme est battu en brêche dans la communauté scientifique globale ; et qu'internet fait que ce genre d'attitudes s'attire le ridicule généralisé.<br/><br/>A bientôt pour une deuxième histoire d'éditorial étrange. Soyez sages.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com4tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-55416413044493587202015-12-09T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:38.638+02:00ADN partout 3/3 : lire l'ADN est une technique très générale, aux
applications infinies donc inconnues<a href="http://dilbert.com/strip/2015-12-07"><img class="aligncenter size-thumbnail wp-image-3067" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2015/12/dilbert_kit-150x150.jpg" alt="dilbert_kit" width="150" height="150" /></a><br/><br/>Pourquoi est-ce que la démocratisation et la distribution ubiquitaire potentielle du séquençage d'ADN doivent vous concerner davantage que, disons, des microscopes de poche ou des chromatographes moins chers ? C'est parce que l'ADN est une molécule qui code de l'information. Les types d'informations codés et les usages que l'on peut en faire sont donc extrêmement divers. Ils sont illustrés mais certainement pas listés de manière exhaustive dans le billet précédent. L'ADN est le support de l'information, et c'est à cette information que le séquençage nous donnes accès. Quelque part, c'est aussi général que "savoir lire" : on peut tout lire.<br/><br/>Cette généralité du code donne à la démocratisation potentielle du séquençage d'ADN le potentiel d'applications révolutionaires ou triviales, mais doit en tous cas être compris pour bien être préparé à ce qui arrive. L'ADN contient l'information de la généalogie et du groupe ethnique, des maladies génétiques et des variations normales, des microbes que l'on porte et de ce que l'on a mangé.<br/><br/>Pour être clair : je ne suis pas contre le séquençage d'ADN, j'en fais moi-même ;). Mais il me semble que nos sociétés avancent vers un avenir proche où le pouvoir de cette approche sera libéré, sans être prêtes du tout. Il y a ceux qui ont peur de tout, et ceux qui n'ont peur de rien. Comment faire pour avoir un débat pertinent et qui ne soit pas trop tard ?mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com9tag:blogger.com,1999:blog-2139872214092719561.post-71373263686196981962015-12-08T09:30:00.000+01:002020-10-14T14:52:35.264+02:00ADN partout 2/3 : Séquençage d'ADN dans vos toilettes et à l'aéroport ?[caption id="attachment_3043" align="aligncenter" width="223"]<a href="http://www.bouletcorp.com/2015/10/02/i-want-to-believe-2/"><img class="size-full wp-image-3043" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2015/12/hommelesard.jpg" alt="une BD sympa même si le rapport est distant" width="223" height="139" /></a> une BD sympa même si le rapport est distant : cliquez et lisez[/caption]<br/><br/>Il semble acquis que le séquençage d'ADN suit une trajectoire similaire à celle de l'informatique, mais en plus rapide (<a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2015/11/22/adn-partout-13-le-prix-du-sequencage-baisse-encore-plus">voir billet précédent</a>). Lorsque le prix baisse à ce point, des applications qui étaient inimaginables peuvent devenir routinières. Pour l'informatique on voit ce que ça donne (y pas que les smartphones, quand le réparateur est venu j'ai appris que notre frigo a deux cartes mères...). Et pour le séquençage d'ADN, ça peut donner quoi ?<br/><br/>Un article récent propose justement des réponses à cette question, inspirons-nous en. Avec un grain de sel, l'auteur de l'article est très techno-optimiste, et serait probablement qualifié de <em>scientisme</em> par Cécile Michaut (voir <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2015/10/01/quest-le-scientisme-et-quelles-questions-ne-pas-poser-en-recherche/">ce billet / débat</a>).<br/><br/>Yaniv Erlich 2015 <em>A vision for ubiquitous sequencing</em>. <a href="http://genome.cshlp.org/content/25/10/1411.full">Genome Res. 2015. 25: 1411-1416</a> doi:10.1101/gr.191692.115<br/><br/>Yaniv distingue les "plateformes de séquençage" des "senseurs de séquençage". Une plateforme de séquençage peut être une grosse machine statique, et doit être précise car lire de nouvelles séquences d'ADN inconnues. Un senseur de séquençage doit être petit et rapide, et doit plutôt reconnaître des séquences d'ADN connues.<br/><br/><a href="http://genome.cshlp.org/content/25/10/1411/T1.expansion.html"><img class="aligncenter size-medium wp-image-3024" src="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/wp-content/uploads/sites/10/2015/11/T1.medium-300x169.gif" alt="T1.medium" width="300" height="169" /></a><br/><br/>Alors, quelles applications imagine Yaniv ?<br/><br/><strong>Séquençage à la maison : </strong>des appareils domestiques sensibles à l'ADN<br/>–> des toilettes intelligentes ! Bin oui, y a déjà un branchement à l'eau (pour les réactifs chimiques) et une collecte quotidienne de matériel biologique. Et en général il y a de la place en dessous, là où ça prend la poussière. Que peut-on voir dans ce "matériel biologique" ? La flore intestinale, indicateur de santé et plus généralement d'état physiologique. La nouriture (bin tiens), donc un suivi individuel de si on fait bien son régime, encore plus énervant que les sonneries de ceinture pas attachée en voiture et que les montres qui rappellent qu'on n'a pas assez marché. "Vous avez mangé beaucoup de sucreries aujourd'hui, or votre smartwatch me dit que vous avez à peine marché." L'ADN de la personne, qui normalement ne change pas trop ; mais un cas où il change, ce sont les cancers. Le dépistage très précoce des cancers, ça ça peut être intéressant. On rigole, mais les toilettes sont une piste très sérieuse dans la mesure où il y a très peu de changements à faire à notre maison et à nos habitudes pour que ça marche.<br/><br/>Séquenceur grand public à acheter et utiliser où on veut : j'admets, même si ça devient possible, les applications ne me paraissent pas évidentes. Accessoirement, la régulation d'un séquenceur d'ADN généraliste (pas programmé spécifiquement pour reconnaître la flore intestinale par exemple) ne me paraît pas évidente du tout. Ceci dit, il y a eu beaucoup de réflexions sur ce que les gens accepteraient ou pas avant les smartphones, et quand l'iphone est sorti, on a vu : les gens acceptent tout si ça leur permet de partager des photos de chatons gratos.<br/><br/><strong>Applications médicales et santé :</strong> C'est le gros morceau évident. Mais dans les détails, on peut penser à des applications pas si évidentes :<br/>• séquençage rapide aux contrôles de sécurité des aéroports ; Yaniv pense surtout à la détection de maladies contagieuses, pour limiter les épidémies ; tout le monde à part lui se demande s'il fait confiance à la sécurité des aéroports avec son ADN.<br/>• plus évident, le séquenceur portable pour médecins. Obtenir des résultats rapides et fiables sur le terrin, même en cas de crise humanitaire ; ou même à l'hôpital sans délai d'aller-retour à un labo d'analyses.<br/>• et si on branche le séquenceur domestique sur le réseau de l'hôpital ? Des données sur le patient fiables, précises et en temps réel, notamment sur les maladies infectieuses.<br/>• un peu similaire aux contrôles d'aéroport mais peut-être plus faisable (me semble-t-il), un suivi constant de points clés pour connaître la diffusion des maladies, telles que bouches d'aération, points d'épuration d'eau, les systèmes de circulation d'eau de batiments collectifs, etc.<br/>• de même à l'hôpital, un séquenceur qui analyse de petits échantillons à intervalles courts et réguliers, pour un suivi en temps réel des patients.<br/><br/><strong>Applications légales et de sécurité :</strong> Ah on rigole moins, là.<br/>• séquençage rapide des "indices ADN" sur la scène même du crime ; admettons, encore qu'il faille avoir accès une base de données de suspects de manière sécurisée sur ledits lieux du crime, ce qui n'est pas évident. Mais ça pourrait je pense permettre d'innocenter rapidement quelqu'un, d'éviter une fausse piste.<br/>• "identification positive de la cible" par les militaires ; permettez-moi d'avoir des doutes sur l'applicabilité pratique dans un contexte militaire de l'attente du résultats d'une analyse ADN.<br/>• identification à la sécurité des aéroports : vous le sentiez venir quand ils mis des séquenceurs pour microbes, hein ? Ce qui est intéressant ceci dit c'est qu'on peut potentiellement identifier une personne sans l'avoir elle-même dans sa bases de données, grâce au partage d'information génétique au sein d'une famille (voir ce <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2012/12/28/redif-a-qui-est-ce-genome-dans-la-vitrine/">vieux billet à moi</a>), par exemple pour retrouver de jeunes fugueurs.<br/>Je me dois à ce point de citer une phrase de l'article (à propos d'identification de noms de familles depuis l'ADN) qui montre à la fois le potentiel des méthodes et (à mon avis) l'optimisme de Yaniv :<br/><blockquote>With careful implementation that is sensitive to genetic privacy and cultural issues (Kim and Katsanis 2013), such technology at checkpoints could play a role in fighting human trafficking</blockquote><br/>Oui ça peut marcher avec une mise en place très prudente qui fait très attention à tous les risques et sensibilités culturelles etc, mais ça peut aussi marcher sans. C'est même beaucoup plus facile sans les précautions. Alors, où va-t-on ?<br/><br/>Un point technique à noter sur tous les aspects d'identification d'individus c'est qu'à partir du moment où l'on sait quelle espèce on cherche (contrairement aux pathogènes) et où l'on connait bien la variabilité génétique présente dans l'espèce, bref dans le cas des humains, il y a besoin de peu séquencer pour avoir une identification fiable.<br/><br/><strong>Industrie alimentaire:</strong> le séquençage d'ADN peut notamment servir au contrôle qualité :<br/>• intégré dans la chaîne de production.<br/>• spécifique pour des risques connus : champignons vénéneux, niveau de bactéries pathogènes dans la viande, traces d'allergènes, etc.<br/>Par ailleurs, on peut imaginer un système de "code barre" pour authentifier des produits : une séquence d'ADN unique artificielle introduite dans des produits permettant de les reconnaître à coup sûr, pour les éviter ou s'assurer qu'on les a bien obtenus. Au cas où vous pensiez que ce soit difficile, ce type de technique de code barres ADN est utilisé en routine dans de nombreuses expériences de biologie moléculaire.<br/>• codes barres ADN sur les aliments plus toilettes séquenceuses = aide au régime ! Killer app !<br/><br/>Bon c'est sympa tout ça, mais qu'en est-il de la faisabilité ? Parce que même si le prix du séquençage d'ADN baisse, il faut encore le faire. Or à l'heure actuelle il faut quand même préparer les échantillons d'ADN avant séquençage, et cette préparation est relativement longue (autant pour le séquençage en temps réel) et compliquée (autant pour le séquenceur à la maison). Mais : de nouvelles approches en développement promettent de diminuer les étapes de pré-traitement. Il n'est pas inimaginable qu'on puisse diminuer cela à un point où le séquençage ubituitaire devienne réellement praticable. Il faut quand même être conscient que le prix n'est pas la seule limitation. Les réactifs utilisés doivent être pour le moment stockés à différentes températures, souvent +4°C (frigo) ou -20°C (congélo), et se gardent mal. Yaniv propose deux pistes à cela : l'utilisation de réactifs lyophilisés que l'on réhydrate au dernier moment, peut-être même en cartouches toutes prêtes. Et des technologies solides plutôt que liquides, grâce aux nanotechnologies. Là aussi c'est moins science-fiction qu'on ne pourrait le penser, le <a href="http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/08/26/encore-une-nouvelle-technologie-revolutionaire-de-sequencage-de-ladn-cette-fois-ci-portable/">séquenceur MinION</a> ou la technique de la société <a href="http://www.bionanogenomics.com/">BioNano</a>, par exemple, reposent sur des nanopores et une part de nanotechnologie.<br/><br/>Un autre problème pratique est l'analyse des données : les séquences d'ADN sont inutiles sans analyse bioinformatique. On peut mettre le logiciel sur le séquenceur, mais il faut aussi connaître les séquences de référence auxquelles comparer, qui peuvent être très nombreuses (donc prendre beaucoup de place), et qui peuvent n'avoir d'intérêt que si elles sont à jour. On parle beaucoup de "cloud computing", d'envoyer les séquences chez un service via internet qui vous renvoie le résultat du calcul, mais avec les quantités de données que l'on a en séquençage d'ADN il faut prévoir de très bonnes bandes passantes, ce qui limite les applications du type médecine de brousse. Il y a aussi le problème que si le séquençage est rapide et que l'analyse prend 24h, on n'a pas vraiment la réponse de suite. Il faut donc travailler sur des méthodes bioinformatiques permettant une réponse "dès que possible", avec analyse des données en temps réel et rapport dès qu'on a la réponse cherchée (espèce de bactérie, individu recherché, etc). C'est faisable, mais ce sont des défis intéressants.<br/><br/>Il y a d'autres problèmes, statistiques. Par exemple, pour reconnaître un humain d'un groupe très étudié (les européens de l'ouest, au hasard), on aura davantage de résolution que pour une population africaine très peu étudié. Du coup, les chances de se tromper d'individu jusque parce qu'il a la bonne (ou la mauvaise) ethnicité se posera. Pour la microbiologie, reconnaître une espèce que l'on soupçonne être présente (<em>E. coli</em> dans la nourriture non traitée) est facile, reconnaître n'importe quelle espèce quand on ne sait pas ce que l'on cherche, et qu'on ne connait qu'une petite partie de toutes les espèces existantes, et nettement plus difficile.<br/><br/>Et bien sûr, il y a les implications "éthiques, légales et sociales". On sent bien dans le papier que ce n'est pas ce qui intéresse Yaniv le plus, et peut-être a-t-il raison dans la mesure où son travail est d'explorer ce qui est techniquement possible, mais ça m'a quand même un peu mal à l'aise en lisant un papier par ailleurs très intéressant. D'autant que ces implications peuvent être le plus grand obstacle à la mise en place des solutions qu'il imagine.<br/><br/>D'abord, il existe dans de nombreux pays des lois interdisant ou complicant la collecte d'échantillons humains. Il faut noter qu'en fait nous laissons tous des échantillons partout derrière nous tout le temps, la question est donc leur usage délibéré. L'ADN humain est partout.<br/><br/>Yaniv suggère des messages d'avertissement aux utilisateurs, ou des mécanismes de suppression des séquences lues dès qu'elles ont été analysées, voire de suppression des séquences humaines avant analyse lorsque l'on cherche des séquences bactériennes (par exemple). Mouais, parce qu'on sait que tout le monde lit attentivement les messages d'avertissement des logiciels, apps, pages web, et smartphones que nous utilisons. Et nous faisons totalement confiance à Facebook, <span class="st">Ashley Madison</span>, et demain Nesté ou la sécurité des aéroports, pour effacer les données compromettantes ou personnelles.<br/><br/>Un petit exemple de problème de vie privée pour finir : si des toilettes "intelligentes" peuvent lire l'ADN, elles peuvent savoir si quelqu'un d'extérieur à la famille est venu et a utilisé les toilettes, voire si cette personne vient régulièrement, par exemple quand l'un des partenaires d'un couple est absent...<br/><br/>Bref, tout est possible et rien n'est résolu.mrrhttp://www.blogger.com/profile/03739692453151019735noreply@blogger.com9