Notes sur ma semaine en sciences

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Je commence une nouvelle formule : il y a régulièrement des choses que j'apprends ou que je vois dans ma semaine de travail, qui feraient de bons billets de blog mais que je n'aurais pas le temps de développer, ou qui seraient juste sympa à partager rapidement avec un public plus large mais sans faire un billet.

Je vais donc essayer de partager des notes rapides plus ou moins tous les vendredis. Les billets plus consistents, qui étaient généralement le vendredi, paraîtront dorénavant le lundi. On va voir si j'arrive à tenir. A noter qu'il risque d'y avoir une part de redondance avec mon fil Twitter, mais ici je ne suis pas limité à 140 caractères et ce sera tout en français. Par rapport aux billets habituels du blog, je vais aussi mettre ici des infos sur la vie du labo : nos articles, nos financements, les conférences, etc.

Voici donc la première de cette séries de notes (un peu longue parce que j'ai des trucs de la semaine d'avant aussi).

• Des chercheurs qui travaillent sur les phéromones de papillon ont mis en données supplémentaires une super BD originale qui illustre leurs résultats : http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1003620#s5. Mon sup data préféré précdent était la "Amphioxus Song" inclue avec le génome d'amphioxus (où je suis co-auteur mais ça n'est pas moi qui ait mis la chanson) : www.nature.com/nature/journal/v453/n7198/suppinfo/nature06967.html


• Quand on donne de l'alcool à des mouches mâles, elles cherchent à s'accoupler avec tout ce qui bouge, mais leur taux de succès auprès des femelles diminue (entendu dans un séminaire, je n'ai pas la ref). Toute ressemblance avec d'autres espèces...


• Les illustrations du séminaire anti-ENCODE de Dan Graur (voir ce billet) sont en ligne et sont très droles (humour bio-geek) : twileshare.com/askq


• J'ai écrit sur mon blog en anglais une explication de "l'histoire derrière le papier" pour un article récent de mon groupe : Story behind the paper: The hourglass and the early conservation models – co-existing evolutionary patterns in vertebrate development.


• Découvert via un article dans The Scientist une base de données de stockage et analyse simple de profils métaboliques (composés chimiques dans un mélange complexe comme notre sang), avec comme exemples de démo la comparaison Coca-Cola / Pepsi, et la comparaison de deux bières. La base de données est gratuite mais il faut créer un login : xcmsonline.scripps.edu


• Un prof d'informatique propose un système centralisé pour déposer et maintenir le code informatique pour que les expériences computationnelles sont reproductibles pour toujours : son billet de blog, son site recomputation.org, et un précédent billet à moi sur le sujet. Voir aussi l'excellente tribune dans Le Monde de nos collègues du C@fé.


• Un étudiant m'a demandé des recommendations de livres pour commencer la bioinformatique. Voici mes préférés (je n'ai pas acheté de livres récemment, donc ça date un petit peu, mais une recherche web retrouve toujours le livre de Mount de 2004 comme un favori de bcp de gens) : Bioinformatics and molecular evolution, Paul G. Higgs and Teresa K. Attwood (ISBN 1405106832) ; Bioinformatics: sequence and genome analysis, David W. Mount (ISBN 0879697121) ; Building Bioinformatics Solutions with Perl, R and MySQL, Conrad Bessant, Ian Shadforth, and Darren Oakley (ISBN 978-0-19-923023-5).


• Quelqu'un a enfin fait le test de "fonction" d'ADN aléatoire ! Il faudra que je revienne dessus. Billet de blog au Finch & Pea, article dans PNAS, mon billet précédent sur le sujet. Mais quand même vous voyez comme c'est cool la science, on se dispute, on fait une nouvelle expérience pour tester qui a raison, et on avance ! Presque comme des adultes.


• Bilan de ma semaine OGM : l'important ça n'est pas de comprendre la biologie, l'important ça n'est pas de sauver des vies, l'important ça n'est pas de préserver l'environnement, l'important c'est d'écrire des titres de billets respectueux et polis que personne ne lira (et surtout ne jamais utiliser le mot "bobo").