Impact du maïs #OGM Bt sur l'environnement

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Dans une discussion récente avec un collègue écologiste aux deux sens du terme, il m'a dit qu'il restait inquiet sur l'impact des OGM sur l'environnement. Mais il n'avait pas de références précises à me fournir. Entre temps j'ai trouvé un article que je ne connaissait pas mais qui a apparemment été très débattu, que nous allons donc regarder ensemble :

Rosi-Marshall et al. 2007 Toxins in transgenic crop byproducts may affect headwater stream ecosystems, Proc Natl Acad Sci USA 104: 16204-16208

En résumé, les auteurs ont examiné l'impact du maïs Bt sur des trichoptères, des insectes relativement proches des lépidoptères, qui vivent typiquement dans les cours d'eau. Le maïs Bt exprime un gène de toxine de Bacillus thuringiensis qui a été mis là pour tuer les lépidoptères (papillons etc), les diptères (mouches etc) et les coléoptères (scarabés etc). On peut donc s'attendre raisonablement à ce qu'il affecte aussi d'autres insectes proches. Comme les trichoptères vivent dans des cours d'eau qui peuvent être proches des champs de maïs, la transmission est aussi raisonable.

Les auteurs ont trouvé du pollen Bt dans 50% des trichoptères examinés à la saison du pollen. Au labo, l'espèce Lepidostoma liba avait une croissance ralentie lorsque nourrie entièrement au Bt par rapport à du maïs non OGM. Une autre espèce, Helicopsyche borealis, n'avait pas de différence de croissance mais de mortalité si. A noter qu'ils ont reçu des doses bien supérieures à celles trouvées dans les cours d'eau.

Il semble que ce papier a été pas mal critiqué, et pas mal cité (ISI, Google Scholar). Il est utilisé dans une revue récente comme exemple d'article attaqué injustement. Je dois dire qu'après avoir lu une attaque en règle, je tends à être d'accord. Les arguments contiennent pas mal d'arguties sur les nuances des différents types de Bt etc. Il y a deux points pertinents à mon sens : que la dose trouvée dans la nature est plus faible que celle utilisée au labo, mais cela était reconnu par Rosi-Marshall et al ; et que le Bt peut provenir d'autres sources, car il est utilisé en pulvérisation de manière courante. C'est vrai, et un point rarement soulevé par les opposants aux OGM est que le Bt est utilisé en pulvérisation dans l'agriculture bio !

Ma conclusion de cet article est que l'impact du Bt comme celui d'autres pesticides sur l'environnement semble insuffisamment étudié. En l'état des connaissances je ne vois pas de risque particulier lié à l'utilisation en OGM par rapport à la pulvérisation. Mais il est possible qu'il y ait des différences (positives ou négatives) dues à la manière dont les produits s'accumulent ou sont consommés par d'autres organismes. En principe, on s'attend à ce que la pulvérisation soit plus négative, parce qu'il faut en mettre plus et de manière moins discriminante. Je dirais dossier à suivre, mais plutôt pour le Bt en tant que tel que pour l'aspect OGM.

Deuxième billet de ma semaine OGM. Tous les billets avec le tag OGM.

S'opposer aux #OGM à cause de #Monsanto c'est illogique

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Ce billet est le premier d'une série OGM cette semaine sur ce blog.

Il est plus ou moins impossible de discuter des OGM sans qu'un opposant aux OGM ne sorte la carte Monsanto très rapidement, comme une espèce de joker inopposable. C'est une erreur logique, et il faut l'arréter si on veut jamais avoir une discussion constructive.

Voici mon point de départ, qui n'est pas de moi mais de Mike Lynas :

S'opposer aux OGM à cause de Monsanto c'est comme s'opposer aux logiciels à cause de Microsoft.

Ce n'est pas Microsoft qui a inventé le logiciel, et ce n'est pas Monsanto qui a inventé la transformation génétique. Mais c'est Microsoft qui a fourni un produit commercial à succès, et pendant longtemps l'informatique pour la plupart des gens était égale au paquet Windows-Office. Et c'est Monsanto qui a fourni un produit commercial à succès, et à ce jour pour la plupart des gens OGM égal maïs OGM Monsanto. Microsoft est une société avec une culture de fermeture, de brevet, de pratiques commerciales peu loyales, et d'extortion de frais de mise à jour. Monsanto à peu près pareil.

Donc pour être clair : je n'aime pas particulièrement Monsanto. Contrairement à beaucoup, je ne hais pas particulièrement Monsanto non plus. Nestlé, Roche, General Motors, Coca-Cola, Total, toutes les grosses multinationales se comportent de manière peu éthique dès qu'elles le peuvent et ont des cadavres dans les placards.

Mais à coté de Microsoft, il y a Linux, il y a les programmeurs scientifiques, il y a les innovations de centaines de compagnies, de Apple et Google (qui ont aussi leurs problèmes, voir ci-dessus) aux start-up, il y a les logiciels qui permettent à votre voiture de réguler sa consommation d'essence et ceux qui permettent de controler un robot sur Mars. Faudrait-il interdire tout ceci pour exprimer son désaccord avec Microsoft ?

C'est pourtant ce qui se passe apparemment avec les OGM. La recherche par des scientifiques fondamentaux est bloquée, les PMEs ne peuvent pas émerger et proposer des solutions originales et novatrices, les compagnies qui pourraient utiliser cette technique dans divers domaines ne le font pas. Parce qu'il y a une opposition totale aux OGM, et chaque fois qu'on veut en discuter, on revient sur Monsanto. Et non, je ne veux pas défendre Monsanto. Mais oui, je veux défendre le droit à explorer cette technique et à l'utiliser.

Je fais donc un appel à un principe semblable au principe de Godwin :

La première mention de Monsanto dans un débat sur les OGM veut dire que vous n'avez aucun argument réel, et donc vous perdez le débat automatiquement.

Puis pour se détendre, si vous avez un quart d'heure et que vous comprenez l'anglais, regardez cette vidéo :

http://www.youtube.com/watch?v=ulq0NW1sTcI

Aidez vos enfants à classifier des animaux comme des pro

[caption id="attachment_1144" align="aligncenter" width="199"] Cliquez sur le dessin[/caption]

Mes enfants ont un jeu de cartes sur les Primates (Bioviva Défi Nature), dans lequel ils doivent s'affronter sur le poids, la taille, la longévité et le temps de gestation de diverses espèces. Je recommende le jeu, il y a aussi des explications sur chaque espèce et un code couleur sur le statut de conservation de l'espèce (menacée ou non, voire danger critique d'extinction).

Un de mes enfants a essayé de classer les cartes pour mettre ensemble "les mêmes espèces". Bon comme chaque carte est une espèce différente, j'ai supposé qu'il voulait regrouper les espèces apparentées proches.

Premièrement, expliquer la classification binomiale : chaque nom latin d'espèce contient deux parties, par exemple Papio ursinus, le babouin chacma. La première partie est en fait le nom de genre, lequel est un regroupement d'espèces proches. Par exemple dans les babouins on a aussi Papio hamadryas. Donc on peut commencer par regrouper les espèces du même genre. Mais dans l'échantillon présenté cela présente peu de regroupements possibles.

Donc deuxièmement on va regarder la classification au degré suivant. Les discussions arcanes sur la définition d'une famille ou d'une sous-famille nous intéressent peu ici. Ce qui nous intéresse, c'est que dans le paradigme actuel de la classification taxonomique, on nomme des groupes qui correspondent à des espèces plus proches apparentées entre elles qu'à toute autre espèce. Donc on va trouver ces noms, et ça va nous donner les relations.

Heureusement le NCBI américain maintient une excellente resource gratuite sur internet sur la taxonomie (la classication des espèces), au nom original et poétique de NCBI Taxonomy. Si on cherche par exemple Papio ursinus on obtient l'information suivante :

Lineage (full): root; cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Cercopithecoidea; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio

Chacun de ces termes correspond à un groupe de la taxonomie. Cela commence en haut à gauche par le groupe le plus grand, le plus inclusif, à savoir la racine l'arbre de la vie puis le groupe "organismes cellulaires", et au fur et à mesure on trouve des groupes plus petits et plus spécifiques, pour finir sur le genre Papio dont nous étions partis. Pour regrouper les babouins avec leurs proches parents, cliquons donc sur le nom immédiatement à gauche de Papio : Cercopithecinae. Le résultat est un peu long pour le copier en entier ici, mais on trouve ainsi que les babouins Papio sont proches parents des mangabey Cercocebus et des macaques Macaca, entre autres.

Ca a beaucoup plu à mon fils, qui a fait des jolis tas de cartes et a appris quelque chose sur les relations entre primates, mais je sais que beaucoup de systématiciens (profession : classer les espèces, voir commentaires sur ce billet) n'aiment pas NCBI Taxonomy, qu'ils trouvent plein d'erreurs et pas à jour.

D'abord, de par sa mission de servir la bioinformatique, NCBI Taxonomy ne contient que les espèces pour lesquelles on connaît des données d'ADN ou de protéines. Ca fait pas mal d'espèces quand même. Ensuite, à ma connaissance aucune resource informatique (ou livre d'ailleurs) n'est complètement à jour en permanence dans ce domaine très changeant. Et les systématiciens aimant bien se disputer, il n'y a souvent pas une information non ambigue à jour, mais plusieurs alternatives (voir aussi ce billet). Le NCBI préfère dans ces cas-là attendre que le débat se soit calmé avant de modifier sa classification, ce qui lui donne un peu de retard mais évite de prendre partie dans les débats, ce qui me paraît sage. Enfin, il faut bien voir que le NCBI Taxonomy, comme Wikipedia, est aussi ce que l'on en fait. Récemment nous avons trouvé un terme mal utilisé (Coelomata) et un terme manquant (Dipnotetrapodomorpha), et nous avons demandé poliment et avec références et justification au NCBI de modifier leur taxonomie. Et ils l'ont fait. Résumé de nos interventions sur ces deux billets en anglais :
New taxon Dipnotetrapodomorpha in NCBI taxonomy
Don’t complain about NCBI taxonomy, improve it!

Ma conclusion est similaire à celui du billet sur l'hibernation : il existe beaucoup d'informations scientifiques de haute qualité à votre disposition sur internet, il ne faut pas hésiter à s'en servir.

doit-on limiter la recherche scientifique ?

[caption id="attachment_1116" align="aligncenter" width="174"] Cliquez sur l'image[/caption]

Il y a eu une discussion récente sur la liste mail interne aux bloggeurs du C@fé sciences, sur la question "Doit-on limiter la recherche scientifique ?".

Le point de départ était un article "sur la première dérivation de cellules souches embryonnaires humaines à partir d'un embryon cloné", suivi d'un article du New York Times sur "le steak de cellules souches". D'où la question de Vincent du blog Dessous de sciences aux autres blogueurs du C@fé sciences :

Est ce que pour vous la science, et plus particulièrement le domaine des cellules souches, commence à dépasser des frontières éthiques et à aller trop loin ?

(Entre temps, Vincent a couvert le sujet des steaks aux cellules souches.)

Je vais essayer de résumer les grandes lignes de ce qui est sorti de cette discussion. J'espère que mes confrères commenteront et corrigeront mes racourcis et mes incompréhensions. Entre "guillements" et en italiques les citations d'autres blogueurs.

Plusieurs bloggueurs, surtout mais pas seulement des chercheurs, considèrent qu'il est dangereux voire détrimental de vouloir limiter la science, et que la question ne doit se poser qu'au niveau des applications éventuelles. On peut poser la question du "pourquoi sans limites". Les applications rentrant dans un cadre industriel et non scientifique, et ayant vocation à être réglementées. Je partage ce point de vue, je vais m'en expliquer plus loin.

Dans la suite d'un billet de blog sur la fameuse citation de Rabelais "Science sans conscience n'est que ruines de l'âme", Sirtin regrette que l'aspect éthique et plus généralement science et société ne soit que très peu présent lors des études scientifiques.

Donc "nous (les scientifiques) ne voyons que par le bout de la lorgnette et nous déchargeons de nos responsabilités vers la société." Un point proche est le risque que les scientifiques, ayant répondu à une question avec succès, ne résistent pas "aux appels du pied de grandes compagnies richissimes qui voudrait aller plus loin et cloner un individu complet" (par exemple). Je dois dire que je ne suis pas sur de comprendre ce que ceci implique en pratique, mais je note avec plaisir que mon université a un enseignement obligatoire "science et société". :-) Le point de vue presque contraire est que "tout ce qui est technologiquement possible finira par être démocratisé dans la mesure où un minimum de personnes sont disposées à payer pour cette technologie/service", donc ce n'est qu'une question de temps pour que la société s'habitue à diverses avancées comme la sélection génétique pré-natale. Mais avec la possibilité d'allers-retours selon la perception de la société des coûts-bénéfices, et la sensibilité à différentes valeurs. Par exemple avec les mouvements écologistes le coût environnemental d'une alimentation abondante et variée devient davantage ressenti et pris en compte. On en revient au même point, qui est l'importance de l'éducation et de la réflexion des scientifiques, tout en poursuivant leurs recherches.

D'ailleurs plusieurs personnes ont noté que l'éthique ne peut pas entièrement être déterminée par la société ou le cadre légal, et qu'à un moment il s'agit de valeurs et de choix personnels.

Un autre point intéressant qui est remonté est la différence entre poser une question de manière abstraite, et utiliser divers outils expérimentaux pour y répondre. Doit-on faire des expériences sur des patients humains, des animaux, des cultures cellulaires, des échantillons précieux, et quand ?

A un moment de l'échange, David de Sciences étonnantes a cité une émission de France Inter avec Pierre-Henri Gouyon l'ayant convaincu qu'il fallait effectivement limiter la recherche scientifique : La tête au carré.

Je trouve perso que PH Gouyon confond plusieurs choses : quelles questions l'on se pose (ce qui devrait être le sujet me semble-t-il), quels moyens on utilise pour y répondre (voir ci-dessus), quelles motivations l'on a pour y répondre, et quelles sont les applications potentielles ?

Par ailleurs ce qui m'a frappé dans cette émission, c'est que l'autre intervenante, Sonia Desmoulin-Canselier, est très claire et lucide là où Gouyon confond les choses et embrouille plus qu'il n'éclaircit. Elle note notamment que quand on parle de recherche il faut poser une hypothèse scientifique, alors que les exemples de Gouyon ne concernent généralement pas de telles hypothèses. Par exemple Gouyon dit qu'il ne faut pas parler de races humaines, parce que les américains font du vilain avec (il passe comme très anti-américain dans cette émission à mon avis, alors qu'une caractéristique essentielle de la recherche scientifique à mon sens est d'être universelle). Mais il ne dit pas dans quel cadre, en posant quelles questions, l'on serait amené à parler de races humaines. Je me permet de vous renvoyer à ce sujet à mon billet sur le sujet, où je discute qu'il existe des différences génétiques entre humains mais pas de races à mon avis, et pourquoi le sujet fait l'objet de discussions pertinentes entre scientifiques.

Prenons l'exemple d'une question simple : Y a-t-il de la vie sur Mars ?

Peut-on poser la question ? Un peu mon neveu ! J'veux savoir, j'veux savoir, j'veux savoir ! A ce stade, la question est : si vous pouviez avoir la réponse magiquement, la voudriez-vous ? Moi oui. Et si vous non, faut éviter de vous tenir au courant des avancées scientifiques, que puis-je dire. Je renvoie ceux qui disent qu'on ôte sa magie à la nature et à l'univers à cet excellent XKCD :

[caption id="attachment_1109" align="aligncenter" width="118"] Cliquez sur l'image pour lire toute la BD[/caption]

Quels moyens utilise-t-on pour y répondre ? Ouh-là, beaucoup plus difficile. A ma connaissance, on ne sait pas rendre quelque chose complètement stérile sur Terre : la dernière fois que j'en ai parlé à un exobiologiste on ne descendait pas en-dessous de 1 bactérie / m2. Donc même les robots qu'on envoie peuvent amener des bactéries. Ensuite, s'il faut ramener des échantillons sur Terre, y a des chances que les contaminants terrestres soient plus abondants que les éventuelles formes de vie martiennes. Si on envoie des humains, il seront forcément bourrés de bactéries terrestres. Et ne parlons même pas du coût en carburant de ces missions. Donc autant pour moi il n'est pas légitime de dire "on ne doit pas chercher à savoir s'il y a de la vie sur Mars", autant il est légitime de dire "en l'état de nos technologies ce n'est pas une bonne idée de chercher à répondre à cette question", ce qui idéalement serait suivi aussitôt par "travaillons plutôt à améliorer ces technologies ou à en trouver de nouvelles".

Quelles motivations a-t-on pour y répondre ? Quels moyens financiers ? C'est un point sur lequel PH Gouyon insiste pas mal, et il n'a pas tort même s'il mélange un peu tout. La recherche scientifique coute des sous, de la recherche la moins chère où il faut quand même payer un salaire et un bureau (genre mathématicien) à la plus chère genre génome humain et CERN. Donc pour travailler le chercheur doit à un moment donné convaincre quelqu'un de le financer, ne serait-ce que de lui donner du travail. Ceci va clairement biaiser les questions que l'on pose en pratique. Il y a beaucoup plus de recherche sur le cancer que sur la reproduction des escargots parce qu'il y a davantage de décideurs qui sont prêts à y mettre des sous, pour des motivations de santé publique (NIH, INSERM) ou de mise au point de médicaments lucratifs (boîtes pharmaceutiques). Donc in fine les motivations d'applications potentielles ont une énorme influence sur les questions que l'on pose, c'est vrai. Mais cela me paraît dangereux de confondre ceci avec la question du droit en principe à tout étudier. Ce n'est pas parce que personne ne finance une recherche qu'on n'a pas le droit de la faire, c'est juste plus dur (et j'ai rencontré un paléo-anthropologue qui a hypothéqué sa maison pour financer des recherches éventuellement couronnées de succès). Inversement, ce n'est pas parce qu'une recherche intéresse des intérêts appliqués qui ne sont pas "purs" par un critère idéologique ou un autre que l'on ne doit pas avoir le droit de la faire. D'ailleurs aucune recherche n'est pure de manière satisfaisante pour la majorité, qui va nous reprocher de faire de la recherche sans applications, ou va nous reprocher de travailler avec les intérêts privés capables de mettre ces applications en oeuvre. Après cette longue parenthèse je reviens sur le cas martien, pour lequel il semble que l'intérêt principal jusqu'ici ait été une concurence entre états qui veulent montrer qu'ils sont plus forts que l'autre dans le domaine spatial. Motivation qui ne semble pas suffisamment forte ces jours-ci pour que grand chose de fracassant se produise. Donc peu de scientifiques s'investissent dans ces questions en effet.

Quelles applications ? C'est le point évident concernant les limites mises à la science. Si l'on découvre de la vie sur Mars, peut-on la vendre sur Terre ? Organiser des safaris pour l'observer ? S'il y a des mécanismes moléculaires surprenants qui résolvent des problèmes biochimiques importants (probablement le cas si vie martienne il y a), peut-on les reproduire et les utiliser sur Terre ? Pour quoi ? De manière purement chimique ou en modifiant des bactéries pour les martianiser ? A mon avis, la perspective de ces applications ne doit pas nous empécher de poser toutes les questions, mais les scientifiques doivent être conscients de ces problèmes et inclure dans nos missions d'alerter le cas échéant la société (les politiciens, l'opinion publique, les associations, les entreprises) aux possiblités comme aux risques. Par exemple attirer l'attention sur notre impact sur la biodiversité et le climat.

En conclusion, non on ne doit pas limiter la recherche scientifique, si par cela on entend interdire certaines questions, à mon avis. Par contre être conscient de la portée éventuelle de ce que l'on fait, et effectuer son travail de manière éthique, oui.

Chercheur et expatrié

Le Monde ayant lancé un appel à témoignage "Vous êtes chercheur et expatrié", j'ai répondu en développant un peu ce que j'avais écrit il y a un moment sur le blog de Tom Roud:

Je suis professeur à Lausanne, après avoir été maître de conférences titularisé en France. Après un détachement aux Etats-Unis, j'ai voulu rentrer et démarrer une équipe dans un autre endroit que là d'où j'étais parti. Je me suis heurté à l'incompréhension de mes collègues, qui n'avaient pas le concept de jeune chef d'équipe, ni le concept d'arriver quelque part pour y créer un groupe. On m'a conseillé de candidater au CNRS, où on m'a fait comprendre que les postes n'étaient pas pour les maîtres de conférences, qui n'avaient qu'à rester chez eux. Et là d'où je venais, on m'a fait des promesses sans aucun suivi concret.

A coté de tout ça, à Lausanne on m'a proposé une offre claire : un poste de prof avec mon groupe à constituer, un financement de départ significatif, un enseignement raisonable et correspondant à mes compétences, et 4 ans pour me prouver et être titularisé sur critères clairs de publications et d'enseignement.

Je suis désolé de de dire que je ne regrette pas du tout mon choix. Chaque fois que je participe à un comité en France, je retrouve des collègues géniaux mais un système trop complexe et fermé.

Combien de changements de paradigmes en biologie ?

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Le philosophe et historien des sciences Thomas Kuhn est l'un des deux philosophes des sciences dont les idées ont modifié l'idée que les scientifiques ont de leur métier je pense, l'autre étant Popper. Si on parle avec des philosophes des sciences, leurs idées sont largement abandonnées, mais elles restent influentes en science. En super bref, Popper a proposé qu'une hypothèse scientifique devait être falsifiable. Et Kuhn a proposé que la science progresse avec deux modes : le mode normal, dans le cadre d'un paradigme qui impose certains questions comme pertinentes, et certaines hypothèses comme raisonnables, et le mode révolutionnaire, de changement de paradigme. Exemples de changement de paradigmes (les seuls qui sont dans Kuhn pour autant que je me rappelle) : passage de la physique aristotélicienne à la physique newtonienne, puis à la physique einsteinienne. Ah oui ils étaient tous les deux à fond branchés exemples de physique Popper et Kuhn, la biologie n'était pas encore à la mode, ça avait une image de collectioneur de papillons.

Récemment Dan Graur s'est amusé à compter le nombre d'articles de biologie et médecine se réclamant d'un changement de paradigme :

In 2012 alone, there were 23,800 scientific articles with the term “paradigm shift” in them. Of these, 463 had “paradigm shift” in the title. (These numbers are underestimates as the searches could not identify phrases such as “shifting the paradigm,” “the current paradigm has been overthrown,” or even simple plurals and changes in word order.)

P'tain ! Au bas mot 463 changements de paradigme en biologie en une seule année ! Trois possibilités évidentes : on assure trop, la science avance super vite ; on ne sait pas ce qu'on fait, du coup on change tout le temps de paradigmes mal ficelés ; ou le terme est légèrement galvaudé. Dan penche en faveur de la troisième hypothèse.

Dan ne voit que 4 changements de paradigme dans l'histoire de la biologie : Mendel, Darwin, Kimura, et Hamilton. Explication de texte :

• Mendel a découvert les lois de la génétique.


• Darwin a découvert la sélection naturelle et en a profité pour démontrer l'évolution et les relations phylogénétiques entre être vivants.


• Kimura a découvert la théorie de l'évolution moléculaire neutre. Là ça devient un peu plus technique. Ce que ça dit c'est qu'au niveau de l'ADN et des protéines, la plupart des changements qui sont conservés en évolution le sont par hasard, et que la sélection naturelle ne joue qu'un rôle mineur, d'un point de vue quantitatif. Alors que la biologie évolutive depuis Darwin a eu tendance à se concentrer sur l'explication par la sélection naturelle des adaptations. On va revenir sur cette histoire.


• Hamilton a montré qu'il n'y a pas besoin de mécanismes compliqués et improbables de sélection de groupe pour expliquer des choses telles que les insectes sociaux, la maintenance du sexe, ou l'altruisme, mais que de la sélection naturelle bête et méchante sur les gènes sufisaient. C'est un peu le contraire de Kimura, le gène est une abstraction dont le support moléculaire n'est pas important, et tout s'explique par la sélection naturelle. Ca n'est pas pour autant que l'un est vrai et l'autre est faux (faut pas croire tout ce qu'on lit dans Dawkins), ils solvent des questions différentes qui se posent à des niveaux d'organisation différents.

Je répondis à Dan sur mon blog anglophone, en disant que Darwin d'accord, mais les trois autres pas trop. Dans l'optique où un changement de paradigme c'est un changement total du cadre dans lequel une science pose ses questions et met ses résultats en contexte, oui c'est clair pour à-peu-près tout le monde je pense que Darwin est l'unique figure incontestable de l'histoire de la biologie qui a eu un impact comparable à Newton en physique. Tous les éléments épars ont fait sens ensemble, des faits qui étaient sans importance sont devenus pertinents (la similarité des espèces sur une île et le continent proche par exemple), et de nouvelles questions sont devenues pertinentes. A mon sens, nous travaillons toujours dans ce paradigme à ce jour, et c'est dans ce sens que j'ai écrit que Kimura ou Hamilton n'ont pas fait de changement de paradigme.

Je trouve aussi les exemples de Dan très biaisés vers la biologie évolutive, et pour moi il y a eu un autre changement majeur de paradigme en biologie, c'est l'abandon du vitalisme, l'idée que le vivant a des propriétés spéciales non réductibles à la physique et la chimie. Le vitalisme a mis très longtemps à être abandonné, de la synthèse de l'urée à partir de composants non issus du vivant, à la démonstration que la molécule d'ADN porte l'information génétique. Il n'y a donc pas une jolie date, un livre, et un vieux monsieur à mettre à coté de Newton, Darwin et Einstein. Mais c'est à partir du moment où l'on abandonne le vitalisme que les questions telles que "quel est le support moléculaire de l'hérédité ?" font sens. De là le succès de la biologie moléculaire. (Maintenant que j'y pense, en Europe on n'a pas trop de créationistes, mais la tendance anti-science de la gauche est assez proche du vitalisme finalement. Hum, bref, revenons à nos moutons.)

S'en est suivi un des ces débats épistolaires dont le monde académique a le secret depuis les Lumières, sauf qu'avec Twitter et les blogs ça a bien pris 24h. Plusieurs collègues pensent que Dan et moi sommes coupables de prendre le terme "paradigm shift" de manière trop restrictive, et que de nombreux changements à plus petite échelle en sont aussi. Par exemple pour Nicolas Le Novère cite le remplacement de la physiologie (étudier le tout) par la biologie moléculaire (étudier les parties séparément), et maintenant l'arrivée de la biologie des systèmes, qui remet les morceaux ensemble. Plusieurs collègues dont moi-même pensent que ces changements-là sont davantage techniques que conceptuels. A son grand crédit Nicolas a fait le super dessin ci-dessous, par analogie avec différents modèles de génétique des populations :

[caption id="" align="alignnone" width="512"] Représentation sympa de la différence Popper / Kuhn dans le progrès de la connaissance, prise du blog de Nicolas Le Novère (cliquez pour aller au blog).[/caption]

Lorsque, sur conseil d'une collègue philosophe, je suis allé voir sur le site de référence en philosophie la définition des changements de paradigme à la Kuhn, j'ai découvert que c'est le bazar. Kuhn a donné apparemment des définitions incohérentes d'une fois sur l'autre, et les philosophes ne sont pas d'accord pour savoir si ces changements existent ou pas du tout, ne parlons pas de leur fréquence. En biologie c'est pire, et de manière intéressantes les philosophes sont d'accord avec nous que Darwin c'est clair et la biologie moléculaire ça ne l'est pas.

Un point intéressant dans la discussion sur twitter et les commentaires de blogs concernait Kimura. Plusieurs personnes ont fait remarquer que sa théorie neutraliste de l'évolution moléculaire avait changé l'hypothèse nulle en évolution au moins en ce qui concerne l'ADN et les protéines. L'hypothèse nulle, c'est ce que l'on suppose vrai jusqu'à preuve du contraire. De Darwin et surtout Fisher à Kimura, l'hypothèse nulle était que tous les phénomènes que nous observions en biologie s'étaient mis en place sous l'action de la sélection naturelle. Kimura a démontré mathématiquement que le plus probable c'est que la plupart des changements moléculaires sont fixés en évolution par hasard, ce que l'on appelle l'évolution "neutre" (ni bon ni mauvais pour l'organisme). Du coup en évolution moléculaire, nous supposons en effet que les changements sont neutres jusqu'à preuve du contraire. Même que trouver la preuve du contraire est une grosse part de notre activité. L'autre part c'est rafiner nos connaissances de l'hypothèse nulle : des changements neutres ne sont pas forcément complètement aléatoires.

Bref tout ceci m'amène à comprendre quelque chose que j'ai lu sur des forums quand le web était jeune et qu'on lisait les newsgroups dans son outil mail, à savoir la mise en relation de Kimura et de Gould comme tous deux anti-Darwiniens. Gould a notamment proposé que le plus gros de l'évolution des espèces sur les temps géologiques était du bruit n'allant nulle part, menant à une stase morphologique, et qu'il y avait de temps en temps de épisodes "ponctués" d'évolution morphologique rapide. Il a aussi critiqué la tendance des biologistes évolutifs de toujours inventer une histoire "darwinienne" pour tout expliquer, alors que beaucoup de caractères morphologiques selon Gould s'expliqueraient par des contraintes structurales (on ne peut pas avoir des gènes qui mettent des seins chez les femmes sans faire aussi des tétons chez les hommes, genre). Quand j'étais en thèse, la comparaison des deux m'énervait, vu qu'ils ne décrivent pas la même chose. Mais en effet, le point commun des deux contributions est de changer l'hypothèse nulle. Aussi bien chez Kimura que chez Gould, la sélection naturelle a la charge de la preuve, le chercheur doit chercher à la démontrer dans le contexte d'une hypothèse nulle qui n'est pas sélective. De manière intéressante, les travaux plus récents de Michael Lynch sur l'origine de la complexité des génomes rejoignent les deux, puisqu'il explique que des génomes peuvent devenir plus et plus complexes en l'absence de sélection naturelle le favorisant (et même quand c'est défavorable en fait).

Petit commentaire rapide sur les cables diplomatiques américains pro-#OGM

[caption id="attachment_1064" align="aligncenter" width="252"] Cliquez sur l'image[/caption]

Comme j'ai pas mal parlé des OGM ici, surtout pour critiquer pas mal de problèmes avec le mouvement anti-OGM, je me sens tenu de commenter l'affaire récente des cables diplomatiques américains pro-OGM. Ca va être bref, parce que ça n'est pas de la science et parce que j'ai déjà trop blogué cette semaine. ;-)

Pour ce faire, je vais me permettre un parallèle avec l'affaire de la viande de cheval dans les lasagnes.

• La viande de cheval n'est pas en soi mauvaise pour la santé.
  
  
  
  • Les OGM ne sont pas en soi mauvais pour la santé.
  
  
  
  


• Il y a des gens qui n'ont pas envie de manger du cheval, c'est leur droit.
  
  
  
  • Il y a des gens qui n'ont pas envie des manger des OGM, c'est leur droit.
  
  
  
  


• Des companies ont menti aux gens pour leur vendre du cheval sans qu'ils le sachent, pour se faire plus d'argent. Ca n'est pas bien.
  
  
  
  • Le gouvernement a poussé les OGM de manière sournoise, pour avantager l'industrie américaine. Ca n'est pas bien.
  
  
  
  

Voilà ça ne me paraît pas avoir grand chose à voir avec la science des OGM, et être plus similaire aux efforts que fait chaque gouvernement pour pousser son industrie et ses exportations, genre Airbus contre Boeing.

Le français à l'université : le pourquoi avant le comment

[caption id="attachment_1047" align="aligncenter" width="243"] Cliquez sur l'image (New York, NY)[/caption]

Apparemment ça se frite à nouveau à propos de l'anglais, langue de la communication scientifique mais pas de la France, mais en France y a des scientifiques, d'où problème apparemment. Tom Roud a pondu un bon billet sur le sujet, donc commencez par le lire.

Pour rebondir sur le billet de Tom, il me semble qu'il faut d'abord définir pourquoi on veut utiliser le français en priorité sur l'anglais. Les motivations auxquelles je peux penser sont :

1. On est chez nous, nom d'Dieu.


2. C'était comme ça de mon temps, pas de raison que ça change.


3. A force d'entêtement, on finira bien par dominer le monde.


4. J'ai la flemme d'apprendre une autre langue que la mienne propre.


5. On pense différemment dans différentes langues, donc en gardant différentes langues actives on améliore la diversité des modes de pensée au niveau international.


6. Nos ex-colonisés apprennent le français de toutes façons, autant que ça leur serve ainsi qu'à nous.


7. Ca fait bien rire les anglais, ils ont pas la vie facile, faut leur faire plaisir.


8. Si on travaille en anglais, on pourra plus facilement faire des comparaisons internationales, et ça va se voir qu'on est nuls.

Un intrus s'est glissé dans cette liste. Sauras-tu le retrouver ami lecteur ? Oui ! La raison numéro 5 est valable ! Pour poursuivre la discussion, oserais-je vous proposer de traverser le lac Léman, et voir comment ça se passe à Lausanne (en Suisse y a pas que des banques et du chocolat, y a aussi des universités) ?

A l'Université de Lausanne, où je travaille, en biologie (pas forcément pareil dans les autres matières), les deux premières années d'études sont en français à 100%. Avantage : les francophones apprennent les bases dans une langue qu'ils maîtrisent, de même d'ailleurs qu'un petit contingent d'italophones qui préfèrent ça que d'étudier en allemand (y a pas d'études de biologie en italien en Suisse). Inconvénient, les doctorants et post-doctorants non francophones (y en a plein) doivent faire des TP/TD en français (tout le monde ou presque enseigne en thèse) ; on s'en sort en mettant dans la salle un mélange de francophones et non francophones. Et les professeurs ? Quand on en embauche un prof qui doit enseigner en 1ère 2ème année, il s'engage à se mettre au français. On a des anglais, des allemands, des suisses allemands, des polonais, qui enseignent en français (même des français). En troisième année, le français reste dominant mais l'anglais est possible. Avantages : ça permet d'intégrer plus facilement les profs et les assistants non francophones, et surtout ça permet d'enseigner en anglais dès que des étudiants d'échange international le demandent. Ce qui m'arrive plus ou moins tous les ans en dernier semestre de bachelor (= licence). Nos masters de biologie fondamentale sont entièrement en anglais, et les étudiants sont un mélange de francophones, italianophones, germanophones, et un-peu-partout-phones. Avantages évidents : mobilité internationale des étudiants (et dans le cas Suisse, mobilité entre cantons...), enseignement par les profs et post-docs étrangers, formation des étudiants à la langue de la science. Inconvénients : je ne sais pas, personne ne se plaint à ma connaissance. Enfin, les enseignements de niveau thèse sont entièrement en anglais.

Je connais moins bien les détails à l'EPFL voisine, mais les masters de science sont aussi en anglais je crois, les premières années aussi en français, et les étudiants et les enseignants sont très internationaux. A noter aussi que l'EPFL pousse les cours massifs en ligne (MOOC) en français, notamment à destination de l'Afrique francophone. Ils sont où, ils sont où, ils sont où les français ? Notez le mélange d'anglais et de français sur cette page des MOOC à l'EPFL.

Un truc rigolo dans cette histoire, c'est que les suisses romands sont très francophones, même que les suisses alémaniques s'en plaignent. On ne peut pas dire que le français soit en voie d'extinction dans le coin.

Il me semble qu'on peut avoir le beurre et l'argent du beurre : les étrangers qui apprennent le français, les francophones qui apprennent l'anglais, la mobilité internationale des étudiants, la visibilité internationale de la recherche, et la communication francophone auprès du public.

Et pour revenir au point 5 ci-dessus, j'aurais deux réflexions finales :

• Un francophone qui fait de la science largement en anglais continue à penser comme un francophone, tout en gagnant à communiquer avec les autres. C'est par cet échange et cette confrontation d'idées et d'approches que nous nous enrichissons tous, pas en s'enfermant dans des citadelles illusoires*.


• Si l'usage de l'anglais colore légèrement notre manière de penser, permettez-moi de m'en réjouir. Dans mon expérience, de la philosophie aux éditorials de magazines et de l'écriture scientifique aux mémoires de guerre, l'anglais est plus clair et plus direct.

* vous avez vu, je n'ai pas dit Ligne Maginot.

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Mise à jour 1 : via Marie-Jean Meurs sur twitter, ces infos sur la situation à Montréal, Québec, Canada :

A Montréal, 2 univ fr (UdM etUQAM) et 2 en (Concordia et McGill). @Concordia, travaux en fr acceptés http://bit.ly/10qT4g5

Les cours aux cycles sup (Master, PhD) sont parfois en En dans les univ Fr et les étudiants peuvent panacher entre univs En et Fr.

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Mise à jour 2 : Je vois que les sondages auprès des étudiants de notre école de biologie indiquent que pour 32-33% d'entre eux la langue de travail ou d'études après leur master est l'anglais, et c'était le cas pour 69% d'entre eux il y a deux ans. Intéressant.

Comment juger qu'un résultat scientifique publié est bon ?

[caption id="attachment_1029" align="aligncenter" width="197"] Cliquez sur l'image[/caption]

En septembre, Pierre Barthélémy a publié un billet sur son blog Passeur de sciences : Comment décrypter une étude scientifique, dans lequel il présentait quelques tuyaux sur la manière dont un journaliste scientifique peut juger de la qualité d'un résultat scientifique publié. A l'époque je n'étais pas très à l'aise par rapport aux critères présentés, mais je n'arrivais pas à exprimer mon malaise.

Ce billet m'est revenu à l'esprit en lisant une discussion sur l'excellent blog de Mike Taylor (paléontologue amateur qui publie et grand défenseur du libre accès), dans lequel il discute le fait qu'un article expertisé (peer reviewed) ne garantie pas qu'il soit juste. Jusqu'ici, OK. Le point important est que dans la discussion dans les commentaires, il clarifie mon malaise précédent, et avec son talent habituel pour la clarté met les points sur les i :

The point is that there is no silver bullet. If you want to know whether a published paper is good or not, it’s no good asking “was it peer-reviewed?” or “did it appear in JVP?” or any other such convenient short-cut. There are only two ways to evaluate it. You can either invest serious time (as in hundreds of hours, not two or three) to fully investigate its claims for yourself, replicating observations, experiments and analyses; or you can wait ten or twenty years and see what the community as a whole makes of it. Those are the only options.

Oui ! C'est bien triste mais il n'y a aucun moyen de savoir si un résultat nouveau récent est bon sans faire un travail énorme d'évaluation qui inclut probablement de refaire des expériences, des analyses ou des démonstrations. Sinon il faut attendre que la communauté le fasse : si le résultat résiste à l'épreuve du temps, la confiance augmente. A noter que si un résultat qui semble excitant n'est pas invalidé, mais n'est pas non plus confirmé, et que dix ans plus tard vous ne voyez que peu d'intérêt pour cette idée, ça peut être le signe subtil que personne n'a réussi à le reproduire, mais personne n'a non plus pris la peine de le rapporter, et ils sont juste aller travailler sur autre chose sans faire de bruit. Ca peut aussi être que l'idée était trop en avance sur la technologie de son temps ou quelque chose comme ça, méfiance.

Alors que faire ? Bin rapporter tout nouveau résultat avec plein de conditionnels et de peut-être, se méfier des titres accrocheurs, et chercher à comprendre la technique autant que possible dans chaque cas. Difficile pour les journalistes scientifiques, je l'admets. Ce qui est pourquoi il me paraît important que les scientifiques blogguent, et que les journalistes lisent ces blogs (et souvent ça veut dire les lire en anglais et se taper des discussions techniques, désolé). Au passage je félicite ceux qui essayent de faire du bon boulot malgré l'apparent manque de soutien des patrons de presse. Ce qui ne m'empêchera pas de continuer à me plaindre, les scientifiques c'est comme ça.

Pourquoi je kiffe la science

[caption id="attachment_1017" align="aligncenter" width="152"] Cliquez sur l'image[/caption]

Sur son blog, Sirtin se pose la question "Pourquoi je kiffe la science ?", et y répond. Il a proposé aux autres bloggueurs du C@fé des sciences de répondre à cette même question, ce qui me paraît une bonne idée. Dr Goulu s'y est déjà collé, de même que Eric Simon et Xochipilli. Voici donc ma version.

En bref, je suis curieux, et j'aime la réalité. Pour moi la recherche scientifique pourrait se résumer comme la curiosité dans le respect de la réalité, ou de la vérité si on veut. (La curiosité sans respect de la réalité mène assez vite aux pseudo-sciences, au mysticisme, etc, à mon avis.) Un point de vue assez différent de Dr Goulu notamment, qui vient d'un point de vue très ingéniérie, et les deux ne sont pas exclusifs (je reconnais aussi mon coté geek...). J'aurais pu faire de la recherche en histoire ou en sciences sociales, ce qui m'importe c'est d'être honnête et curieux, de respecter les faits, d'éclaircir autant que possible notre compréhension du monde. En fait, je me rends compte que j'ai beaucoup couvert cette question déjà dans mon billet Pourquoi est-ce que l’étude #Seralini sur les OGM m’énerve ?

Je vais illustrer ce que je veux dire davantage par deux exemples.

Un contre-exemple : dans un article de commentaire de l'actualité sur l'interdiction des neonicotinoids pour protéger les abeilles en Europe, Lynn Dicks écrit :

You can’t switch off the lies and exaggeration. But don’t worry about them. When I saw the exaggerated pollinator-decline claim attributed to me in The Guardian I did not seek to correct it, because the correct information, with references, will go into a forthcoming parliamentary-committee report

Elle reconnait que le débat a été plein d'exagérations et de contre-vérités. Elle a lu dans la presse que les récoltes diminueraient de 20% à cause de l'interdiction, ce qu'elle pense être faux. Et elle a été citée elle-même comme disant que les trois quarts des espèces de polénisateurs des Grande Bretagne seraient en déclin, ce qui est apparemment aussi incorrect. Et voilà qu'elle dit que ça n'est pas grave, qu'elle ne cherche pas à corriger, parce que l'important c'est que d'une les politiciens ne lisent pas le journal mais le rapport parlementaire détaillé (yeah), et de deux la bonne loi est votée.

Pas d'accord du tout ! Si on utilise des arguments erronés aujourd'hui, qui nous croira demain ? Et de toutes façons, notre engagement de scientifiques, tel que je le comprend, est envers la vérité, pas envers les politiciens, le public, les abeilles ou les récoltes. Qui sont tous évidemment importants, mais ne justifient pas à mon sens d'être laxistes avec le respect des faits tels que nous les comprenons.

Maintenant le bon exemple : une blogueuse américaine anti-OGM, Julie Kay (je jure que je n'ai pas fait exprès de revenir sur les OGM, c'est juste le deuxième exemple qui m'est tombé dessus cette semaine) a engagé un dialogue internet avec un chercheur en biologie des plantes. A la surprise des deux parties, elles ont engagé un dialogue constructif, au départ très méfiant, mais de plus en plus ouvert. Maintenant la blogueuse se considère agnostique sur les OGM, reste en faveur du bio dans son alimentation et celle de ses enfants, tout en se méfiant des contre-vérités et argumentaires pseudo-scientifiques qui abondent dans le monde de l'internet bio. Et elle continue à étudier la question et à chercher à comprendre. De manière intéressante le biologiste est végétarien et veut améliorer l'agriculture bio, loin du loup-garou qu'imaginent beaucoup d'opposants aux OGM. Egalement intéressant, Julie Kay observe que le biologiste, Kevin Folta, a proposé de le contacter par email à de nombreuses reprises lors de débats sur internet sur les OGM, mais elle semble être la seule à l'avoir effectivement contacté.

Julie et Kevin sont curieux et honnêtes.