Quel est le coût environnemental du tabac ? #NoTobacco

[caption id="attachment_2033" align="aligncenter" width="150"] Cliquez sur l'image[/caption]

Aujourd'hui c'est la journée mondiale sans tabac, et je m'étais promis de faire un billet à cette occasion. Mais voilà, manque de temps, je m'y prends à la dernière minute. Avertissement donc : j'ai essayé de faire attention à mes sources, mais ceci n'est pas un billet super bien recherché. N'hésitez pas à me signaler les erreurs ou de meilleures sources d'information.

Bref, le tabac, on sait tous que c'est un poison, on a déjà évoqué que la nicotine est un insecticide "naturel", et on peut se moquer jusqu'à la fin des temps des anti-OGM qui fument. Mais je me posais la question également de son impact environnemental : le tabac prend de bonnes terres agricoles, et est en grande partie consommé ailleurs qu'il n'est produit, donc est transporté de manière polluante.

D'après le site tobaccoatlas.org, il semble que le tabac soit cultivé sur 3,8 millions d'hectares, dans 124 pays. Bien sûr il y a une grosse variation entre pays, et on constate certains pays pauvres dans lesquels le tabac sert d'exportation alors que la population est sous-nourrie, comme le Zimbabwe ou le Malawi. Le plus gros producteur mondial étant la Chine. Il semble aussi que 10 à 20 millions de personnes puissent être nourries grâce aux terres utilisées par le tabac.

En faisant une recherche de la litérature scientifique, je trouve notamment ceci :

Results The selected studies documented many negative environmental impacts of tobacco production at the local level, often linking them with associated social and health problems. The common agricultural practices related to tobacco farming, especially in low-income and middle-income countries, lead to deforestation and soil degradation. Agrochemical pollution and deforestation in turn lead to ecological disruptions that cause a loss of ecosystem services, including land resources, biodiversity and food sources, which negatively impact human health. Multinational tobacco companies' policies and practices contribute to environmental problems related to tobacco leaf production.

Tob Control 2012;21:191-196 doi:10.1136/tobaccocontrol-2011-050318

Dans un article plus ancien du même journal, je trouve que ≈200'000 ha de zones boisées sont déforestées pour la culture du tabac par an, soit 1,7% de la déforestation mondiale, 4,6% de celle des pays concernés. Il semble qu'une grande partie soit due à l'usage du bois comme carburant dans la préparation du tabac.

J'ai du mal à trouver des chiffres sur l'impact du transport du tabac, mais en 2000, d'après l'organisation mondiale de la santé, 200 millions de tonnes de tabac auraient été exportées.

J'aimerais entendre ceux qui sont contre la monoculture, ceux qui sont contre l'agriculture d'exportation, ceux qui sont contre l'agriculture productiviste, ceux qui sont contre la déforestation, ceux qui sont concernés par les risques potentiels dans les produits en vente chez nous et ailleurs, j'aimerais les entendre tous condamner sans équivoque le tabac.

Je n'ai même pas mentionné la pollution causée par les mégots jetés n'importe où, avec leurs cancérigènes.

Rappel du coût / bénéfice : le seul produit légal qui tue 50% de ses consommateurs, impact environmental particulièrement dans des pays pauvres / aucun bénéfice.

Résumé grand public de projet "Recherche bioinformatique d'évolution adaptative dans le développement des vertébrés"

[caption id="attachment_2008" align="aligncenter" width="150"] Cliquez sur l'image[/caption]

Pour mon nouveau projet de recherche dont le financement a été accepté par le Fonds national suisse de la recherche scientifique (SNF), je dois fournir un résumé grand public, en français, allemand ou italien. On va dire français, et je vous met ici ce que j'ai écrit. D'abord à titre d'information, et ensuite parce que des retours sur la lisibilité du truc pour les non spécialistes seront les bienvenus.

Je doit suivre le format imposé par le SNF :

Lead

Les espèces animales diffèrent dans leur anatomie, et certaines de ces différences constituent des innovations évolutives remarquables, à petite échelle comme des changements de forme des dents, ou à grande échelle comme la mise en place d'ailes ou de poils. Ces différences doivent être codées dans le génome, et d'ailleurs certains cas particuliers sont bien connus.

Contenu et objectifs du travail de recherche

Le point de départ de ce projet est l'observation que les gènes actifs dans la fin du développement embryonnaire ou au début de la vie extra-embryonnaire (larve, nouveau-né) de différents vertébrés évoluent très rapidement. Cette évolution rapide concerne aussi bien la séquence des protéines que la régulation des gènes, ainsi que la perte ou le gain de nouveaux gènes. Or c'est aussi à ces stades de la vie que se mettent en plance les structures anatomiques qui varient entre espèces. Nous partirons d'une part des gènes dupliqués, source potentielle d'innovation, et d'autre part des gènes spécifiquement actifs à la fin du développement embryonnaire.
Nous chercherons à déterminer quelle part des ces changements évolutifs sont des adaptations, c'est-à-dire améliorent l'adaptation de l'animal à son environnement et procurent un avantage évolutif. En effet l'évolution rapide peut être due, soit à l'adaptation, soit au manque de contraintes, c'est-à-dire une accumulation de changements sans conséquences notables. Pour cela, nous utiliserons les outils bioinformatiques développés dans notre laboratoire et ailleurs, et les données de génomique disponibles. Nous considérerons les changements évolutifs à tous les niveaux, de la séquence d'ADN à la protéine et ses interactions en réseaux.

Contexte scientifique et social du projet de recherche

Le projet relève de la recherche fondamentale. Il permettra de mieux comprendre comment se mettent en place les innovations dévelopmentales, et donc anatomiques, dans l'évolution. Nous visons à utiliser la génomique pour réconcilier deux approches de la biodiversité qui s'opposent ou s'ignorent depuis plus de deux siècles : le structuralisme, qui met l'accent sur l'anatomie, et le fonctionalisme, qui met l'accent sur l'adaptation. Dans ce projet nous améliorerons aussi des projets bioinformatiques qui seront utiles plus largement en recherche biologique et médicale.

Mes philosophes de la biologie préférés : clairs et rigoureux

[caption id="attachment_1981" align="aligncenter" width="150"] cliquez sur l'image[/caption]

Il y a deux billets que j'ai bien aimé sur le blog "Philosophie des sciences" : Les électrons existent-ils ? (1/2) Réalisme et sous-détermination et Les électrons existent-ils ? (2/2) Changements théoriques et réalisme structural. Après avoir signalé sur Twitter que j'aimais ces billets, l'auteur m'a répondu :

@marc_rr merci pour le lien! faudra que je fasse quelque chose sur la biologie un jour...

— Quentin Ruyant (@q_ruy) May 2, 2014

Et c'est vrai que ces billets, comme beaucoup de la philosophie des sciences "classique", s'appuient beaucoup voire exclusivement sur des exemples empruntés à la physique. Or ceci n'est pas juste une question d'exemples, mais cela influence les questions posées. Pour Kuhn ou Popper (voir ce billet) et beaucoup d'autres les questions posées par "la science" à "la philosophie" sont les questions posées par la physique. J'admet que la physique de la première moitié du 20ème siècle soit un objet de fascination intense, mais la biologie depuis le milieu du 20ème (en gros, ADN et synthèse néo-Darwiniste) dépote sérieusement, et pose des questions différentes.

Donc en réaction à ce petit échange Twitter, voici quelques philosophes dont je trouve l'apport positif. A savoir qu'ils ont éclairci des points pertinents à mon travail.

Le plus grand à mon avis : Eliott Sober. Il a écrit de nombreux excellent articles et livres, et je suis tombé sur lui la première fois en cherchant sur internet si d'autres que moi avaient pensé que l'Intelligent Design (créationisme relooké) était essentiellement un problème de probabilités conditionnelles (bien sur que d'autres y avaient pensé, dont Sober). Bref, Sober a beaucoup écrit (et pensé) sur les questions philosophiques posées par l'évolution. Je recommande en particulier un livre : Evidence and Evolution: The Logic Behind the Science. En quelques chapitres ultra clairs il explique quelles types d'évidence on peut utiliser dans une science de type historique comme l'évolution, ce que l'on peut savoir et avec quelle confiance, et montre en passant où les créationistes se trompent. C'est grâce à ce livre que j'ai pour la première fois vraiment compris la différence entre approches fréquentiste, vraisemblance et bayesienne des statistiques. Parmi ses nombreuses contributions, j'avais bien aimé aussi la discussion avec un mathématicien appliqué à la biologie sur le fait de pouvoir tester l'hypothèse d'un ancêtre commun à tout le vivant (Sober & Steel 2002).

Deux autres philosophes que j'apprécie pour un livre en particulier chacun :

Samir Okasha, pour son livre "Evolution and the Levels of Selection", où il illustre brillamment que les philosophes peuvent être utiles aux scientifiques (pas qu'ils aient une obligation envers nous hein). La querelle sur la possibilité et l'efficacité potentielle de la sélection naturelle à différents niveaux d'organisation a été compliquée par une confusion effroyable sur la terminologie, des questions mal posées, et des erreurs de logique cachées dans des raisonnements compliqués. Par niveaux d'organisation, on entend : la sélection naturelle peut-elle agir siur la population ou l'espèce, ou seulement sur l'individu ou le gène (même entre ceux-là il y a parfois des débats confus) ? Okasha clarifie tout cela magistralement, et montre sous quelles conditions de la sélection apparemment de groupe est vraisemblable, et ce que cela veut réellement dire.

Et Ron Amundson pour The Changing Role of the Embryo in Evolutionary Thought: Roots of Evo-Devo. Bien qu'il soit un philosophe, il fait ici un travail d'historien, en faisant un historique de la tension entre deux approches de la biologie évolutive : l'approche structuraliste et l'approche fonctionaliste. Les deux ont leur origine dans l'étude de la diversité des espèces bien avant Darwin. L'approche structuraliste est issue de la morphologie comparée et de l'étude du développement, très importante au 19ème surtout en France et en Allemagne (par exemple Haeckel), et a été largement éclipsée lors du triomphe du néo-Darwinisme anglo-américain du milieu du 20ème. Elle veut savoir pourquoi et comment il y a des formes différentes. L'approche fonctionaliste est historiquement surtout anglaise, et Darwin puis le néo-Darwinisme de la génétique des populations sont fonctionalistes. Elle veut savoir pourquoi les choses sont adaptées, pourquoi elles marchent si bien. L'un demande pourquoi les tétrapodes ont tous 4 pattes et les insectes 6, l'autre demande comment des tétrapodes peuvent les uns voler, les autres nager. Le structuralisme est revenu à la mode à partir des années 1990 avec l'Evo-Devo, étude des mécanismes génétiques et moléculaires sous-tenant les similarités et différences anatomiques entre espèces. Amundson pense que ces deux approches ne peuvent être conciliées parce qu'elles posent des questions différentes. C'est la première référence bibliographique du projet de financement que j'ai écrit en septembre dernier (et qui a été financé, merci). Sauf que j'argue qu'Amundson a tort, et que la génomique permet de réconcilier les deux approches. A développer un de ces quatre sur le blog.

A noter un point commun de Sober et Okasha : ils n'ont pas peur des équations. Pas seulement de les montrer, mais de les démonter, de les comprendre vraiment avec leurs implications et leur pouvoir clarificateur. Et tous les trois avec Amundson n'ont pas peur d'aller dans le détail de la science qu'ils veulent comprendre, et le cas échéant de montrer des erreurs des biologistes de manière justifiée.

A noter aussi que même si j'ai mis en avant Amundson et Okasha pour un livre chacun, ils ont de nombreuses autres contributions, et Okasha notamment est considéré comme un interlocuteur important en biologie théorique. A noter aussi de Okasha un petit livre sympa : Philosophy of Science: A Very Short Introduction. Il écrit moins bien que Sober mais c'est pas un nul.

Il faut finalement que je mentionne Michael Ruse, l'un des philosophes de la biologie les plus connus (le plus connu ?). Il est très Darwinien, et descend en flèche de manière que je trouve injustifiée tous ceux qui osent critiquer l'orthodoxie néo-Darwinienne à la Dawkins. Il écrit super bien, mais je trouve qu'il manque de rigueur, et donc je n'aime pas.

Voilà, un peu de lecture pour vos longues soirées de printemps, et des idées de billets de blog pour le jour improbable où j'aurais le temps de développer chacun de ces points. Haha.

Le saumon #OGM qui grandit très vite présente-t-il un risque pour l'environnement ?

[caption id="attachment_1974" align="aligncenter" width="150"] cliquez sur l'image (dessin du Podcast science)[/caption]

Dans mon Podcast Science sur les OGM, j'ai mentionné le cas de saumons OGM grandissant plus vite en aquaculture. Suite à cela, un collègue m'a fait passer un papier de 2004, où les auteurs ont étudié le même type d'OGM que fait dans les saumons, mais dans une autre espèce de poisson, le medaka. Les mâles OGM plus gros ont un avantage de sélection sexuelle, donc ont davantage d'enfants que les plus petits, mais leurs enfants survivent moins bien. En introduisant ces paramètres dans un modèle mathématique de dynamique de populations, ils trouvent que grâce à l'avantage des mâles, le gène OGM envahit une population, mais qu'ensuite la population s'éteint à cause du désavantage qu'apporte ce gène sur la viabilité.

[caption id="" align="alignnone" width="320"] saumon de Wikipedia[/caption]

[caption id="" align="alignnone" width="320"] medaka de Wikipedia[/caption]

Ce papier est intéressant, et pose des questions importantes pour la manipulation de la croissance des poissons. Mais les conclusions dépendent de données expérimentales sur le medaka, qui n'est pas un saumon, au labo pas dans la nature, et de la modélisation utilisée. Du coup j'ai cherché à en savoir plus, et voici le résultat de cette recherche.

Dans un autre article, de 2007, on trouve qu'en conditions typiques d'aquaculture, les saumons OGM grandissent trois fois plus grands que les non OGM dans le même temps. Quand ces saumons géants sont mis en conditions simulant la nature, ils ont un impact prédateur très important. Par contre, quand ils sont élevés du départ en conditions simulant la nature, ils ne sont plus grands que de 20%.

Dans un article de 2010, trois types de saumons ont été mis en compétition pour la reproduction en milieu immitant la nature (courant d'eau, cailloux au fond) : des sauvages, des issus de ferme non OGM, et des issus de ferme OGM. Les "cultivés" non OGM ont des mâles plus petits, et n'ont produit que 11% à 14% des petits, en partant de 50-50 cultivés - sauvages. Quand on utilise des cultivés OGM, ils sont plus grands mais sont nuls en reproduction, et ne produisent que 2% à 6% des petits. Un autre article de 2011 observe des résultats similaires, mais conclut :

Although transgenic males displayed reduced breeding performance relative to nontransgenics, both male reproductive phenotypes demonstrated the ability to participate in natural spawning events and thus have the potential to contribute genes to subsequent generations.

Dans un article très intéressant de 2013, les auteurs montrent d'abord que le saumon OGM Salmo salar (saumon atlantique) peut s'hybrider avec l'espèce proche Salmo trutta (truite brune ; truites et saumons ne sont pas des groupes taxonomiques à proprement parler, mais on s'éloigne du sujet là). S'hybrider, cela veut dire en l'occurrence que ces deux espèces proches peuvent se reproduire et avoir des petits viables. Et surtout, ils comparent les hybrides avec les deux types parents, S. trutta sauvage et S. salar OGM. Déjà, surprise, l'hydride grandi plus vite que les deux autres types en conditions d'aquaculture. Et surtout, lorsqu'on mélange dans des conditions simulant la nature hybrides, S. salar OGM et S. salar sauvage, les hybrides ont un avantage sélectif net, baissant la croissance des deux autres types de 82% et 54%. Ceci implique que si des saumons OGM s'échappent dans la nature, et se reproduisent avec des saumons sauvages, c'est leur progéniture (les hybrides) qui risque de poser problème.

A noter qu'il y a une réponse publiée à cet article, qui fait notamment remarquer qu'ils ont élevé les saumons hybrides en conditions d'aquaculture, et non en conditions immitant la nature. Donc on ne sait pas comment les hybrides se débrouilleraient dans des conditions plus difficiles (par exemple nourriture limitée). A noter la déclaration de conflits d'intérêts de cette réponse, mais la remarque reste valide :

I was Vice President for External Affairs at Aqua Bounty Technologies from 2001 to 2008, where I had responsibility for preparing an environmental impact assessment of the commercial use of transgenic Atlantic salmon. I have no present or continuing affiliation with or financial interest in the company.

Par ailleurs, et comme me le faisait remarquer un collègue, aucune de ces études ne semble modéliser la survie à l'hiver, qui devrait logiquement pénaliser les saumons OGM à croissance rapide.

Alors que conclure de tout cela ?

A mon humble avis, il n'est pas démontré que le saumon OGM à croissance rapide (on peut imaginer d'autres saumons OGM qui auraient des propriétés complètement différentes, voir billet "les OGM n'existent pas") présente un risque environnemental, mais ce risque reste possible, et en l'état des connaissances pas improbable. Donc je dirais que l'on est dans un cas où le principe de précaution peut s'appliquer de manière justifiée et rationnelle : ne pas cultiver ces saumons à grande échelle avant d'en savoir plus.

Discussion sur les #OGM avec le Président des Verts vaudois @mdemontmollin

[caption id="attachment_1957" align="aligncenter" width="150"] Cliquez sur l'image[/caption]

Suite au Podcast Science sur les OGM, dans lequel Alan m'avait fait réagir à des citations du Président des Verts vaudois, Martial de Montmollin, ce dernier a répondu à mon intervention sur son blog, où j'ai également mis une longue réponse.

Je répète la réponse ici pour info, même si la plupart des points ont déjà été traités sur ce blog :

D'abord, merci pour votre réponse détaillée.

Comme je l'ai expliqué plusieurs fois, je ne suis pas "pro-OGM". Je suppose que, par symmétrie avec le mouvement anti-OGM, un pro-OGM serait quelqu'un qui serait systématiquement en faveur de tous les OGM quelqu'ils soient, et ne verrait jamais de problème possible. Ce qui n'est pas mon cas. J'ai bloggué sur les problèmes potentiels liés aux OGM Bt par exemple, même si ces problèmes ne semblent pas spécifiques aux OGM en l'état des connaissances :
http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/07/09/impact-du-mais-ogm-bt-sur-lenvironnement/
http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/03/21/surprise-les-insectes-developpent-une-resistance-a-un-insecticide-ogm-apres-quon-en-ait-abuse/

Ensuite, je suis désolé que votre avis ait été parfois mal compris. Je n'ai pas choisi ce format, et je n'ai pas d'expérience précédente de podcast ni d'ailleurs d'interviews de ce type. J'espère qu'on pourra diffuser tout malentendu.

"Face à la violence des attaques, notamment sur le fait que la position anti-OGM soit assimilée aux conspirationnistes de tout poil, aux anti-vaccins et aux anti-science en général":

Je ne pense pas avoir été violent, je suis surpris de ce point de vue. J'admet appeler un chat un chat, et si quelqu'un a tort de défendre des choses fausses, je le dis. Mais je ne pense vraiment pas avoir été agressif en réponse à vos remarques.

Je réitère ce que j'ai déjà écrit dans les commentaires du Podcast Science : l'évocation de liens entre sentiment anti-OGM et autres sentiments anti-science ou conspirationistes concernait spécifiquement la situation américaine, et correspond à une observation empirique. Ce n'est pas une stratégie pour vous discréditer, et m'étant déjà excusé que cela puisse en donner l'impression dans ces commentaires, je trouve surprenant que vous reveniez encore dessus. D'autant qu'il me semble quand même que c'était très loin de représenter une part importante de mon message ou de l'émission.

Je vous rejoint tout-à-fait sur le fait qu'il est difficile de commenter le contenu du Podcast. On me promet un transcrit sous peu, ce qui devrait nous aider à identifier quels points ou tournures vous ont posé problème.

Concernant l'étude de Séralini :

1- Ecrire que "les pro-OGM" ont pointé les problèmes de l'étude semble indiquer que seules des personnes avec un engagement pro-OGM l'ont fait. Or c'est incorrect, tout ce que la planète comprend de commentateurs scientifiques ayant regardé ce papier a pointé ces problèmes, à l'exception unique de personnes avec un engagement militant anti-OGM précédent. Je ne vais pas remettre la liste des académies scientifiques etc ayant jugé ce travail, mais donner quelques liens à des bloggueurs indépendants :
Tom Roud est un physicien qui modélise la biologie, il a exprimé ses réserves sur les OGM (par exemple http://tomroud.cafe-sciences.org/2007/08/09/peut-on-etre-physicien-et-reserve-sur-la-culture-des-ogm/ mais aussi à plusieurs reprises sur Twitter), et a écrit ceci sur l'étude de Séralini : http://tomroud.cafe-sciences.org/2012/09/26/des-rats-obeses-cancereux-et-des-hommes/
voici aussi deux billets sur un blog consacré par ailleurs aux "bactéries et à l'évolution" : http://www.bacterioblog.com/2012/09/23/les-ogm-sont-bons-pour-la-sante/ ; http://www.bacterioblog.com/2012/09/24/pour-quelques-rats-de-plus/.
Carl Zimmer est le journaliste scientifique le plus reconnu des USA et probablement de la planète. Voici ce qu'il écrivait à l'époque : http://blogs.discovermagazine.com/loom/2012/09/21/from-darwinius-to-gmos-journalists-should-not-let-themselves-be-played/
Orac est un bloggueur médical spécialisé dans le mouvement anti-vaccins (désolé de le faire ré-apparaitre), qui a écrit un billet sur Séralini que je vous déconseille de lire si vous trouvez mon ton trop violent : http://scienceblogs.com/insolence/2012/09/24/bad-science-on-gmos-it-reminds-me-of-the-antivaccine-movement/

2- J'entends souvent cet argument que cette étude aurait eu le mérite de montrer les faiblesses des autres études sur les OGM. Malheureusement c'est faux. D'abord, parce qu'une si mauvaise étude ne peut rien montrer. Ils auraient aussi pu tirer des nombres de rats aux dés, ils n'auraient toujours rien montré. Ensuite, ça devient un peu technique, mais pour montrer les faiblesses des autres études sur les OGM il faudrait faire une étude de puissance (au sens statistique) et potentiellement une méta-analyse montrant les limites de ces autres tests. C'est ce qu'a fait une étude très célèbre montrant les limites de la recherche médicale : http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pmed.0020124. Si l'objectif était de montrer des limites similaires dans le domaine des OGM, alors torturer des rats 2 ans n'était pas la bonne approche. Dans ce cadre, il faut bien noter que le plan expérimental d'une étude dépend notamment des hypothèses posées et de ce que l'on cherche ; d'où des différences entre une recherche de toxicité sur un produit où l'on n'en attend pas, et une étude de cancers, par exemple. Enfin, parce que les standards des agences sont une chose, la recherche scientifique une autre, et des études meilleures que celle-là heureusement il y en a. Ce dernier point est très important : les règlements des agences sont un mélange de science, de politique, d'influences économiques, etc. Donc par exemple les changements potentiels de la part des agences telles que l'EFSA suite au papier de Séralini et al incluent la réaction politique. Les conséquences scientifiques de cette étude sont inexistantes, les conséquences politiques sont majeures, et c'était l'objectif manifestement.

A mon avis, plus tôt tout le monde arrêtera de citer cette étude, et mieux le débat se portera.

Petite pique "je ne suis pas un spécialiste des questions de santé et je dispose d’aucune formation dans le domaine. Mais contrairement à lui (moi), je ne m’exprimerai donc pas sur la question". Comme dit par Alan au début du Podcast, je ne suis pas spécialiste au sens académique, c'est-à-dire que je ne fais pas de recherche sur les OGM. Mais je suis quand même un chercheur actif en biologie, et comme tous mes collègues si je m'intéresse à une telle question et que je lis les articles, je peux comprendre de quoi il retourne. Bien sur des fois je fais des erreurs, et quand on me les fais remarquer je corrige. ;-)

En ce qui concerne la remise en cause du principe que la dose fait "forcément le poison" : il y a effectivement des résultats encore mal compris concernant des relations dose-effet non monotones (qui n'augment pas tout le temps en gros). Mais ça n'a aucun rapport avec le fait que toutes les plantes contiennent des produits potentiellement dangereux, et que la plupart des OGM ne produisent rien de plus de potentiellement dangereux. Donc il n'y a simplement aucune raison de soupçonner des risques de santé spécifiques aux OGM.

Par rapport à la dissémination : à nouveau, je ne vois pas en général un risque particulier aux OGM. On dissémine des plantes non natives depuis longtemps, et si l'on constate effectivement des problèmes, ceux-ci ne sont pas du à des échanges de gènes, mais à des espèces invasives classiques. Je suis bien d'accord que les espèces invasives contiennent de nombreuses espèces horticoles, comme même remarqué sur mon blog (http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2014/04/17/complements-et-commentaires-sur-mon-podcast-sur-les-ogm/#contamination).
Donc comment le fait qu'un risque existe pour toutes les plantes domestiquées, et que les OGM n'en soient pas forcément exclus, est-il un argument contre les OGM ? A la limite, c'est un argument contre la domestication, mais c'est un peu tard pour ça je pense.

La comparaison avec l'héroïne, l'alcool et le tabac ne me paraît pas pertinente. Ces substances sont connues pour leurs effets négatifs sur la santé, et on sait que l'héroïne a des effets particulièrement mauvais. Par contre il n'y a aucune raison de penser qu'une plante OGM en soi soit plus invasive.

Je revient à ce propos sur un sujet qui pour moi est critique pour comprendre la discussion sur les OGM : pour la plupart des questions posées, les OGM ne font pas sens comme catégorie. Par exemple on peut arguer qu'une plante résistante à un herbicide ait un potentiel invasif plus fort (pas sur, mais possible), ce qui inclurait le Round-up Ready mais aussi d'autres plantes non OGM rendues résistantes à des herbicides par d'autres techniques (par exemple http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ps.993/abstract). Par contre un OGM qui conduit à des pommes qui ne brunissent pas, ou qui produit une vitamine, on ne voit pas pourquoi il serait particulièrement invasif.

Je suis d'accord que l'on peut imaginer que la transmission d'un gène insecticide soit un problème, et votre raisonnement fait sens. Le risque me parait relativement faible, étant considéré que toutes les plantes produisent des insecticides (discuté dans le podcast), et que nous ne voyons pas des transferts fréquents de ces gènes.
Mais je vais me répéter : on peut parfaitement considérer que ce risque est trop élevé, et interdire les plantes produisant de trop fortes doses d'insecticides. Cela n'implique pas de jugement global sur "les OGM".

Concernant la résistance aux herbicides : c'est un phénomène qui n'est pas nouveau, qui n'est pas lié intrinsèquement aux OGM, et qui est effectivement problématique et provient de mauvaises pratiques d'abus de peu de produits. C'est d'ailleurs également vrai pour d'autres pesticides.

Pour l'augmentation de l'utilisation d'herbicides, je vais répéter ce que j'ai mis en commentaire du Podcast (http://www.podcastscience.fm/dossiers/2014/04/07/podcast-science-169-les-ogm-ni-pour-ni-contre#comment-1346365778) : la quantité totale n'est pas pertinente si on ne précise pas le type de produit, sa concentration et sa dangerosité. Si on utilise plus d'un produit peu nocif plutôt que beaucoup d'un produit nocif, alors il peut y avoir un gain.

Pour les insecticides, les études jusqu'ici indiquent une augmentation des insectes dans et près des cultures OGM Bt.

Les gains relativement faibles des OGM :

1- Mon souci principal c'est qu'on arrête de dire des bêtises sur les OGM. De ce point de vue, si on utilise les données et informations correctes pour décider en connaissance de cause de ne pas les utiliser, ou de ne pas en utiliser certains, pourquoi pas ?

2- Ceci dit, je note que partout où ils ont le choix, les agriculteurs utilisent massivement les OGM disponibles, y compris en les piratant dans plusieurs pays du Tiers Monde. Donc il semble qu'ils y voient des gains significatifs. Notamment pour le Bt, ne pas faire d'épandages couteux et dangereux pour la santé des agriculteurs est un gros plus il me semble.

"Le tout ou rien" : là je ne suis pas d'accord avec vous. Oui une plante OGM peut se retrouver dans un champ d'une autre culture, mais c'est vrai de toutes les cultures. Cela n'empêche pas des champs de blé d'exister à coté de champs de colza, même si un tout petit peu de colza va dans le champ de blé et réciproquement. La peur de la contamination ne fait sens que si l'on suppose un effet délétère. Sinon, on peut dire qu'en cultivant du colza un agriculteur enlève à son voisin la liberté de cultiver "sans colza".

En insistant sur une potentielle pureté "sans OGM", on contraint tout le système sans base factuelle. Probablement il y a des gens qui voudront être sans OGM même s'il n'y a aucun problème de santé ni environnemental particulier aux OGM, mais il ne me semble pas que ce soit le cas général. Le cas général, c'est une information incomplète sur la biologie en cause. D'où mon engagement de biologiste.

Pour l'étiquetage, j'ai dit explicitement que pourquoi pas. J'ai signalé que de nombreux collègues américains étaient contre. En ce qui me concerne, cela ne me pose pas de problème, surtout si on l'utilise pour de la pédagogie : "avec OGM pesticide" ou "avec OGM vitamine" ou "sans OGM avec pesticides" etc.

Ceci dit, l'analogie avec le gluten est erronée, parce que le gluten est effectivement un produit qui est une catégorie pertinente à l'alimentation : c'est un produit qui existe physiquement dans l'aliment, et il peut y avoir des réactions. Par contre le fait d'avoir une origine OGM n'est pas une propriété pertinente d'un aliment : il n'y a rien de changé en soi. OGM n'est pas un composant comme un métal lourd qui se transmet. C'est une technique de développement d'une variété.

Je ne suis pas non plus d'accord que "le refus du consommateur de consommer des OGM est parfaitement rationnel et légitime dans un stratégie personnelle de limitation des risques". A nouveau, parce que les OGM ne sont pas une catégorie pertinente. Il n'y a simplement aucune propriété commune à l'ensemble des OGM, à l'exclusion de l'ensemble des non OGM.

Plus me croire que les personnes ayant défendu l'amiante ou la vache folle : je ne demande à personne de me croire sur parole. Je réponds quand on me pose des questions, au mieux que je peux. Je me renseigne autant que possible. Et je partage les informations que je trouve sur mon blog, toujours avec les références et les liens vers l'information d'origine, toujours avec les commentaires ouverts, et en répondant à tous les commentaires apportant des informations nouvelles ou faisant remarquer des erreurs.

En fait on a trois choix :
- croire systématiquement les figures d'autorité scientifiques ; l'expérience indique qu'on se trompera rarement, mais des fois oui ;
- ne jamais croire les mêmes ; l'expérience montre le contraire ; d'ailleurs vous avez bien pris la peine de souligner que vous n'étiez pas de ceux qui remettent en cause les vaccins et autres tendances anti-scientifiques ;
- chercher à comprendre les informations, les résultats, les raisonnements ; c'est le choix le plus difficile, et il comporte le risque de se tromper soi-même ; c'est ce que j'essaye d'encourager via mon blog.

Le point de vue de l'Union suisse des paysans est intéressant. J'apporterais deux commentaires : les OGM développés jusqu'ici présentent probablement peu d'intérêt pour l'agriculture suisse notamment parce que la Suisse et les pays autour découragent l'investissement dans des OGM qui nous seraient utiles. Et le fait que le public soit contre ... oui en effet mais rien de nouveau. Le fait que la majorité des gens aient peur des OGM sans les comprendre ne justifie pas de ne pas les comprendre soi-même. C'est le sens de mon effort.

Le riz doré :
1- Le fait que l'on en parle tout le temps ne le disqualifie pas ! Sinon on peut dire "OK on parle d'OGM mais pas de maïs Bt". C'est le seul cas d'OGM philanthropique prêt, parce que l'on décourage activement (y compris par le vandalisme) de tels efforts.
2- Il n'en existe pas moins, et il n'y a rien à faire : toute opposition à tous les OGM inclut l'opposition au riz doré. Explications et grosse discussion sur mon blog : http://toutsepassecommesi.cafe-sciences.org/2013/07/10/le-golden-rice-ogm-la-science-sauverait-des-vies-si-les-bobos-ne-la-bloquaient-pas/. (Oui j'ai lu les articles scientifiques d'origine sur le sujet.)
3- Je serais très intéressé à connaître votre avis sur l'aide au développement. Je remarque que Greenpeace et d'autres anti-OGM soutiennent la distribution de pillules faites en usine en Europe et aux USA, puis transportées de manière poluante en Asie, où il faut les redistribuer tous les ans. Il me semble, peut-être naïvement, que d'avoir la plante qui pousse de toutes façons sur place, que les gens mangent de toutes façons, qui inclut la vitamine et ceci récole après récole, année après année, est bien plus dans une logique de développement durable. Qu'en pensez-vous ?

Un site web est-il scientifiquement sérieux ? Le test #OGM + #climat

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Quand je blogue sur des sujets écologiquement sensibles, commes les OGM, j'ai pas mal de liens ou de commentaires depuis des sites plus ou moins militants. De même, en cherchant des infos sur Twitter ou autres sources internet, je trouve divers sites. Parfois je tombe sur un  article apparemment excellent, mais je suis toujours curieux de connaître la philosophie et le sérieux d'ensemble du site avant de le recommender ou de l'utiliser comme référence. J'utilise dans ces cas-là le test combiné OGM + climat.

C'est simple : si c'est un site qui semble sérieux sur les OGM, je cherche ce qu'ils disent sur le climat ; et si c'est un site qui semble sérieux sur le changement climatique, je cherche ce qu'ils disent sur les OGM. Typiquement, on trouve des sites anti-écolo ou pro-industrie/pro-biotechnologie qui sont très clairs et documentés sur les OGM, et virent dans la paranoïa complotiste sur le climat, et des sites écolos ou sur la biodiversité qui sont très sérieux sur le climat, la biodiversité, la polution, et virent dans la paranoïa complotiste sur les OGM. Drapeaux rouges typiques : Allègre est un héros, le GIEC se contredit et ment, les paysans indiens se suicident à cause des OGM, le miel est contaminé par les OGM, etc.

Un exemple qui m'est arrivé cette semaine : via Twitter, je tombe sur un article qui semble intéressant sur le viticulteur qui refuse de traiter ses vignes en Bourgogne : Viticulteur bio, décryptage d'une affaire. Je ne connais pas le site, mais le nom et la présentation ressemblent à ce que l'on peut attendre d'un site pro-biotechnologies. Alors recherche sur le mot climat, et bingo :

— Vous avez dit réchauffement climatique ? 14 | 03 | 2006
— Vers trente années de refroidissement du climat ? 18 | 02 | 2010
— Nicolino, DDT et le climat 16 | 04 | 2007
— Agriculture et climat : halte a la panique ! 05 | 07 | 2007
— Laurent Cabrol / climat : et si la planète s’en sortait toute seule 09 | 06 | 2008
— Modifier le climat pour combattre la sécheresse 18 | 03 | 2010
— Climat : un excès de glaces au Canada menace une centaine de bateaux 30 | 04 | 2007
— La science du climat n’est pas encore au point - Chronique du PR Richard S. Lindzen 14 | 12 | 2009
— Quand on sait tout on ne prévoit rien 31 | 05 | 2005
— Le réchauffement climatique est un mythe ! 08 | 11 | 2004
— Du bon usage du réchauffement climatique 20 | 10 | 2009
— Le débat sur le réchauffement climatique n’est pas clos ! 20 | 03 | 2007

etc etc, y compris une "Apologie de Claude Allègre" en 2006.

Donc petit tableau guide :

	anti OGM	pas anti OGM
nie changement climatique	complotiste grave	anti écolo militant
ne nie pas changement climatique	écolo militant	science !

Bien sur, ce système a ses limites, par exemple si le site ne parle jamais d'OGM ou jamais de climat. Dans ce cas il faut regarder plus avant, mais dans l'ensemble ça marche bien.

Mise à jour : le blog écologie d'Audrey Garric sur le site du Monde ne parle habituellement pas d'OGM, ce qui me posait toujours question : pouvait-elle toujours éviter la question et donc de prendre un positionnement minimum ? Alors je trouve qu'elle vient de s'en sortir avec pas mal d'élégance sur les moustiques OGM anti-dengue :

http://ecologie.blog.lemonde.fr/2014/04/18/le-bresil-va-lacher-des-millions-de-moustiques-ogm-contre-la-dengue/

Bien sur elle donne la parole à des anti-OGM sans qualification scientifique sur un mode "il a dit elle a dit", mais ce n'est pas militant anti-OGM et présente les faits sur l'OGM correctement pour autant que je vois. (J'ai commenté là-bas, suivre ce lien.)

Compléments et commentaires sur mon Podcast sur les #OGM

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J'ai récemment été invité à discuter des OGM sur Podcast Science. Bien que je ne soit pas un spécialiste du sujet, Alan mon hôte a tenu à m'interviewer, rapport à mes billets de blog sur le sujet.

Comme je l'ai écrit brièvement en commentaire sur le site du Podcast, Christian Fankhauser, un collègue biologiste moléculaire des plantes, et pas directement impliqué dans les OGM et les semences, m'a transmis quelques commentaires intéressants que je vais développer ici.

1) OGM et allergie. Il existe un cas bien documenté où le gène d'une espèce de pois à été transmis à une autre afin de le rendre résistant à un insecte. La résistance à l'insecte a très bien fonctionné, mais le pois GMO est allergène (alors que ds le pois d'origine ce n'est pas le cas). A vrai dire on ne sais pas vraiment pourquoi, mais on pense que c'est les modifications glucidiques de la protéine qui sont en cause. Je donne toujours cet exemple car il démontre que les tests effectués sont efficaces alors que si tu fais venir de nouvelles variétés obtenues par croisement ces tests ne sont souvent pas mis en oeuvre et il n'y a aucune raison de penser que la même chose ne pourrait pas arriver...

http://www.gmo-compass.org/eng/news/stories/175.gm_peas_australia_cause_immune_response.html

Yo, excellent exemple, merci. Exemple qui peut plaire aussi aux anti-OGM : oui il peut arriver que des interactions imprévues arrivent ! Mais (1) on sait les détecter, (2) on ne les a pas détectées dans les autres OGM, et (3) on ne teste pas les hybrides et mutants non OGM pour de telles interactions.

J'en profite pour réagir à une remarque de Martial de Montmollin sur Twitter :

@marc_rr Et une erreur: En France comme en Suisse, les plantes de culture agricole doivent être homologuées @podcastscience

— Martial deMontmollin (@mdemontmollin) April 14, 2014

Je serais ravi de recevoir une référence me montrant que j'ai tort (à nouveau, je ne suis pas spécialiste des OGM), mais pour ce que j'ai vu, l'homologation des semences non OGM ne comprend pas les tests que doivent passer les OGM. La notion de "sanitaire" dans ce contexte semble être surtout une garantie que les semences ne portent pas de maladies. Cf Wikipedia et le Groupement national interprofessionnel des semences.

2) ouviers agricoles qui s'empoisonnent en cueillant des patates qui tombent malades. t'as une référence? aussi il serait utile de rappeller que la patate crue est toxique c'est pour ça qu'il faut absolument la cuire.

Comme écrit en commentaire sur le site de Podcast Science, je me suis trompé en direct live, c'est le céleri qui cause des problèmes de santé aux ouvriers agricoles. Reste qu'une plante non OGM peut tout-à-fait être toxique et avoir des conséquences conséquente, et que je n'entends pas réclamer son interdiction.

3) Une étude sur les OGM Bt en Chine est intéressante car elle montre que même sur des plantes non-OGM dans le coin il y a moins d'insectes (je peux te trouver la référence je crois que c'était il y a 2-3 ans ds nature). Suis d'accord avec toi sur le manque de bonnes comparaisons avec d'autres techniques pour donner du Bt.

Il m'a ensuite envoyé la référence, Lu et al Nature 2012. Etude en effet très intéressante, que ne l'ai-je vue plus tôt. L'introduction de cotton OGM Bt a conduit à une augmentation des insectes prédateurs, ce qui a conduit à une diminution de leurs proies, spécifiquement les pucerons. Donc il y a bien une diminution de certains insectes, y compris sur les plantes environnantes non OGM, mais c'est parce qu'il y a moins d'insecticide, et donc plus de prédateurs. Donc davantage de lutte "biologique" contre les insectes nuisibles aux cultures. Second effet kiss-cool.

C'est à ce moment-ci que les critiques des OGM me montrent leur ouverture d'esprit en admettant que c'est un effet positif du cotton Bt.

4) OGM et variétés...il est clair que les OGM comme n'importe quelle varité nouvelle doivent être croisé dans toutes les variétés locales afin de pouvoir être utilisé

Oui, mieux dit que moi, merci.

5) les OGM doivent être traité comme n'importe quelle variété "naturelle" si on veut éviter les résistances et c'est possible (par exemple dans un champs avec une variété Bt resistante il faudrait laisser 5-10% de plantes non-Bt resistantes).

On est d'accord, voir ce billet sur la résistance des insectes au Bt.

6) "contamination" beaux exemples d'espèces invasives. quels sont les exemples de l'agriculture classique invasive?

Je pense que Christian fait référence aux exemples du courier de Martial de Montmollin qui a été cité à l'antenne. Je ne connais pas d'exemples d'espèces invasives issues d'agriculture classique, mais une recherche rapide trouve cette référence :

Horticulture as a Pathway of Invasive Plant Introductions in the United States. Most invasive plants have been introduced for horticultural use by nurseries, botanical gardens, and individuals. BioScience (2001) 51 (2): 103-113

Donc il semble que l'horticulture (non OGM) soit coupable de beaucoup d'espèces de plantes invasives. Faut réglementer les jardineries (quoique ce soit probablement trop tard dans la plupart des cas).

7) Variétés OGM et autres variétés: en occident quasiment personne n'utilise ses propres graines en particulier pour des plantes ou il y a le hybrid vigor c'est-à-dire seul la F1 entre 2 parents différents est très vigoureux (e.g. le mais), mais aussi pour d'autre car chaque année on fait des projections sur les pestes les plus probables donc on plante les variétés avec les gènes de resistance appropriés.

Très intéressant, je ne connaissait pas les détails concernant la projection des pestes probables. Ce qui confirme que ce n'est pas à cause des OGM que les agriculteurs achètent généralement leurs graines plutôt que de les réutiliser.

8) je ne crois vraiment pas que Duboule était impliqué dans le PNR59 qui a testé les OGM en Suisse, je peux te trouver le responsable du projet.

En effet, erreur de ma part, comme écrit en commentaire sur le site de Podcast Science (voir liens là-bas).

9) Golden rice aux Philipines, il n'a pas été développé là, mais ils font un truc très important il croisent ce riz dans toutes les variétés locales ce qui est essentiel si on veut pouvoir les utiliser.

Oui en effet, je connais bien l'histoire mais j'ai fait un racourci un peu brutal à l'oral ; histoire détaillée dans ce billet.

Globalement, j'ai trouvé le Podcast une expérience intéressante et amusante, et qui apparemment m'a permis de toucher des gens qui ne lisent pas ce blog, mais je préfère l'écrit où il est plus facile de vérifier les détails, les sources, et d'utiliser le terme juste.

Un autre collègue m'a envoyé un lien très intéressant sur les saumons OGM, mais il faut que je creuse un peu avant de rapporter, c'est compliqué.

Voir aussi la discussion au site du Podcast Science, intéressante sur la difficulté réciproque du dialogue sur les OGM.

Quelques poissons d'avril scientifiques

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Un petit tour des poissons d'avril qui m'ont fait rire aujourd'hui :

A tout seigneur tout honneur, mes camarades du C@fé des sciences ont fait un super questionnaire sur les poissons : vrai ou poisson d'avril ?

Egalement sur le C@fé, Biopsci propose une technique révolutionnaire pour obtenir des cellules souches : en les trempant dans le petit déjeuner. (Contexte sur les cellules souches) (Un article parodique similaire en anglais.)

Les suivants en anglais :

Le CERN passe entièrement à la police de charactères Comic Sans. Contexte : ils avaient effectivement utilisé cette police peu sérieuse dans la présentation du boson de Higgs.

Des collègues lyonnais ont lancé deux journaux parodiques : Journal of Citations, qui ne fait que citer les autres pour augmenter leur nombre de citations, et donc facteur d'impact (voir ce billet d'Enro par exemple). Et Journal of Paleogenomics, qui publie l'excellent "A semi-automatic method for fast and accurate paradigm shifting" (voir mon billet plus sérieux). Mon préféré de la journée.

Mon 2nd préféré, mais uniquement pour les geeks de la génomique et bioinformatique, Paired End Genomics. Même si vous ne suivez pas tout, regardez la Generic Brand Video :

http://www.youtube.com/watch?v=2YBtspm8j8M

Mise à jour : j'avais oublié celui-ci : Dans le magazine Science, un rapport sur les ondes gravitionnelles qui nous montrent l'univers d'avant le Big Bang (rapport à la découverte récente). Mise à jour supplémentaire : Pascal Lapointe me signale que l'Agence Science Presse avait scoopé Science sur ce coup-là.

Mise à mise à jour : une liste de billets humour & science à l'Agence Science Presse.

L'open access ne nuit pas à la qualité scientifique

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Un billet sur le blog Alambic de la bibliothèque de Clermont-Ferrand, sur Hypotheses.org, pose la question "L’open access nuit-il à la qualité scientifique ?" (explication de ce qu'est l'open access dans ce billet). Le texte contient beaucoup de bonnes choses, mais je trouve qu'il complique un peu trop la question.

Donc en résumé, ma réponse est : non.

Quelques points davantage en détail :

• Je suis éditeur chez PLOS One, le journal le plus souvent cité en exemple pour l'open access haut débit sans critères d'impact scientifique. On a zéro pression pour accepter plus de papiers, il n'y a aucun lien avec le fait que les auteurs payent : s'ils demandent à ne pas payer par manque de moyens, c'est toujours accordé, et l'éditeur n'est pas au courant.


• J'en ai marre d'entendre parler des journaux "prédateurs" comme disqualifiant l'open access. Ca me rappelle les débuts du web, quand beaucoup de gens en France ne voulaient pas avoir de présence web (j'ai vécu cela en 1995-96) parce que le web, y avait de la pornographie et des sites de piratage. Oui sur le web y a ces trucs, et les éditeurs escrocs existent. Mais en quoi cela justifie-t-il de ne pas agir par ailleurs ? De ne pas avoir de page web, de ne pas éditer un bon journal open access ? C'est un non sequitur, utilisé à dessein par les tenants du status quo.


• A propos des journaux prédateurs, merci de ne pas citer avec approbation le truc récent dans Science. Ce n'était pas une "étude", vu que c'était fait par un journaliste, sur commande, et que ça n'a pas été soumis ni expertisé. Le plan expérimental était faussé exprès, en ne soumettant aucun faux article à des revues sur abonnement, et en ciblant en priorité les éditeurs classés comme "prédateurs". Et il n'y a aucune correction pour des facteurs confondants comme l'age des journaux, leur reconnaissance, leur nombre d'articles, etc. Donc des journaux de merde publient de la merde, what's new ? A noter que des papiers générés par ordinateur ont été acceptés par des éditeurs réputés sérieux, sur abonnement (news dans Nature), et que Elsevier a publié de faux journaux sur abonnement (New Scientist).


• Finalement, tout ce bruit sur les nouvelles revues et nouveaux éditeurs me paraît détourner de l'essentiel : il faudrait que les revues existantes, avec leur expertise et leur prestige, deviennent toutes open access. Alors on pourra arréter de discuter de ces bétises et permettre l'accès au savoir à tous. Sans utopie, c'est déjà économiquement viable.

8 questions sur l'évolution, reloaded

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Sur le blog généralement excellent Passeur de sciences il y a une interview du paléontologue Jean-Sébastien Steyer sur le thème "8 questions pour en finir avec les clichés sur la théorie de l’évolution". Je n'ai pas trop aimé cette interview, à laquelle Tom Roud a aussi pas mal réagi sur Twitter. Plutôt que de râler sur ce que je n'ai pas aimé, ce qui risquait de ne pas être très constructif, j'ai décidé de donner mes propres réponses aux même questions (questions de Pierre Barthélémy en gras).

1/ Soit par une simplification excessive soit dans le discours des partisans créationnistes de l'« Intelligent Design », l'évolution est souvent représentée comme une ligne droite qui va de la bactérie jusqu'à l'homme. Que répondre à ceci et quelle autre représentation graphique serait plus correcte ?

D'abord, une ligne allant de nos ancêtres à nous n'est pas en soi fausse. Ce qui est faux, c'est de représenter des espèces actuelles le long du chemin. Nous ne descendons pas d'un chimpanzé, mais d'un primate qui est également l'ancêtre des chimpanzés. Nous ne descendons pas d'un poisson actuel, mais d'un ancêtre commun avec les poissons actuels. Nous ne descendons pas d'une bactérie actuelle, mais d'un ancêtre commun avec les bactéries. Ce qui complique la communication c'est que la plupart des gens, s'il pouvaient voir ces ancêtres, diraient "tiens un singe, tiens un poisson, tiens une bactérie". Leurs caractères primitifs ne sont clairs que pour les spécialistes, d'autant plus quand ce sont des organismes très différents de nous, comme les bactéries.

Ensuite, l'évolution suit un arbre, avec des branchements. En soi, ce ne devrait pas être très difficile à montrer et mettre en avant, mais c'est fait très rarement parce qu'il y a reproduction d'un cliché bien ancré. De plus, on a souvent tendance à représenter les espèces très distantes de nous en bas de l'arbre (regardez les résultats Google Images pour "arbre évolution"). Donc la réponse est que la représentation correcte est un arbre, avec toutes les espèces au même niveau. Excellent exemple dans ce billet de SAFFT.

2/ L'évolution va-t-elle nécessairement vers plus de complexité comme on l'entend souvent ?

Ah bon, on entend souvent ça ? Bref, la réponse est en deux parties :

1. L'évolution n'a pas de direction particulière. Parfois plus de complexité est mieux adapté, parfois moins de complexité est mieux adapté. Parfois la complexité émerge sans adaptation, par hasard (par exemple nos gènes dupliquent par hasard et on en a plus), parfois la simplicité émerge sans adaptation, par hasard (par exemple on perd des gènes par hasard).


2. Comme noté par Stephen Jay Gould, si vous partez d'organismes très simples, ce qui était probablement le cas au début de la vie, et que vous évoluez au hasard plein d'organismes, la médiane va rester très simple (et en effet, la plupart des organismes sont des bactéries), mais la complexité maximum va augmenter avec le temps parce qu'on bougeant au hasard on va parfois s'éloigner de ce minimum de complexité où l'on a commencé. Il avait proposé une analogie avec un mouvement brownien (au hasard donc) de particules qui démarrent toutes près d'un mur (qui représente la complexité minimale de la vie). Bien que le mouvement soit au hasard, la limite extrême de distribution des particules s'éloigne progressivement du mur, parce qu'il n'y a pas d'autre possibilité de mouvement. Donc oui, il y a probablement d'une certaine manière complexification des organismes les plus complexes au fur et à mesure du l'évolution, sans "nécessité" intrinsèque, et alors que la stagnation est la règle et la simplification est fréquente.

3/ Un autre raccourci très courant dans la vulgarisation est qu'une forme apparaît pour réaliser une fonction. Comment reformuler les choses sans ce « pour » ?


C'est une façon naturelle de penser, et ce qui est révolutionaire dans la théorie de la sélection naturelle de Darwin est justement cette capactié contre-intuitive à générer de la fonction en l'absence d'intention. Parce que c'est contre-intuitif, il est très difficile de donner une formulation simple, claire et exacte. D'ailleurs dans mes cours de biologie, quand j'étais étudiant, les profs disaient souvent "tout se passe comme si telle molécule voulait faire telle fonction", pour faciliter leur exposé... ce qui a donné son nom légèrement cryptique à ce blog.

Proposition de formulation : "une forme qui réalise bien une fonction utile est préservée". On peut ajouter "une variante d'une forme qui réalise mieux une fonction utile que la forme habituelle est mieux préservée."

4/ L'image du chaînon manquant est elle aussi très ancrée dans l'imagerie populaire. Se justifie-t-elle sur le plan scientifique ?

Ca dépend comment on veut l'interpréter.

Si on veut dire qu'il nous manque des informations dans le registre fossile, c'est vrai et ça le sera toujours. Les fossiles sont incomplets.

Si on veut dire que ces manques sont critiques, et du coup on ne peut pas dire ce qui s'est passé dans l'évolution, c'est faux (dans les cas qui intéressent le grand public en tous cas). Dans les grandes transitions, du type apparition des vertébrés terrestres, on a suffisamment de fossiles de bonne qualité pour savoir ce qui s'est passé avec un bon niveau de détail.

Si on veut dire qu'il y a des séries de fossiles qui permettent de visualiser une transition, c'est souvent correct (ça dépend des cas), à condition de se rappeler que l'évolution fonctionne en suivant un arbre et non une ligne droite, voir ci-dessus. Excellent exemple avec Tiktaalik sur le blog Pharyngula (en anglais) ; compte rendu en français avec moins d'images sur le Dinoblog. Mais si on veut dire ça, pourquoi dire chaînon "manquant" ?

5/ Autre image d'Epinal, celle du fossile vivant, employée par exemple pour le cœlacanthe. Faut-il aussi lui tordre le cou ?

Là pour le coup, oui, totalement, il faut lui tordre le cou. Toutes les espèces présentes autour de nous ont la même durée évolutive les séparant de nos ancêtres que nous. Certaines espèces évoluent effectivement plus lentement que d'autres, mais : (1) aucune n'évolue pas du tout, donc elles seront toujours différentes des espèces fossiles disparues, et (2) l'évolution lente affecte généralement certains aspects, parfois frappants, mais pas d'autres.

6/ Dans les grandes étapes du vivant, il y a la « sortie des eaux » par les vertébrés. Comment la science la conçoit-elle aujourd'hui ?

Vu que j'ai donné l'exemple de Tiktaalik ci-dessus, j'y renvoie. En bref, il semble que cela se soit fait en plusieurs étapes sur une relativement longue durée.

Jusqu'ici je n'ai pas fait référence aux réponses de J-S Steyer, mais c'est quoi ce bazar de réponse où il essaye de dire que ce n'est pas important, à peine si on s'en fout pas ? Ce n'est pas unique bien sur, mais de tels cas où une lignée évolutive à envahi une nouvelle niche énorme, avec des innovations morphologiques et fonctionnelles clairement reliées à ce changement, existent et intéressent la biologie évolutive. On peut citer la diversification des plantes à fleurs, les autres passages au mileu terrestre, notamment chez les plantes et plusieurs groupes d'arthropodes (dont les insectes), ou à plus petite échelle les poissons des glaces. Et moins connus du grand public, l'apparition des eucaryotes ou de la photosynthèse.

7/ Parmi les grands chouchous du public, en matière de paléontologie, on trouve les incontournables dinosaures. L'image que la science en donne aujourd'hui est très différente de celle que nous en avions il y a quelques décennies...

Vu que je ne suis pas paléontologue, je ne vais pas trop rebondir sur cette question.

8/ Quelle était la place réelle des mammifères dans le monde animal avant la disparition des dinosaures non aviens ?

C'est encore débattu, voir mes billets Pas si petits, les mammifères du temps des dinosaures ? et Un petit débat scientifique pour #DarwinDay : fossiles contre ADN chez les mammifères, et les commentaires dessous. Mais cela semble quand même clair que de ce temps-là, les mammifères étaient moins divers qu'aujourd'hui.

Je ne comprends pas ce que J-S Steyer essaye de dire dans sa réponse. Ca fait longtemps que l'on sait que les mammifères existaient avant la disparition des dinosaures, et il dit à la fois que oui leur disparition a libéré des niches, mais que ce n'est pas si important. En quoi la disparition totale de la mégafaune et son remplacement par une nouvelle lignée de mégafaune n'est-il pas intéressant ? (Un truc que je trouverais intéressant à noter par contre, c'est que les descendants directs d'un groupe de dinosaures, les oiseaux, a continué à très bien se porter, et comporte aujourd'hui encore davantage d'espèces que les mammifères. Dino not dead. Cliquer sur dessin en haut de page.)

Voilà, je vous laisse lire les deux interviews, la vraie de M. Steyer, et ma vraie-fausse ci-dessus.