Je suis vieux : histoire de ma signature email "la liberté ne s’use que quand on ne s’en sert pas"

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Ma signature email professionnelle comprend en bas la phrase "La liberté ne s'use que quand on ne s'en sert pas" depuis longtemps. J'ai essayé de retrouver depuis quand. Je garde tous mes emails envoyés et reçus depuis fin 1997, et à l'époque c'était déjà là.

1997 :

Marc Robinson            tel    : +972-3-6408646
Department of Zoology    fax    : +972-3-6409403
Tel Aviv University      e-mail : marc@kimura.tau.ac.il
Ramat Aviv 69978 Israel
"La liberte ne s'use que quand on ne s'en sert pas."

2015 :

Marc Robinson-Rechavi
Department of Ecology and Evolution
Biophore 3219, University of Lausanne, 1015 Lausanne, Switzerland
tel: +41 21 692 4220    fax: +41 21 692 4165
http://bioinfo.unil.ch/
Twitter: @marc_rr
Swiss Institute of Bioinformatics
http://www.isb-sib.ch/groups/lausanne/eb-robinson-rechavi.html
La liberte ne s'use que quand on ne s'en sert pas

On voit aussi mon grand âge à ce que j'évitais les accents dans les emails (longtemps mal gérés), et je m'apperçois que c'est resté par le miracle du copié-collé. Et que j'ai connu Tel Aviv en des temps d'espoir de paix et de normalisation qui semblent étranges aujourd'hui. :-(

Pour chercher plus loin, j'ai regardé ma participation à des forums internet, qui prédatent le web, et sont maintenant stockés par Google (qui d'autre ?). J'ai trouvé un message de 1994 avec cette signature ! Sur le forum de droits de l'homme, où je trollais pour Amnesty International.

En cherchant ces forums, j'ai trouvé que j'ai discuté avec PZ Myers, qui n'étais pas encore le bloggeur scientifique le plus lu au monde (Pharyngula chez Scienceblogs, chez FreeThought blogs) : lien. Amusant.

Représentation graphique des victimes d'attentats en France depuis 2 siècles

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En suivant un lien vers les victimes d'attentats au Liban, j'ai découvert que Wikipedia a une liste des attentats avec les victimes au Liban. Du coup j'ai regardé pour la France, et il y a aussi une telle liste, et dans le cas de la France il y a un tableau analysable. Du coup, cela permet de mettre les attentats récents en perspective.

D'abord, je récupère le tableau de chiffres depuis Wikipedia. Il y a des accès programmatiques élégants, mais j'ai fait ça "quick and dirty", donc copier-coller dans un fichier texte puis importation dans R. R est un environnement de statistiques gratuit et open source, puissant si peu facile d'usage pour les débutants (page officielle, petite explication sur le blog bioinfo-fr).

Puis j'ai mis en forme : remplacer les entrées de type "50+" par le nombre seul, par exemple "50" dans ce cas, pour permettre le traitement. Et transformer le format bizarre de dates dans Wikipedia en un format reconnu par R, en mettant des tabulations entre les éléments des dates dans le fichier texte (récupérable ici), puis en important dans R et transformant avec as.Date().

Ensuite, c'est simplement une histoire de faire des graphiques simples avec la fonction plot(). Comme je suis chef d'équipe et que j'utilise à peine R (ou d'autres languages) de nos jours, mon code est tout moche mais le voici :

terror_france<-read.delim("~/Desktop/terror_france.txt")
terror_france$date<-as.Date(with(terror_france, paste(Year, Month, Day, sep='-'), "%Y-%m-%d"))
terror_france<-terror_france[order(terror_france$date),]
terror_france$cumulative_dead<-cumsum(terror_france$Dead)
terror_france$cumulative_injured<-cumsum(terror_france$Injured)

plot(terror_france$date, terror_france$cumulative_dead, type='o', xlab="date", ylab="cumulative number of dead", col=ifelse(terror_france$Dead>50, "red", "black"))
text(x=2000, y=350, "These are the dead of 13th November 2015", col="red", pos=2)
text(x=2000, y=330, "in context of 2 centuries of terrorism", col="red", pos=2)

plot(terror_france$date, terror_france$cumulative_injured, type='o', xlab="date", ylab="cumulative number of injured", col=ifelse(terror_france$Injured>200, "red", "black"))
text(x=2000, y=1900, "These are the injured of 13th November 2015", col="red", pos=2)
text(x=2000, y=1800, "in context of 2 centuries of terrorism", col="red", pos=2)

Voici les résultats :

On voit immédiatement que les attentats de ce vendredi 13 novembre ont fait beaucoup plus de morts que n'est habituel (je n'ai pas envie d'utiliser le mot "normal" pour des attentats qui ne devraient pas l'être). On voit aussi que la guerre d'Algérie n'a pas fait tant de morts que ça en France métropolitaine par attentats (clairement d'autres sources de victimes ne sont pas comptées ici). Mais que les années 1980 ont été marquées par de nombreux attentats, chacun d'amplitude pas très forte, mais qui cumulent un grand nombre de morts au final.Pour les blessés les années 1980 sont encore plus marquantes, et les attentats récents moins, ce qui met en avant à quel point ces attentats ont été meurtriers en nombre de morts relativement au nombre total de victimes.

En réagissant à une version préliminaire de ces graphiques, Alexander Doria a remarqué :

@marc_rr Très intéressant. Par contre je me demande si les chiffres du 19e s. ne sont pas sous-évalués (ac de fréquents attentats anar-soc).

— Alexander Doria (@Dorialexander) November 15, 2015

Bonne question, je ne sais pas. Lecteurs historiens ?

Mise à jour suite au commentaire de MAthieu : courbe en escalier :

Mise à jour 2 : un article similaire sur le site Les Décodeurs du Monde.

Mise à jour 3 : suite à demande populaire, le graphe en non cumulé, que personnellement je trouve moins clair mais voici.

La science est universelle, et un scientifique qui ne l'accepte pas voit son article rétracté

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Gangolf Jobb est un chercheur à son propre compte (on pourrait aussi dire au chômage dans son cas) qui travaille sur la bioinformatique de l'évolution, et est notamment l'auteur d'un logiciel de manipulation d'arbres évolutifs, TreeFinder. Il est relativement connu dans la communauté de biologie évolutive pour ses messages étranges sur des listes e-mail, ou sur son site. Toutefois, récemment ses bizarreries ont passé un cap.

• En février 2015, il a modifié la licence d'utilisation de son logiciel pour en interdire l'utilisation aux chercheurs dans les Etats-Unis d'Amérique.


• En octobre 2015, il a à nouveau modifié la licence pour en interdire l'utilisation aux chercheurs dans les pays suivants : Allemagne, Autriche, France, Pays Bas, Belgique, Royaume Uni, Suède et Denmark.


• En novembre 2015, l'article scientifique principal décrivant son logiciel a été rétracté.

Gangolf a interdit aux personnes travaillant dans ces pays européens d'utiliser TreeFinder parce que ce sont les pays qui acceuillent le plus d'immigrants non européens. Je ne vais pas reproduire ici son texte, qui est une diatribe haineuse et sans grand intérêt. Vous pouvez le trouver aisément par une recherche web. Le journal BMC Evolutionary Biology a rétracté l'article parce que le logiciel n'est plus disponible pour tous les scientifiques qui désirent l'utiliser, ce qui est en opposition avec la politique éditoriale du journal. (Déclaration de conflit d'intérêts : je suis éditeur associé bénévole à ce journal.) Il est notable que les autres auteurs de l'article, Arndt von Haeseler et Korbinian Strimmer, approuvent la rétraction étant donné les circonstances.

Le site Retraction Watch a une analyse plus détaillée de la rétraction, dans laquelle ils citent ledit Korbinian Strimmer, qui note que si le logiciel avait été placé d'entrée sous une licence de type GNU GPL, les restrictions de Gangolf Jobb auraient été impossibles, et qu'il va donc être strict sur l'usage de telles licences pour les logiciels publiés par son laboratoire dans le futur. (On a d'ailleurs remarqué récemment dans mon labo qu'on n'avait pas fait très attention à nos licences - il faut qu'on soit plus rigoureux nous aussi.) Retraction Watch reflète aussi les réactions que j'ai vues très généralement dans la communauté biologie évolutive : ce ne sera pas un problème de se passer de TreeFinder, et c'est ce qu'on va faire.

Cette rétraction est importante parce qu'au delà du cas étrange de Gangolf Jobb, il faut insister sur l'universalité de la science. Nous construisons ensemble une connaissance et une compréhension du monde pour l'humanité. La liberté de communiquer, de penser, de débattre, de se parler, de construire sur les résultats des autres ou de les invalider, de collaborer ou de se disputer, sont indispensables au progrès de cette connaissance et cette compréhension. La science n'est pas une affaire individuelle, c'est une aventure collective ; c'est vrai pour les personnes individuelles comme pour les pays individuels.

C'est aussi pour cela qu'à terme la publication open access est importante, comme le sont les licences libres. Parce que rien ni personne ne peut empêcher un cubain, un américain, un chinois, un taiwanais, un israélien, un palestinien, un russe et un ukrainien de lire un article dans PLOS ou BMC, qui que ce soit qui l'ait écrit. Et quels que soient les évènements politiques à venir.

Over 200,000 people have died in Syria in the past 4.5 years. That's a Paris attack EVERY SINGLE DAY. That's what refugees are fleeing.

— Adam Khan (@Khanoisseur) November 14, 2015

Je vais finir ce billet en allant un peu au-delà du cas particulier de la communauté scientifique pour rappeler qu'en 1939, les autorités françaises ont interné les citoyens allemands qui étaient en France. Largement des réfugiés anti-Nazis, des juifs, des communistes. Parmi eux étaient quelques agents allemands infiltrés (je ne retrouve pas la référence exacte, mais il y a un cas décrit dans les mémoires de Marthe Cohn), mais cet internement était quand même injustifié et inhumain pour la masse des réfugiés. Et c'est cela qui me vient à l'esprit quand j'entend des appels à rejeter tous les réfugiés qui fuient la barbarie, comme illusion de protection contre cette barbarie.