vendredi 24 août 2012

Impact de la bioinformatique : questions / réponses

[caption id="attachment_385" align="aligncenter" width="190"] cliquez sur l'image[/caption]

Récemment on m'a demandé quelques exemples d'impact de la bioinformatique, et avec la permission de ma correspondante, j'ai décidé de partager l'échange ici (traduit de l'anglais).

La question :
Je suis confrontée à la tâche difficile d'expliquer ce qu'est la bioinformatique tout en touchant les gens émotionnellement, si possible. Pourriez-vous me donner quelques exemples concrets et simples  - imaginez que vous parlez à votre grand-mère (non biologiste).

(Commentaire : pourquoi est-ce que quand on parle de gens qui ne comprennent pas les sciences et techniques, c'est toujours la "grand-mère" ou la "belle-mère" ? Il me semble qu'il y a un peu de sexisme là-dedans.)
a) Quels grandes avancées est-ce que la bioinformatique a permis dans la recherche en biologie ou en médecine ?


  1. Assembler et annoter le génome humain, à savoir mettre ensemble les pièces du puzzle (1 séquence brute = 1/3000000ème du génome), et faire sens de la série de lettres pour trouver les gènes, les marqueurs de maladies, les séquences régulatoires, les différences entre espèces, etc.

  2. Construire l'arbre de la vie.


b) Comment voyez-vous l'avenir de la bioinformatique et son impact sur la recherche et la société en général ?


  1. Futur de la bioinformatique et impact sur la recherche :

    • inclu dans toute la recherche en biologie, comme l'est déjà la biologie moléculaire ;

    • recherche continue dans de nouvelles directions, en raison de nouveaux défis continuels dans la génération des données, dans le type de questions posées, et dans l'échelle des données.



  2. Impact sur la société : les génomes et autres données biologiques devenant faciles et bon marché à obtenir, donner du sens à ces données, les stocker et les sécuriser, et mettre à jour en continu notres connaissance de chaque patient (voire de chaque animal de la ferme ou domestique) sera possible grâce à de la bioinformatique de qualité.


Suite à ces réponses, ma correspondante m'a demandé s'il n'y avait pas un risque d'abus de ces technologies. Ma nouvelle réponse :

Oui il y a un risque d'abus. Mais le fait est que la génomique personalisée arrive, que nous le voulions ou non. C'est comme discuter des risques de l'internet en 1995 (j'ai eu beaucoup de ces discussions à l'époque, et personne n'imaginait Facebook). Ce que nous devrions être en train de discuter est la manière d'optimiser les bénéfices et gérer les risques. Pour les deux aspects, la bioinformatique est cruciale.

Pour en rajouter un peu là-dessus : notre ADN est dans chaque cheveux que l'on perd, il est impossible d'empécher que quelqu'un puisse se procurer un échantillon de vous et le séquencer. Non seulement le prix du séquençage baisse, mais cela devient de plus en plus facile. Impossible de distinguer pour le moment l'effet d'annonce de la réalité, mais Oxford Nanopore nous promet une clé USB qui séquence un génome et met la séquence directement sur l'ordinateur, pour moins de $900. Alors il y a le coté "bienvenue à GATACA", mais aussi le coté aller voir un nouveau médecin, et il sait immédiatement que pour vous ce médicament ça ne marche pas trop, il faut doser cet autre un peu plus fort, et vous avez un risque de réactions négatives au troisième. On va encore me dire qu'on ne sait pas grand chose juste en connaissant le génome, mais je maintiens qu'on progresse très vite là-dessus. On en saura bientôt beaucoup.

vendredi 17 août 2012

Le facteur cool en science

[caption id="attachment_272" align="aligncenter" width="244"] Cliquez sur l'image. On a apparemment été nombreux à tweeter ce lien lors de la découverte du boson de Higgs[/caption]

Un sujet dont on ne parle pas souvent en public concernant la recherche scientifique, c'est le facteur "cool". A savoir qu'une des grosses motivations pour conduire un projet scientifique, c'est quand même que ça nous amuse beaucoup, et qu'on adore découvrir des nouveaux trucs pas croyables. Bien sûr on contribue aussi à guérir le cancer, sauver les baleines, et produire des piles qui durent 5% plus longtemps, mais il y a aussi ce plaisir très geek.

Par exemple, dans les discussions préliminaires à un nouveau projet, le facteur cool sera souvent un facteur déterminant dans le choix de la direction à prendre, et pour convaincre des collègues de collaborer. Ensuite, il faudra bien sûr utiliser des justifications plus adultes pour obtenir des sous, recruter des gens, tout ça. Mais plus subtilement, le facteur cool va rester, dans l'évaluation par les pairs, dans le recrutement d'étudiants motivés, et dans la publication finale des résultats.

Un bon exemple concernant la découverte récente du boson de Higgs :
A couple of years ago, I asked some physicists what would happen if they didn’t find the Higgs, and the answer was uniformly: “That would be the coolest thing ever! We’d have to develop a new understanding of how particle physics works.”

(L'excellent billet dont ceci est extrait contient également une bonne discussion de l'esthétique dans les modèles scientifiques, et d'autres questions.)

Et bien qu'on ne puisse pas mettre ceci en avant pour défendre les budgets de la recherche, ce qui est bien normal, ce facteur est une bonne chose. La recherche fondamentale avance par la curiosité humaine alliée à la rigueur intellectuelle. Sans motivation irrationnelle, on irait moins vite, moins loin, et parfois on n'irait pas du tout.

vendredi 3 août 2012

Enseigner une nouvelle génétique ?

[caption id="attachment_291" align="aligncenter" width="107"] cliquez sur l'image[/caption]

Un article récent dans PLoS Biology pose la question de l'enseignement de la génétique à l'ère de la génomique. L'auteur, Rosie Redfield, par ailleurs célèbre pour avoir bloggué ses efforts conduisant à montrer que les bactéries ne vivent pas d'arsenic et d'eau fraîche, part de l'expérience de son université en refondant leurs programmes de génétique de licence/bachelor.

Elle fait plusieurs observations, dont les plus frappantes sont :

  • les étudiants ne feront plus, en recherche ou ailleurs, de manipulations de génétique classique ;

  • la génomique et l'ADN sont omniprésents dans la société, comme ils ne l'étaient pas il y a une génération.


Dans son article elle donne des exemples de titres d'actualité tirés de Google news, pour montrer la part prise par la génétique dans la société. J'ai répété l'exercice en français (le 17 juillet) :

LE DOPAGE GÉNÉTIQUE, ENTRE FANTASME ET RÉALITÉ
UNE MUTATION GÉNÉTIQUE PROTÉGERAIT D'ALZHEIMER

GÉNÉTIQUE : LE CONTINENT AMÉRICAIN AURAIT ÉTÉ COLONISÉ EN TROIS VAGUES

SLA : DES MUTATIONS QUI METTENT LE CYTOSQUELETTE À MAL

BIODIVERSITÉ : LA LONGUE ROUTE DE NAGOYA

GÉNÉTIQUE: LA BANANE LIVRE SES SECRETS

Oui, en effet, la génétique est bien présente dans notre société à plein d'égards.

Elle note aussi qu'avec l'enseignement habituel de la génétique on passe du temps à expliquer des techniques surannées tout en ignorant les mécanismes moléculaires, inconnus à l'époque mais connus maintenant, et en traitant en priorité des cas simples qu'on savait déjà étudier, mais en négligeant la complexité que l'on a découvert grâce à la génomique. Par exemple, les étudiants apprennent que les allèles sont récessifs ou dominants, alors que la plupart des allèles n'entrent pas dans ce cadre, et que la dominance ou la récessivité est relative, pas absolue (à savoir A n'est pas toujours dominant, il peut être dominant sur B mais récessif par rapport à C).

Elle propose donc un changement radical, où au lieu de commencer par Mendel et ses petits pois, on commence par la génomique personalisée, on passe à la variabilité naturelle des génomes, puis on arrive à de la génétique moléculaire puis classique, pour finir sur les applications (cancer & friends).

Il y a une réaction relativement détaillée sur le blog de Larry Moran, auteur de livres de biochimie, qui est très négatif. Ses problèmes principaux sont que le nouveau programme proposé est trop centré sur l'humain, alors que ça doit être un cours de biologie fondamentale ; que ce curiculum commence par des concepts très difficiles à bien comprendre (mais je dirais que c'est souvent le cas, ce qui est une des raisons pour lesquelles la pédagogie comprend beaucoup de répétitions apparentes, de la première fois où on entend parler de quelque chose jusqu'au point où on le comprend) ; qu'elle met trop l'accent sur des questions auxquelles on peut répondre avec la génétique, et pas assez sur la génétique elle-même ; et qu'elle mélange des questions de génétique et des questions d'éthique (doit-on faire des tests génétiques personnalisés ?) (il en rajoute dans un 2ème billet auquel Rosie a répondu).

Si vous êtes intéressé à la question, je vous recommende de lire l'article (en anglais et en libre accès). Moi-même je n'enseigne pas la génétique, mais (1) je n'aurais pas tendance à jeter la génétique classique par-dessus bord si vite, (2) je trouve que la question mérite certainement d'être posée. Il y a eu de très nombreuses réactions sur twitter, environ 50-50 "enfin !" contre "c'est quoi ces conneries". Et une fois n'est pas coutume, il y a eu des réactions sur le site même du journal. La plupart positives, y compris par un auteur de livres de cours de fac, qui dit qu'elle a raison, mais que c'est difficile de changer le système.

vendredi 20 juillet 2012

Jetez pas le bébé revue par les pairs avec l'eau du bain arsenic

[caption id="attachment_340" align="aligncenter" width="193"] Cliquez sur l'image[/caption]

Dans un commentaire sur la conclusion récente (ici et ici) de l'affaire de la bactérie à l'arsenic (voir ici, ici et ici pour quelques rapports de blog sur la découverte à l'époque, ici pour ma réaction), dans Libé, il y a des citations de Phlippe Marlière, qui est apparemment un spécialiste de la biologie synthétique (quelques refs trouvées sur internet : CNRS, Libé, article récent) (j'aimerais bien que les chercheurs français aient des pages web, mais bon). Je ne suis carrément pas d'accord avec ce qu'il dit. Vu que j'ai trouvé l'article en question un peu tard, et que mon commentaire est relativement long, je vais commenter ici et non sur le site de Libé.

Je cite des morcaux choisis :

"la saga de l’arsenic nous donne comme une démonstration par l’absurde de ce que la solennité de l’évaluation par les pairs et le prestige de certaines revues peuvent n’être d’aucun secours dans la recherche de la vérité scientifique. J’irai jusqu’à dire que le processus de publication est devenu l’obstacle majeur à la recherche" ... "Manifestement, l’évaluation des manuscrits par les pairs, cette tradition venue du fond des âges ecclésiastiques, ne garantit plus la qualité ni l’intérêt des publications dans les revues de haut niveau. Elle s’est allégée de sa puissance purificatrice et alourdie de toutes les nuisances de la peopolisation, du conformisme intellectuel et du marketing. La science doit dorénavant faire appel aux subversifs venus des autres domaines culturels pour libérer la publication de ses découvertes."

Premièrement, merci de s'exprimer clairement quand on parle de science.

Deuxièmement, l'évaluation par les pairs ne vient ni du fond des âges, ni de l'Eglise (histoire dans Wikipedia anglophone). Elle s'est imposée au cours du 20ème siècle comme le moyen le plus efficace de trier les articles scientifiques, souvent les améliorer au passage, en minimisant le copinage (oui ça n'est pas parfait, mais c'est mieux qu'être copain de l'éditeur en chef). Bien sûr, on peut imaginer des améliorations, et plusieurs sont en discussion, voire testées (voir ce billet).

Troisièment, cette évaluation n'a jamais prétendue garantir la vérité, mais aider autant que possible à publier des articles pertinents, nouveaux, lisibles et comprenant les contrôles nécessaires. Oui le journal Science s'est planté pour le papier sur les bactéries à l'arsenic, mais si vous avez une solution qui fait 0% d'erreurs, merci d'appeler l'industrie aéronautique, ils sont intéressés.

Quatrièmement, obstacle majeur à la recherche ? A l'heure où on peut tous déposer des résultats non évalués sur ArXiv, voire sur un blog, où des journaux comme PLoS One publient sans critère d'impact (déclaration de conflit d'intérêts : je suis membre du comité éditorial bénévole) ? Sérieux ?

Ce qui est grave avec des interviews comme celle-ci, c'est qu'elle présente dans un grand média un point de vue extrême et non justifié sur le fonctionnement de la science comme factuel. Ceci ne peut que nourir les incompréhensions existant déjà sur le fonctionnement de la science (voir les commentaires en anglais ici par exemple). Comment expliquer que le refus des médecines alternatives de se soumettre à la revue est un problème, quand on vient de dire que c'est cette revue qui est le problème ? Comment distinguer une hypothèse farfelue (les sirènes existent ! voir aussi ici) d'une vraie découverte scientifique (un ancien fossile hominidé vu par scanner ) ? On peut aussi comparer cette discussion surréaliste sur la page Facebook de créationistes (archivée sur Panda's Thumb) à la réponse sur un blog par un journaliste scientifique sérieux... basée sur des articles "revus par les pairs".

Alors oui, la revue par les pairs n'est pas parfaite (je me répète), oui il se publie des erreurs, mais non il n'y a pas une clique de grands prêtres scientifiques qui décident de manière arbitraire de mettre un imprimatur "scientifique" sur certaines choses et pas d'autres au gré de leurs envies (voire des complots auxquels ils participent bien entendu). Et oui, dans le cas général l'évaluation par les pairs trie efficacement le bon grain de l'ivriae, et améliore significativement les articles scientifiques, en amont (on fait des contrôles parce qu'on a peur sait que les experts les demandent) et en aval (leurs remarques sont souvent pertinentes, même si elles ne font pas plaisir).

mercredi 18 juillet 2012

vendredi 13 juillet 2012

Grandeur et chute de la bioinformatique ? Promesses et progrès

[caption id="attachment_301" align="aligncenter" width="400"] cliquez sur l'image[/caption]

De manière exceptionnelle, ce billet va consister pour l'essentiel en la traduction d'un article paru dans une revue spécialisée. Il s'agit d'un article d'opinion, écrit par Christos Ouzounis, bioinformaticien grec, qui décrit de manière que je trouve intéressante l'histoire de la bioinformatique, discipline jeune, et de ses relations avec le reste de la biologie.

J'ai le droit de traduire et publier cet article parce qu'il est publié dans PLoS Computational Biology sous copyright Creative Commons, ce qui nous rappelle l'utilité de la publication ouverte en sciences. J'ai quand même demandé l'autorisation de Christos, par politesse, et il me l'a volontiers donnée. Ma traduction n'a pas préservé les citations bibliographiques, ce qui m'aurait réclamé un travail supplémentaire que je n'avais pas le temps de faire. Déjà, je dois dire que si je m'étais rendu compte du travail que cela représenterait, je n'aurait pas entrepris de le faire.

En plus de traduire l'article, je vais ajouter mes commentaires dans un format un peu différent, comme ceci.


Dernier point : j'ai déjà tendance à faire des anglicismes en temps normal (mon activité scientifique étant en anglais), donc dans la traduction il y en aura surement d'autant plus. Je m'en excuse par avance.

 

vendredi 6 juillet 2012

Annoter un gène, un génome, c'est quoi ?

[caption id="attachment_258" align="aligncenter" width="267"] cliquez sur l'image[/caption]

En réponse aux questions obtuses de JRobinss (ex Julien) sur le billet "conjecture orthologue", je vais expliquer le mot annotation en contexte de bioinformatique / génomique, et au passage montrer que dans la biologie moderne, les expériences fournissent des données incompréhensibles et inutiles à moins que de bons et nobles bioinformaticiens ne leur donnent du sens.

Au début, était le génome. On l'a séquencé. Qu'est-ce que ça veut dire ? Ca veut dire qu'on a lu la suite des nucléotides, ou bases, qui le constituent. Et ça nous apprend quoi ? En première approximation, rien. Pour expliquer plus avant, nous allons plonger à corps perdu dans les analogies. Les analogies sont de mauvais guides pour le raisonnement, mais parfois une bonne manière d'expliquer (sauf quand c'est moi, mais c'est mon blog).

Alors un génome est une suite de bases comme du texte écrit est une suite de lettres. Ou d'idéogrammes, ça dépend comment c'est écrit. Prenons justement l'exemple des idéogrammes. Supposons que vous ne lisiez pas le chinois (une supposition peu risquée pour la plupart de mes lecteurs je pense), et qu'on vous offre l'oeuvre intégrale de Confucius en version originale. Si vous parcourez toutes les pages, et regardez tous les caractères, vous aurez d'une certaine manière "lu" Confucius. Mais on est d'accord que ça ne vous aura pas apporté grand-chose. Si je vous montre la séquence complète du génome humain, ça sera à-peu-près pareil.

Bien sûr on ne sait pas rien du génome, alors disons que vous avez pris un an de cours de chinois. Vous commencez à reconnaître des caractères ici et là, vous pouvez lire une phrase simple, vous reconnaissez la structure. Mais le plus gros ne fait toujours pas sens.

Alors ça c'est trop simple, vous savez que dans le livre tous les caractères font sens, et sont utiles à la compréhension du tout. Dans un génome, vous ne savez pas où sont les gènes, les séquences régulatrices, et les morceaux qui ne font rien. Donc on va compliquer l'analogie. Maintenant on va recoder Confucius en Unicode, et ajouter à des endroits au hasard (y compris donc au milieu des phrases) des séries de caractères alphanumériques aléatoires.

Je vous donne ceci, et votre mission est de : trouver les codes correspondant à des caractères chinois, les décoder, comprendre le sens de ces caractères (qui n'aura pas toujours une traduction française non ambigue), comprendre le sens des phrases qu'ils composent, et finalement comprendre l'oeuvre de Confucius. Facile.

Eh bien annoter un génome, c'est ça. On doit trouver les éléments fonctionnels (gènes - qui peuvent être coupés en morceaux, séquences régulatrices des gènes, etc), définir au moins d'une certaine manière ce qu'ils font (leur fonction), et si possible définir la façon dont ces éléments fonctionnent ensemble pour faire de la biologie, une cellule, un organisme.

Comme le programme complet est très ambitieux, et franchement pas faisable en l'état de nos connaissances (on est en 2ème année de chinois là), on se focalise généralement sur deux objectifs :

  • Définir les éléments fonctionnels du génome ; pour les gènes codant pour des protéines c'est presque facile, pour le reste on galère encore pas mal mais on progresse.

  • Définir la fonction au moins des gènes à un niveau simple, genre "c'est une enzyme impliquée dans la digestion". C'est de ce type-là d'annotation qu'on causait dans le billet précédent sur les orthologues. La question était donc de voir si on avait annoté les orthologues avec des fonctions similaires, et on trouvé trouvait surtout que les annotations dépendaient de la personne qui avait fait l'étude.


Je pousse mon analogie un peu loin, là, mais disons que si deux groupes d'étudiants "annotent" comme ceci deux versions différentes de Confucius (en mandarin et en cantonais, allez), et qu'ils ont étudié avec des profs différents et qu'ils ont des intérêts différents, on aura peut-être des traductions plus similaires entre chapitres d'une même version, qu'entre chapitres correspondant des deux versions, non pas parce que les textes sont vraiment plus similaires, mais parce qu'ils se focalisent sur les mêmes ensembles limités de mots, et font les mêmes choix lorsque c'est ambigu. (Pour que l'analogie marche vraiment faudrait des chapitres dupliqués qui ont presque mais pas tout-à-fait le même sens, mais ça devient vicieux.)

Bon j'espère que c'est plus clair, sinon enguelez-moi dans les commentaires. En tous cas, vous pouvez constater que la biologie c'est bien compliqué, allez, et c'est pour ça qu'en même temps que lire une séquence d'ADN devient de plus en plus facile, la comprendre reste un défi.

lundi 25 juin 2012

Article d'opinion dans Le Temps sur le libre accès #openaccess

[caption id="attachment_245" align="aligncenter" width="288"] cliquez sur l'image[/caption]

Si tout va bien, un article d'opinion de ma part doit être sorti aujourd'hui dans le journal Le Temps. La version dans le journal inclut quelques modifications faites par le journaliste du Temps. J'ai décidé de mettre ici ma version originale. J'en profite pour l'enrichir de quelques liens, et remercier mes relecteurs, qui se reconnaitrons : Anne-Françoise, Christine, Dalit, et Julien.

vendredi 15 juin 2012

Publications en libre accès : les perdants #openaccess

[caption id="attachment_228" align="aligncenter" width="150"] cliquez sur l'image[/caption]

Pour compléter mon billet sur les gagnants potentiels du libre accès à la litérature scientifique, voici les perdants auxquels je peux penser :

  • Les actionaires des éditeurs scientifiques, qui ne feraient plus des bénéfices de plus de 30%. C'est peu dire que je m'en fous.

  • Les employés d'Elsevier et toute autre companie qui ne s'adapterait pas, s'ils font faillite. C'est très dommage, mais on ne peut pas bloquer tout l'accès à l'information pour permettre à quelques personnes de garder leur travail. Et je n'ai jamais vu démontré que le passage au libre accès ménerait globalement à une perte d'emplois. Après tout, PLoS et BMC emploient bien des personnes aussi.

  • Plus pertinent, de nombreuses sociétés savantes co-gèrent des journaux avec les éditeurs privés, et en reçoivent une partie des bénéfices. Par exemple la société européenne de biologie évolutive publie avec Wiley le Journal of Evolutionary Biology, et reçoit 50% des bénéfices. Ceci constitue la majeure partie de son budget, qui lui permet de financer en partie les conférences européennes de biologie évolutive, la venue d'étudiants et de collègues de pays pauvres, de la communication scientifique sur l'évolution, etc. Je ne voudrais pas sous-estimer le rôle de ces sociétés. Je note quand même trois points : l'un c'est qu'il y a des sociétés qui survivent sans un tel "pacte avec le diable", comme la société internationale de biocuration, que je connais bien pour en être trésorier. Alors on est une petite société, mais on fait un congrès annuel, on a une page web et une liste email, on représente les biocurateurs auprès d'instances diverses, et on supporte même financièrement la venue de collègues de pays pauvres au congrès. Donc il y a d'autres moyens. Le deuxième point, c'est qu'il me semble que le dégat social du à la publication en accès fermé est nettement plus grand que le gain du aux sociétés savantes. S'il faut faire des choix, le mien est fait. Troisièmement, ce genre d'arrangements porte le risque à long terme que l'objectif affiché de la société (défendre la science et les scientifiques) soit négligé par rapport à un objectif financier lié au journal. C'est ce qui est arrivé à mon avis à la très riche société américaine de chimie, devenue à un moment un des plus gros adversaires du libre accès (d'après une recherche web rapide, ils semblent s'être calmés).

  • Les chercheurs de labos pas très riches et pas très pauvres. Dans le libre accès, c'est généralement le labo de recherche qui paye la publication, alors que dans le modèle classique c'est le budget de la bibliothèque. Si vous êtes dans un labo très pauvre, vous pouvez obtenir de ne pas payer (PLoS est OK avec ça si "vous n'avez pas de fonds permettant de payer"). Si vous êtes très riche, tout va bien (bin tiens). SI vous êtes entre deux, que vous avez des sous mais que c'est soit payer le libre accès, soit payer votre thésard deux mois de plus ? Ah. Ceci me paraît aisément le plus gros obstacle. Pour le lever, deux solutions : que les institutions qui financent la recherche acceptent de payer ces factures (ce que fait par exemple le Welcome Trust en Grande Bretagne), ou que ces factures soient couvertes par les budgets des bibliothèques (ce qui est le cas pour BMC seulement dans mon université).


Je pense que le problème réel c'est que nous sommes dans une transition entre deux états stables. On passe d'un pic de fitness optimale (ou un creux d'énergie minimale pour les physiciens) à un autre, en passant par une vallée sub-optimale. Dans cette vallée, on doit continuer à payer les abonnements, tout en payant le libre accès ; une partie des budgets est attachée aux bibliothèques, qui n'ont pas vocation à payer les frais des équipes de recherche, et une partie est donnée aux projets de recherche, qui n'ont pas vocation à remplacer les bibliothèques. A terme je pense que cela va se stabiliser, et que le coût total pour un labo moyen, qui lit autant de litérature qu'un gros mais publie moins, va être plus faible qu'avant. A condition de voir l'ensemble, donc non seulement les crédits de chaque équipe, mais l'ensemble de l'argent public et de charités (genre Telethon) qui va dans les projets de recherche, mais aussi les bibliothèques, les salaires, etc.

A ce propos, je signale une expérience nouvelle qui paraît intéressante, même si je ne sais pas encore vraiment quoi en penser : PeerJ est un nouveau journal libre accès pour lequel chaque auteur aura besoin de payer une fois dans sa vie une somme relativement faible ($99 à $259 - publier un article dans PLoS One coûte $1350 et c'est considéré bon marché). Leur plan est qu'il y a des millions de scientifiques, et que chaque co-auteur de chaque papier (jusqu'à 12, après c'est gratuit) devra payer.

vendredi 8 juin 2012

le test Erin Brokovitch

[caption id="attachment_181" align="aligncenter" width="165" caption="cliquez sur l'image"][/caption]

Sophien Kamoun, un biologiste des plantes, a récemment proposé sur Twitter le "test Erin Brokovitch" pour juger de la sincérité des scientifiques par rapport à une technologie. C'était dans le cadre d'une attaque par des militants anglais contre des essais OGM non comerciaux, qui visaient à produire du blé nécessitant moins d'insecticides. Le test est basé sur la scène du film où les vilains n'ont pas le courage de boire leur propre eau (poluée) :

lien vers la video (ça marche pas d'inclure la vidéo dans le billet dans Wordpress ?)

http://www.youtube.com/watch?v=FavCK1bhHOY

Alors je me suis amusé à trouver quelques tests "Erin Brokovitch". En connaissez-vous d'autres ?

  • Les biologistes moléculaires des plantes sont prêts à manger des OGM (moi aussi).

  • Par contre plein de biologistes qui étudient l'écologie refusent d'en planter dans leur jardin (moi ça ne me gène pas trop).

  • Les informaticiens ne veulent pas du vote électronique (moi non plus, très fortement).

  • Certains génomiciens sont prêts à faire séquencer leur génome, d'autres non (moi).

  • Les médecins et les immunologues font vacciner leurs enfants.

  • Je séche pour un test à donner aux climatologues pour juger de leur sincérité concernant les prédictions climatiques.