La grosse expérience, la carte et l'aventure, trois types de "Big Science"

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Deuxième billet sur le commentaire de Sean Eddy sur ENCODE et sur les réactions à ENCODE. Le premier était sur le projet génome aléatoire.

Ce deuxième billet est sur une classification que Sean propose des projets de "Big Science", ces gros projets scientifiques qui mobilisent de nombreuses équipes et de nombreux chercheurs et coûtent très cher.

1. La grosse expérience. En principe pas différent d'une expérience classique, avec une hypothèse à tester, des contrôles positifs (on sait qu'on doit obtenir un signal) et négatifs (on sait qu'on ne doit pas en obtenir), et un plan pour la validation des résultats. La seule différence avec une expérience classique est le coût et l'infrastructure nécessaire. Exemple : les manips pour détecter le boson de Higgs.


2. La carte. C'est la construction d'une resource commune à beaucoup de groupes et beaucoup de projets, pouvant servir à répondre ou aider à répondre à de nombreuses questions. Mais ça n'est pas en soi le test d'une hypothèse. Décider de faire une telle carte doit être basé sur le rapport coût / bénéfice de retirer cet argent au financement des petits projets, qui d'un côté répondent à des questions scientifiques, et d'une autre construisent de petits morceaux de la carte de manière désordonnée, sans coordination ni standards communs. Si c'est un succès, on a une super resource qui sert à plein de projets, l'exemple typique étant le génome humain (ou les vraies cartes géographiques, très utiles somme toute). Si c'est un échec, on a soit une resource très chère mais peu utilisée, soit une resource mal faite et donc pas utilisable. Pour Sean Eddy, ENCODE est une carte.


3. L'aventure, ou en traduction litérale le coin (the wedge). Un effort massif vers un objectif arbitraire et très distant, dont le but est d'organiser, améliorer, et démocratiser des technologies. Le génome humain était en même temps ce type d'aventure, de même que de poser un humain sur la lune. Plus proche de nous, les projets "cerveau humain" en Europe et aux USA sont de ce type de grosse science. C'est un succès si de nouvelles technologies et de nouvelles façons de faire de la science en sortent et ont du succès. C'est un échec si ça s'englue dans la bureaucratie d'un gros projet sans fournir ni test d'hypothèse ni resource réutilisable.

A mon avis, ENCODE est en effet une carte. Une carte dont la principale valeur est d'être plus détaillée que la précédente, tout en étant la carte d'un territoire que nous connaissions déjà pour l'essentiel. Au 19ème siècle la France a établi des cartes d'Etat Major très détaillées, plus détaillées que la carte de Cassini du 18ème, ce qui était surement très utile. Mais ils n'ont pas découverte de montagnes, de fleuve ou de villes où on n'en connaissait pas. ENCODE c'est pareil, on connaissait en gros les gènes codants, les gènes non codant, les séquences régulatrices, mais on a gagné en détail. Le problème d'après Sean Eddy (et je suis d'accord), c'est qu'une carte a été vendue (au public mais aussi aux collègues scientifiques) comme un test d'hypothèse, ce que ça n'était pas.

Dan Graur n'est pas d'accord. Il pense que les problèmes méthodologiques d'ENCODE, et notamment l'usage de lignées cellulaires bizarres, le disqualifie comme carte utile. A court terme, je pense qu'il n'a pas tort, mais à moyen terme le consortium est en train de répéter les mêmes expériences sur des échantillons plus normaux de souris, et sur des cellules souches humaines, ce qui promet d'être très utile. De plus, Dan pense que la fonction est une état trop mouvant pour être cartographié, contrairement au génome. En cela, je ne suis pas d'accord avec lui. Il me semble que l'ensemble des fonctions génomiques dans un certain tissu, organe ou état cellulaire est pertinent et utile en tant que resource pour la biologie.

De manière amusante, lorsque j'ai diffusé mon opinion sur Twitter ("IMO, #ENCODE is about improving the map of a largely charted territory #andweneedgoodmaps."), Ewan Birney, coordinateur d'ENCODE, l'a retweeté. Ce qui tend à indiquer qu'il n'est pas totalement en désaccord...