Notes sur ma semaine en sciences 10

[caption id="attachment_1588" align="aligncenter" width="159"] Cliquez sur l'image[/caption]

• On a un nouveau format de réunions d'équipe, où on essaye de réfléchir à partir de nouvelles scientifiques à la façon dont la bioinformatique pourrait aider. Bien sûr cette semaine le thème venait des Nobel, et en discutant on s'est demandé si quelqu'un avait déjà essayé de classifier non pas les protéines en fonction de leur compartiment sub-cellulaire, mais les complexes de protéines (une protéine agit rarement seule). Une recherche rapide après la réunion me montre que ça n'est pas évident que ça ait été fait (ce qui ne garanti rien bien sur), mais que d'après ce papier récent ça pourrait être en effet pertinent. Quelqu'un du groupe ayant demandé pourquoi ça n'a pas déjà été fait si c'est si intéressant, cela m'a rappelé la citation suivante de l'autobiographie de Feynman, quand il prend des cours de biologie pour voir, et pose des questions qui lui paraissent simples :

"Nobody knew. It turned out that it was not understood at that time. So right away I found out something about biology: it was very easy to find a question that was very interesting, and that nobody knew the answer to. In physics you had to go a little deeper before you could find an interesting question that people didn’t know."

(bien sur c'est possible que des gens aient essayé, que ça ne soit pas possible, et qu'ils n'aient pas publié leurs résultats négatifs. Ou que je ne sois simplement pas au courant.)

• Karim sur Sweet Random Science se demande où est la science dans les films de science-fiction, et justement je trouve ceci sur les blogs de PLOS : une enseignante qui utilise Bienvenue à GATACA pour l'enseignement de la génétique.


• Fait ch..r, notre projet de cours de Génomique des populations a été refusé par EMBO, surtout à cause de l'utilisation de la génomique des fourmis comme exemple pratique. A re-essayer avec un cas d'étude plus intéressant pour les collègues biologiste moléculaires ?


• Après presque 4 mois d'attente sans réponse des experts, et un changement d'éditeur, pour un article soumis à Bioinformatics, j'en ai mis une copie dans ArXiv. Je me rends compte que je devrais faire ceci systématiquement pour tous nos articles soumis.


• On interviewe en ce moment des candidats profs d'entomologie dans mon département, et lors de lors leurs présentations orales j'apprends plein de trucs sur les insectes.
  
  
  
  • Saviez-vous qu'alors que nous détectons une odeur à 1 milliard de molécules par cm³, et un chien le fait à 1 million, mais un papillon de nuit y arrive avec seulement 10 molécules par cm³ ? Il semble que les insectes volants arrivent à se repérer à l'odorat tout en volant rapidement, et que pour cela il faille une très grande sensibilité.
  
  
  • Les moustiques femelles s'accouplent de préférence avec des mâles dont le bourdonnement des ailes est en harmonie avec le leur apparemment. Et moi qui pensait que le bzzzz n'était là que pour m'empécher de dormir. Par ailleurs, ils piqueraient de préférence l'arrière des jambes pour être loin de nos oreilles (qui les repèrent) et nos mains (qui paf ! le moustique).
  
  
  • Il y a des espèces qui sont 100% femelles, mais utilisent les mâles d'autres espèces pour la reproduction : le génome du mâle est ensuite élminé des cellules sexuelles (gamètes), mais contribue au corps (soma). Certains molusques font la même chose, mais avec seulement des mâles. Il y a plein d'autres modes de reproduction rigolos.
  
  
  
  


• A ce propos, ça me frappe le nombre de gens qui cherchent un poste dans la recherche, mais qui ne nous facilitent pas la vie pour trouver leurs publications, leur recherche, etc. Faites-vous des profils Google Scholar, ISI Web of science, LinkedIn, etc. Ca prends quelques minutes et vous serez nettement plus visibles. Si vous n'en faites qu'un, Google Scholar à mon avis : publis, citations, accessible à tous.


• Prix Nobel de chimie pour de la chimie computationnelle, autant dire presque de la bioinformatique / biologie computationnelle ! Ce qui pose la question : si on donnait un prix Nobel à des bioinformaticiens, lesquels ?


• Via Ars Technica, je trouve une revue des études sur la sécurité des OGM, qui confirme qu'il n'y a pas de risque alimentaires / santé humaine, mais que les conséquences environementales ne sont pas toujours bien étudiées. A l'heure actuelle, aucune conséquence négative n'est bien documentée, mais cela reste possible. Ca dépend bien sûr de l'OGM : des insectes herbivores résistants c'est potentiellement génant, des plantes qui produisent plus de vitamine A ça ne l'est pas.


• A propos de riz doré, très bon appel au bon sens à l'occasion de la journée de la vision sur le site de l'Institut philippin de recherche sur le riz.


• Page professionnelle d'un jeune prof de Stanford pleine d'humour : "I obtained my Ph.D. from Stanford in 1997, which has made me the second most famous person in my family after my cousin who is a professional horse trainer."


• La rétraction d'articles scientifiques par ce qu'on a trouvé des erreurs est un sujet toujours sensible. Pamela Ronald, connue pour son travail sur le riz notamment, et auteure d'un livre sur la nouriture de demain avec son mari prof d'agriculture bio, a retracté deux articles et raconte l'histoire de manière exemplaire sur un blog. Voire aussi une plus ancienne discussion sur la façon de mettre les rétractions sur son CV, sur l'indispensable site Retraction Watch.

Les Ranacaudas expliquent la spéciation et la sélection naturelle aux enfants

[caption id="attachment_1572" align="aligncenter" width="188"] Ranacaudas[/caption]

[caption id="attachment_1570" align="aligncenter" width="154"] Cliquez sur l'image pour une parodie de Intelligent Design[/caption]

J'ai acheté cet été à mes enfants Petit à petit (Au pays des Ranacaudas), un livre qui explique l'évolution par sélection naturelle aux enfants. C'est la traduction française de Little Changes, un livre écrit par une biologiste évolutive, Tiffany Taylor, qui a reçu le soutien de la société européenne de biologie évolutive pour faire appel à un illustrateur.

Une fois passé les petits trucs de language énervants dans toute traduction, c'est excellent, et mon fils de 6 ans en a redemandé. Je vais en profiter pour expliquer quelques-uns des concepts qui sont traités dans le livre. Le livre raconte l'histoire des ranacaudas, des animaux imaginaires vaguement primatoïdes.

Premier point, rapidement traité : le temps profond de la biologie évolutive. "Il y a très longtemps, et même plus longtemps que cela". Un concept que nous (biologistes évolutifs, géologues, astrophysiciens etc) manipulons tout le temps mais qui ne dit rien à la plupart des gens. Tiens une petite blague scientifique pour la route : Combien faut-il de biologistes évolutifs pour changer une ampoule électrique ? Un seul, mais ça lui prend 8 millions d'années.

Deuxième point, très important : la diversité au sein d'une espèce. "De loin elles semblaient toutes identiques, de près toutes étaient différentes." Quelqu'un a dit que la génétique doit résoudre deux mystères : pourquoi tous les chats sont-ils différents ? Et pourquoi les petits des chats sont-ils toujours des chats ? C'est aussi une question posée à la biologie évolutive, et c'est le génie de Darwin que d'avoir compris le lien entre les deux questions (même s'il ne comprenait pas l'hérédité). De manière importante, les ranacaudas varient dans des traits qui seront importants dans l'histoire, comme la forme de la queue, mais aussi dans des traits pas importants, comme le visage. En effet, la variation naturelle affecte tout le génome, et quasiment tous les traits étudiables qui sont in fine codés dans ce génome (le "phénotype"). La variation n'est pas là pour permettre l'évolution ou la sélection naturelle, mais en première approximation parce qu'aucun mécanisme de copie ne peut être parfait, donc il y a des erreurs, qui génèrent la variation. Celle-ci est générée indépendamment de son rôle potentiel.

Ensuite on nous montre que parmi ces ranacaudas, certains préfèrent manger dans les arbres, d'autres dans l'eau. C'est un mécanisme de séparation de populations, par l'exploitation de resources différentes. Il est très débattu de savoir si une telle séparation peut mener à la spéciation, à savoir que les deux populations vivant ensemble mais ayant des différences de mode de vie deviendraient deux espèces séparée. Une telle spéciation serait dite sympatrique, et seuls quelques cas sont connus.

L'autre mode de spéciation, c'est l'allopatrie, quand les espèces sont géographiquement séparées. C'est probablement le mode principal de spéciation. Cela arrive aux ranacaudas quand une innondation sépare ceux qui mangent dans les arbres, et vivent maintenant en haut des collines loin de l'eau, de ceux qui mangent dans l'eau.

C'est alors que la sélection naturelle peut exprimer toute sa force ! Le livre explique bien que la sélection principale est de se reproduire et s'assurer que ses rejetons survivent (et non pas, comme on le représente souvent, de se battre avec des prédateurs à longueur de journée). On représente les ranacaudas devant apporter beaucoup de nouriture à leurs petits pour qu'ils survivent. Du coup, ceux qui arrivent à collecter davantage de nouriture ont davantage d'enfants qui survivent. Et il y a une explication de l'hérédité, à savoir que les enfants resemblent à leurs parents tout en étant un peu différents.

Alors ceux de la colline qui ont des variations permettant mieux de ceuillir les fruits des arbres ont davantage d'enfants, leur resemblant, et les traits facilitant la vie parmi les arbres deviennent plus fréquents dans cette population. En parallèle, les traits permettant de mieux se nourir dans l'eau deviennent plus fréquents dans l'autre population. Jusqu'à ce que au bout de beaucoup de générations tous les ranacaudas de la colline partagent les traits de ceuilleur dans les arbres, et tous ceux de la rivière partagent les traits de pêcheur. Attention, il reste de la variation et de la diversité. Mais il est maintenant facile de distinguer du premier coup d'oeil les deux types. Et quand ils se rencontrent à nouveau, ce sont deux espèces différentes !

Il y a un excellent dessin montrant des changements graduels parallèles d'un même type ancestral aux deux espèces de ranacaudas éventuelles.

La conclusion du livre invite les enfants à remarquer que de telles histoires peuvent expliquer bien de la variation entre espèces qu'ils peuvent voir par exemple au zoo. Comme souvent dans la vulgarisation de l'évolution, l'accent est mis sur la sélection naturelle : on invite les enfants à remarquer les adaptations type long cou de la girafe.

Au final, un livre qui couvre pas mal de concepts de manière simple et ludique. Je recommende recommande.

Notes sur ma semaine en sciences 9 : de retour, avec un gouvernement américain fermé et un peu d'humour

[caption id="attachment_1559" align="aligncenter" width="194"] Cliquez sur l'image[/caption]

Les étudiants sont dans les amphis et les salles de TP, mes diapos sont en ligne, ma demande d'argent pour le labo est déposée, je vais essayer de recommencer à bloguer un peu.

• Le gouvernement américain ferme, cela a de lourdes conséquences pour la recherche scientifique, qui n'est pas considérée comme "essentielle", et même pour de nombreuses fonctions technologiques et médicales : plus de nouvelles études cliniques, plus d'évaluations de médicaments, plus d'analyse sauf sommaire des données géologiques (espérons que pas de gros tremblement de terre), etc etc. Un bon bilan en anglais sur un blog néo-zélandais des conséquences pour le reste du monde ici. Des captures d'écran des sites web scientifiques plus ou moins fermés sur le blog de Jonathan Eisen. L'info en temps réel avec #scienceshutdown.


• D'ailleurs cette fermeture montre la dépendance que nous avons tous envers les infrastructures scientifiques américaines. Le principal outil pour chercher des articles scientifiques en biologie et médecine, PubMed, est américain. Il y a une version européenne, EuropePMC, mais elle dépend de PubMed (et PubMedCentral) pour ses mise à jour. Faut qu'on se réveille. Pas que pour l'Europe, mais tout le monde, américains compris, a intérêt à ce que le système soit davantage redondant en cas de problèmes.


• Excellent billet d'Alexandre Moati sur les formes du doute, de la vraie science au mensonge propagandier des companies de tabac.


• Autre excellent bilet de Sham sur les négationistes du changement climatique (voir aussi sur Sciences2).


• Un article provocateur affirme que les modifications que les humains font aux écosystèmes peuvent en fait augmenter la biodiversité. Vu le nombre d'espèces qu'on dégomme, j'ai des doutes, mais c'est une réflexion intéressante et argumentée.


• J'ai retrouvé mon rapport bibliographique de master (DEA à l'époque), datant quand même de 1993, pour retrouver certaines références bibliographiques des années 1980. Le formatage et surtout les figures et équations sont un peu foireuses, because que c'est du MSWord et pas du LaTeX, mais en gros c'est lisible.


• Je suis sur que vous vous demandez sur quoi porte ma demande d'argent. Bioinformatics search for adaptive evolution in vertebrate development. Ah-haa!


• Rock'n'science lance une chaîne de blagues scientifiques. En voici une petite assez geek quand même. On demande à des scientifiques de démontrer que tous les nombres impairs sont premiers. Mathématicien : 1 est premier, 3 est premier, par induction tous les impairs sont premiers. Informaticien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, Segmentation fault. Biologiste : 1 est un modèle pour étudier les nombres impairs ; il est premier, donc les nombres impairs sont premiers. Physicien : 1 est premier, 3 est premier, 5 est premier, 7 est premier, 9 est presque premier, 11 est premier...


• Encore une toute petite ? Il y a 10 sortes de personnes, ceux qui savent compter en binaire et ceux qui ne savent pas.


• Du vrai humour : un excellent article parodique : Cleavage of SuperPower protein determines the superpower in a tissue dependent manner.


• Du vrai-faux humour : Mike Eisen attire notre attention en prétendant brièvement être l'auteur du terrible article sur des bactéries à l'arsenic, pour démonter une pseudo-étude visant à montrer que les journaux Open Access sont mauvais.

Notes sur ma semaine en sciences 8 : Débordé à la rentrée

[caption id="attachment_1548" align="aligncenter" width="300"] Cliquez sur l'image[/caption]

Bon une note courte cette semaine pour expliquer qu'en cette deuxième moité de septembre je ne vais pas trop avoir le temps de bloguer, parce que :

• J'ai co-organisé un cours pour doctorants d'une semaine, Bioinformatics in the Chalet (c'était super !).


• Les cours de l'université ont repris, dont mon cours Introduction à la bioinformatique qui change peu, et le cours Sequence a genome qui change tous les ans vu le projet.


• Je dois écrire et soumettre le projet de financement principal de mon labo au Fonds national suisse pour la science d'ici le 1er octobre.


• Je dois défendre, avec mes co-applicants, une autre demande de financement.


• J'ai un doctorant qui en rédaction finale de thèse et a besoin d'un petit peu de retour de ma part.


• Notre filière Bioinformatique de master est passée de 3 étudiants lausannois à 13 (plus des genevois), et ça fait plein de problèmes à régler dans l'urgence (même si sur le moyen et long terme on est contents d'avoir plein d'étudiants).

Donc je me noie un peu, j'ai quand même encore une vie à coté, alors Tcho pour le moment, et à bientôt !

 

Notes sur ma semaine en sciences 7

[caption id="attachment_1533" align="aligncenter" width="282"] cliquez sur l'image, juste parce que j'aime bien ce blog de StripSciences[/caption]

• On a fété à Lausanne cette semaine les 15 ans de l'Institut suisse de bioinformatique (SIB). Cet institut permet de fédérer les bioinformaticiens dans toutes les universités suisses, de maintenir des resources bioinformatiques de manière pérenne, notamment des bases de données, et d'assurer la formation continue à la bioinformatique. L'histoire du SIB est intéressante, puisque c'est parti d'une crise : SwissProt, la base de données de référence sur les protéines, n'était plus soutenue par le Fonds national suisse pour la science, parce que bin ça n'est pas de la recherche. L'annonce de la fermeture de Swissprot avait succité un tel tollé qu'une solution a été trouvée, et le SIB est né, avec un engagement vers la maintenance à long terme de resources utiles à tout le monde


• D'ailleurs cette année c'est aussi les 20 ans d'ExPASy, qui a été la première page web de biologie au monde, et est maintenant le portail des resources bioinformatiques du SIB.


• Un article intéressant en ce qui concerne les efforts jamais finis pour comprendre le génome humain, pertinent aussi à la tension qui existe entre génomique fonctionnelle (si je le détecte, c'est important ! d'ailleurs, cancer) et génomique évolutive (si ça n'est pas conservé, ça n'est pas important ! d'ailleurs, génome de l'onion). Les gènes eucaryotes (y compris animaux et plantes) sont en morceaux (exons) dans le génome, lesquels sont ensuite assemblés au niveau du transcrit (ARN) et traduits en protéines. Certains exons ne sont pas toujours utilisés, et la plupart des gènes ont ainsi de nombreux transcrits alternatifs. Depuis que la fréquence élevée de la transcription alternative a été découverte, il y a débat entre ceux qui pensent que c'est pour l'essentiel fonctionnel, ainsi un gène peut produire de nombreuses protéines, et ceux qui pensent que c'est pour l'essentiel des erreurs du système moléculaire (voir rôle du hasard). En faveur du second point de vue, les importantes différences entre espèces même proches, plutôt en faveur de mécanismes aléatoires. Dans ce papier récent (PNAS, libre d'accès) les auteurs ont comparé par bioinformatique les transcrits alternatifs de 6 espèces de primates (dont l'humain), et ont découvert que la plupart se comportent comme attendu au hasard, mais qu'une importante minorité de 1643 gènes a des exons utilisés de manière très spécifique dans certains organes de manière conservée entre primates, et a donc probablement une fonction spécifique. J'aime beaucoup quand on va au-delà du débat fonctionnel contre neutre, et que l'on quantifie la part de chacun. Bien sur, ce résultat est provisoire, étant basé sur des données limitées à 6 primates et 5 organes.


• D'après le blog collectif anti-créationiste Panda's Thumb, deux petites companies de chimie viennent d'être condamnées pour avoir montré qu'un plastique sans bisphénol-A, donc vendu comme une alternative saine et sans risques, présente en fait des risques similaires au BPA en ce qui concerne la disruption hormonale. Ceci est très très dangereux : il doit être possible de tester un produit qui est en vente et de rendre public ses résultats, même si et surtout si ils montrent un danger potentiel du produit.


• Le Fonds national suisse pour la science vient de publier la version grand public et en français de son rapport sur les OGM: PDF à télécharger ; Pôle national de recherche ayant conduit au rapport.


• Super billet de blog par Ewan Birney (coordonateur de la deuxième phase d'ENCODE, co-directeur de l'European bioinformatics institute) sur ce qui fait la dynamique de San Francisco et la Silicon Valley, et comment cela peut être reproduit ailleurs. Il insiste sur un facteur essentiel : d'excellentes universités de recherche ! Plusieurs !

Sujet science et société sur ENCODE pour nos étudiants

[caption id="attachment_1508" align="aligncenter" width="212"] cliquez sur l'image[/caption]

Avec un collègue membre du consortium ENCODE, nous proposons le sujet suivant dans notre cours "science et société" (voir aussi ce billet):

En septembre 2012 s'est conclue la phase 2 du projet international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements), qui vise à construire une liste exhaustive des éléments fonctionnels du génome humain, y compris les gènes et les éléments régulateurs. Cette conclusion s'est concrétisée par la mise à disposition de 15 Tb de données génomiques, et 30 articles publiés simultanément dans 3 journaux scientifiques. A l'occasion de ces publications, des commentaires virulents portaient sur l'assertion selon laquelle 80% du génome humain serait fonctionnel. Les auteurs des articles du consortium ENCODE se sont vu reproché d'avoir utilisé une définition abusive de la fonctionnalité.

Dans ce travail, vous discuterez de la pertinence et du rôle des projets de la "Big Science", de la manière dont les chercheurs impliqués dans ces projets devraient communiquer leurs résultats aux autres scientifiques et au public, et de ce que les scientifiques ne faisant pas de la Big Science peuvent ou doivent en attendre.

références :
http://encodeproject.org/
http://www.nature.com/encode/threads
http://genomeinformatician.blogspot.co.uk/2012/09/encode-my-own-thoughts.html
http://gbe.oxfordjournals.org/content/5/3/578
http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2013.03.023

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Les étudiants sont en 2ème année de biologie, par groupes de 10. Le cours est obligatoire, et ils doivent choisir un projet proposé par un enseignant de biologie ou de sciences humaines. Ca va des OGM à la vie synthétique, du racisme au créationisme.

Mes billet précédents sur ENCODE :

#ENCODE : La revanche du retour du fils du génome humain

Notre génome n’est pas fonctionnel à 80% et je reste poli, moi #ENCODE

Le génome aléatoire, un contrôle pour interpréter 15 To de données sur le génome humain

Notes sur ma semaine en sciences 6

[caption id="attachment_1515" align="aligncenter" width="173"] cliquez sur l'image[/caption]

• Joe Felsenstein, le chercheur le plus connu en phylogénie et méthodes d'évolution moléculaire (dans notre petit cercle, je n'hésiterais pas à le qualifier de légende vivante) raconte ses souvenirs d'étudiant à la Marche sur Washington contre la ségrégation raciale, il y a 50 ans.


• Une étude médicale australienne liste plus de 150 traitements apparemment inutiles, ou en tout cas qui manquent d'évidence qu'ils sont utiles, de "Arthroscopic surgery for knee osteoarthritis" à "Hospitalisation for bed rest in multiple pregnancy". L'article, la liste de traitements.


• Liste en cours de construction (n'hésitez pas à contribuer) des journaux scientifiques acceptant des soumissions qui avaient été mises sur ArXiv auparavent.


• Discussion intéressante sur un blog de bioinformatique concernant la différence entre significativité du test (par ex. p < 1%) et magnitude de l'effet (par ex. 2 fois plus d'expression) dans les contextes des puces à ADN (microarrays) et du RNA-seq.


• Excellent article de fond sur le riz doré Golden Rice dans le New York Times.


• J'ai acheté la traduction française du livre "Au pays des Ranacaudas", qui explique la spéciation et la sélection naturelle aux enfants. Malgrès quelques tournures un peu bizarres dues à la traduction d'un livre pour enfants en vers, gros succès auprès de mon fils de 6 ans. Je recommende.


• Je suis bête, je m'invente du travail. Ma proposition de cours pour doctorants "Blogging and using Twitter for scientific communication" a été acceptée. Maitenant faut l'organiser. J'ai déjà trouvé ceci et ceci.


• Un excellent commentaire sur le Golden Rice de la part d'un économiste, Alexander Stein, qui a fait sa thèse sur la question : son blog, sa page professionnelle avec ses publications sur le sujet. Répond aux commentaires du type "qu'ils mangent de la brioche des carottes". Lire notamment un excellent commentaire de sa part sur la pertinence des investissements dans le Golden Rice par rapport à d'autres investissements possibles. Quand je vois la quantité de travail fait sur ces questions, et quand je lis ce que Greenpeace écrit, je ne peux que conclure qu'ils sont de mauvaise foi.


• Un papier intéressant (libre d'accès) sur la comparaison des chromosomes sexuels de serpents. Les serpents, comme les oiseaux, ont un système ZZ (mâle) ZW (femelle). Comme ces chromosomes sont plus ou moins différenciés (dans différentes espèces le W est plus ou moins différent du Z), cela permet de tester des hypothèses sur les rôles respectifs de l'abondance de mutations chez les mâles (davantage de divisions cellulaires pour faire un spermatozoide qu'un ovule), de la sélection de gènes spécifiquement avantageux pour un sexe ou l'autre, et de l'absence de recombinaison sur le W.


• En écrivant mon prochain projet de recherche, j'ai cherché des exemples de phénotypes morphologiques clairement non adaptatifs (des trucs qui se voient et qui ne servent à rien, en gros). Ca n'est pas évident, mais la couleur des organismes vivant très profond dans la mer me paraît un bon candidat. Pas de lumière : la couleur ne peut pas être importante, si ?


• La 2ème compétition pour savoir quelle méthode bioinformatique marche la mieux pour prédire la fonction des protéines a été lancée. Un problème difficile. J'hésite à entrer cette année ; c'est intéressant mais ça prend du temps d'autres projets. Détails sur le blog de Iddo Friedberg.


• Mike Eisen, militant acharné pro-Open Access et anti Impact Factor (voir mes billets sur politique de publication), demande dans quels journaux les gens ont publié pour avoir un poste de prof. Malheureusement pour lui, les journaux pas forcément ouverts à haut facteur d'impact semblent dominer. Discussion sur Twitter.


• Un collègue m'a contacté pour écrire un livre sur les OGM. J'ai décliné, je préfère écrire sur ce blog sur plein de sujets, et avancer ma recherche quand même.


• Un article de biologie évolutive pas encore publié officiellement, mais mis dans ArXiv (explication dans ce billet), est commenté dans Nature. Je ne sais pas si c'est une première, mais ça montre que les esprits changent. D'ailleurs mon journal préféré, Molecular Biology and Evolution, autorise aussi depuis peu les articles à y être soumis après avoir été déposés dans ArXiv. A propos de l'article lui-même, excellent commentaire sur le blog de John Hawks (avec photo du musée des Eyzies, coucou le Dinoblog).

Notes sur ma semaine en sciences 5

(pas d'image, le wifi de l'hotel est trop lent.)

• Pierre Barthélémy du blog Passeur de sciences sur Le Monde évite d'habitude de parler d'OGM. Il y a une actualité scientifique intéressante sur le sujet (utilisation d'interférence ARN), il fait un billet, et qu'est-ce qui domine les commentaires ? Des trucs à coté de la plaque sur Monsanto et le bio, des remarques négatives sur le ton de son titre, et des remarques particulièrement constructives sur la photo d'illustration. Faut pas désespérer.


• Article très intéressant (accès fermé hélas) qui montre un modèle de prédiction très précise de l'expression de gènes de levure en fonction de l'affinité précise (et manipulable expérimentalement) de l'ADN devant le gène (le promoteur) pour des protéines de régulation (facteurs de transcription). N'en déplaise à M. Kupiec.


• Je passe le gros de la semaine au congrès européen de biologie évolutive ESEB. Il faudrait que j'en fasse un compte-rendu sur ce blog, ça serait pas cool ça ? Mais du coup j'ai peu d'autres nouvelles neuves. Ce qui m'a frappé dans la conférence cette année ? Le pouvoir de la génomique à unir des domaines qui avaient peu en commun, de la génétique moléculaire à l'étude de la spéciation, de l'hybridation et la domestication à l'expression des gènes et l'évolution de la morphologie jusqu'à la sélection naturelle et l'étude de l'impact du changement climatique. Et plein d'études sur les papillons et les épinoches.


• Un hybride journal / blog sur l'intersection médecine et biologie évolutive : The Evolution & Medicine Review.

Redif : #Wikipedia est une excellente source d'informations scientifiques et médicales

On continue la rediffusion de vieux billets. Un autre de janvier 2012 (original sur blogspot) :

cliquez sur l'image (et n'oubliez pas de cliquer sur le point rouge)

Je commence ce billet par une constatation double : beaucoup de mes collègues et moi-même faisons un usage abondant et pertinent de Wikipedia dans notre vie professionnelle (vous croyez que je connais tous les gènes, tous les organes, toutes les bestioles ?) ; et d'autre part beaucoup de personnes à l'université continuent à décourager les étudiants d'utiliser Wikipedia, et à le traiter comme une sous-resource, pour paresseux. Je trouve ça choquant, et je le prouve.

Une étude récente (malheureusement d'accès payant paradoxalement) dans le journal Psychological Medecine a comparé l'information concernant des pathologies liées à la schizophrénie (5 pathologies) ou à la dépression (5 pathologies) entre différentes sources d'information : les sites internet arrivant en tête de recherches pour "depression" ou "schizophrenia" (14 sites au total), y compris Wikipedia mais aussi des sites plus officiels, comme celui du National Institute of Mental Health, ainsi que l'Encyclopedia Britanica en ligne, et un livre de psychiatrie utilisé en études de médecine.

En comparant ces différentes ressources, ils trouvent, et je cite :

The quality of information about depression and schizophrenia on Wikipedia was generally rated higher than other centrally controlled resources, including 14 mental health-related websites, Encyclopaedia Britannica and Kaplan & Sadock’s Comprehensive Textbook of Psychiatry.

En d'autres termes, et comme ils précisent plus loin, les articles de Wikipedia sur des sujets de santé contiennent peu d'erreurs factuelles, malgré un certain manque de couverture. Ils sont également bien référencés, mais paradoxalement peuvent être difficiles à comprendre. Ils sont généralement meilleurs en moyenne que les autres sources, y compris le livre spécialisé.

De manière intéressante aussi, bien qu'un avantage majeur de Wikipedia sur le livre est sa mise à jour fréquente et rapide, le livre fait mieux que la plupart des sites web officiels. Ces sites sont moins bons que le livre, mais pas plus à jour. Au moins, ils sont gratuits.

Ceci nous amène à un second point, qui est qu'il est difficile de maintenir de l'information scientifique ou médicale à jour de manière centralisée, avec des ressources forcément limitées.

Il y a un autre article récent sur ce sujet dans le numéro spécial annuel sur les bases de données en biologie (NAR Database, entièrement gratuit) : les auteurs discutent de l'intégration entre Wikipedia, ou d'autres approches participatives, avec des bases de données spécialisées de biologie. Ils partent de leur expérience positive avec les bases de données Pfam (domaines protéiques) et Rfam (ARNs fonctionnels) : les données structurées sont dans une base de données SQL dédiée, mais les annotations en texte qui décrivent la fonction des molécules passent par Wikipedia. Plus précisément, à un moment ils ont exporté toute leur information vers Wikipedia, et depuis ils récupèrent toutes les modifications qui sont faites dans les pages Wikipedia correspondantes, et les remettent dans Pfam et Rfam.

Par exemple, l'article sur mon domaine préféré, de liaison aux hormones des récepteurs nucléaires d'hormones : dans la page Pfam il y a de l'information textuelle, avec un bouton "Edit in Wikipedia". On clique dessus, et on arrive sur la page Wikipedia correspondante, en mode édition directement qui plus est. Et là-dedans vous avez de jolies boîtes avec de l'information structurée venant de Pfam. C'est beau c'est grand c'est magnifique.

Ils ont des curateurs qui vérifient les infos venant de Wikipedia, et ils en acceptent 99%. Ils ont des milliers d'éditions par an, donc beaucoup d'informations pertinentes, à jour, et ... gratuites. Et disponibles à tous !

Ils regardent aussi d'autres modèles d'intégration avec Wikipedia, et les limitations. Par exemple, Wikipedia a un critère d'intérêt général, qui fait qu'on peut avoir une entrée par gène humain, ou par domaine protéique (partagé par plein de protéines), mais pas une entrée par gène de poisson épinoche, ou par variant de gène humain. Une autre limitation est la règle "pas de travaux inédits", qui interdit d'ajouter des infos que vous avez obtenu de vous-même, même par une méthode toute bête et simple. Or une base de données scientifique ne peut pas toujours accepter ces limitations. Et les wiki spécialisés ne marchent généralement pas aussi bien que Wikipedia, c'est peu de le dire.

Leur conclusion, et c'est là où je trouve que ces deux articles à priori bien distincts se rejoignent, est que nous ne pourrons maintenir à jour une information pertinente en biologie (et médecine donc) qu'en s'alliant à Wikipedia (et autres ressources des foules) de manière intelligente. Je suis bien d'accord, d'ailleurs j'utilise déjà Wikipedia. Il ne me reste plus qu'à devenir intelligent.

Notes sur ma semaine en sciences 4

[caption id="attachment_1468" align="aligncenter" width="259"] cliquez sur l'image[/caption]

• Un bilan de 451 additifs alimentaires autorisés aux Etats-Unis entre 1997 et 2012 indique que l'expertise n'a jamais été indépendente, et qu'elle a été faite par un employé de la compagnie concernée dans 22% des cas. Clairement, un système à revoir. Article d'accès libre.


• J'ai commencé à écrire ma prochaine demande de financement au Fonds national suisse pour la science (je sais, pour un français dire "fonds national" ça sonne bizarre). On peut poser la question de la pertinence de l'écriture de ces projets, sachant que le meilleur prédicteur du succès d'un chercheur est sa productivité passée. Donc en regardant la mienne, on peut raisonablement s'attendre à ce que premièrement je continue à obtenir des résultats et à les publier, deuxièmement ces résultats ne changent pas la face du monde, et troisièmement qu'ils soient quand même utiles et cités par des collègues. Mais cet exercice est quand même important et utile. Cela me force à réfléchir à la cohérence de ce qu'on veut faire, au contexte international, et à convaincre des collègues de la pertinence de nos projets. Je pense que cela vaut le coup.


• Un compte-rendu intéressant d'analyse de la vigueur hybride dans le maïs cultivé : le fait qu'on obtient de meilleurs rendements en croisant deux souches pures bien choisies qu'en sélectionnant une souche seule (et c'est pourquoi la plupart des paysans rachètent des graines tous les ans, OGM ou pas).


• Un collègue améliore la productivité du manioc en Colombie grâce aux champignons microscopiques, j'y reviendrais. Communiqué de presse, article libre d'accès.


• Une nouvelle technique de compression de données spécifique aux génomes humains permet de ternir l'information génomique d'une personne en 2,5 Mb. A noter que cela suppose qu'on ait un génome de référence et qu'on ne code que les différences, donc le point de départ n'est que de 84 Mb, pas 3,2 Gb. C'est quand même 37% de mieux que le record précédent. Article (accès fermé).


• Un prototype de riz OGM qui fournit un anticorps contre un virus mortel (rotavirus) dans le Tiers Monde (news dans Nature). Mais me direz-vous, y a qu'à les rendre riches au lieu de faire des biotechnologies (y a vraiment un commentaire comme ça hélas). Sérieusement, c'est encore loin de l'application sur le terrain, mais c'est une approche originale et intéressante. Le risque bien sur c'est qu'alors que c'est relativement facile d'adapter un vaccin aux changements d'un virus, un OGM qui produit un anticorps donné risque d'être compliqué à mettre à jour quand le virus va évoluer une résistance.


• C'est officiel : si vous utilisez Gmail, vous abandonnez toute prétention à avoir une correspondence privée. Comme remarqué par Nicolas Le Novère, cela s'applique à toutes les communications passant par des tiers (en tous cas aux Etats-Unis).


• Commentaire Slashdot que je trouve intéressant : la carrière de Steve Jobs aurait consisté à rendre réelles les promesses de la "mère de toutes les démos".


• Intéressant par rapport au débat sur le libre accès aux publications scientifiques (open access) : alors que certains collègues arguent que le libre accès pose problème dans le Tiers Monde (parce qu'il faut payer pour publier), une université nigérianne a arrété ses abonnements (qui coutent très cher) et se repose presque exclusivement sur le libre accès. Interview dans The Guardian.


• Un billet de blog de Edzart Ernst, professeur de médecines alternatives, qui explique que sa formation de médecin ne comprenait pas d'apprentissage du pensée critique, et que c'est ses tentatives de comprendre l'homéopathie qui ont formé son esprit critique et son scepticisme.


• Dan Graur attaque une étude de génomique, et l'auteur répond. Presque comme des grandes personnes. Blog de Graur.


• Le poster présentant notre base de données Bgee sur l'expression des gènes et l'évolution pour la conférence ESEB (European society for evolutionary biology) est dans FigShare.


• Ca nous est tous arrivés, mais Rosie Redfield le discute publiquement (comme toute sa science d'ailleurs) : des compétiteurs qui "oublient" de citer votre travail quand ils se basent dessus pour le leur.


• Un petit ralage sur mon blog anglophone concernant l'abus du terme "dogme" dans les publications scientifiques.


• Dans un parallèle que je trouve intéressant avec la conclusion de mon billet de lundi sur la génomique des cellules HeLa, un billet de blog qui note que les "Big Data" nous retournent à une vie de village sans vie privée.