Redif : A qui est ce génome dans la vitrine ?

Pendant les fêtes, je vais faire quelques rediffusions de billets de mon ancien blog sur blogspot. Voici la deuxième redif. Billet original ici.

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Un papier récent rapporte le premier génome d'un aborigène d'Australie. Les résultats sont intéressants, et indiquent que les aborigènes sont partis d'Afrique il y a environ 62'000 à 75'000 années, sont donc bien le groupe humain qui est depuis le plus longtemps hors d'Afrique, et aussi qu'ils se sont mélangés  aux denisoviens en chemin.

Mais ça n'est pas de cela que je veux parler aujourd'hui.

L'ADN a été séquencé à partir d'un échantillon de cheveu préservé dans un musée, collecté sur un aborigène dans les années 1920. L’université de Copenhague, qui coordonne le projet, a considéré qu'il s'agit d'un échantillon archéologique et non biologique, et donc non soumis à autorisation du comité d’éthique. Mais un collègue australien, ayant vent du projet, a signalé aux danois que les aborigènes sont très sensibles à l'exploitation de leur patrimoine génétique, et qu'il fallait faire attention. Les chercheurs danois ont donc identifie la région d’où venait probablement le donateur, et ont demandé et obtenu l'autorisation du comité tribal représentant les aborigènes de la région. Ils ont déclaré que si le comité tribal avait dit non, ils auraient arrêté la publication du génome. Certains australiens trouvent qu'ils ne sont pas allés assez loin, dans la mesure où l'information dans ce génome engage tous les aborigènes. Histoire complète en anglais et probablement d’accès payant, sur le site de Nature.

Ceci a donne lieu à un débat anime sur des blogs de scientifiques :

Razib Khan (Discover magazine) est outragé que les auteurs du papier aient demandé au conseil tribal. Et d'une, il ne voit aucune légitimité au concept de tribu, et considère que seuls les individus existent. Et de deux, il ne pense pas qu'il faille en général demander l'autorisation de qui que ce soit avant de rendre public un génome, sauf de l'individu concerne (s'il est vivant). Dans un cas extrême, il pense que c'est OK pour un individu d'une paire de jumeaux de rendre public son génome sans demander l'autorisation à l'autre jumeau, qui partage exactement le même génome (on suppose que ce sont de vrais jumeaux), à quelques erreurs de copie près.

Il note deux points à ce propos. Un, qu'avec le progrès des technologies, de toutes façons tout ce qui peut être séquencé le sera. Il suffit d'un donneur, un échantillon, ou même un ensemble de blancs avec une partie de leur généalogie aborigène. Deux, qu'avec l’état actuel de notre connaissance du génome, une séquence ne dit somme toute pas grand chose sur un individu. Je trouve ce point très dangereux, parce qu'une fois qu'une séquence est publique, elle le reste, tandis que notre pouvoir prédictif base sur ce génome augmente. Si vous rendez votre génome public aujourd'hui, on ne peut pas dire grand chose sur vous. Mais dans 2 ans ou 5 ans ou 10 ans, on pourra peut-être (probablement) en dire beaucoup plus.

Rasmus Nielsen (célèbre biologiste de l’évolution et co-auteur du papier original) défend l'approche prise en considérant d'une part qu'il y a un biais culturel, Razib ayant un point de vue individualiste typiquement américain (il ne dit pas quel est le point de vue alternatif ; communautaire européen ?). Il pense fortement que dans la mesure où il y a une longue histoire négative des interactions entre scientifiques européens et peuples non européens objets d’étude (vous avez vu, j'ai réussi à éviter d’écrire "indigènes" !), il faut faire particulièrement attention. Et dans la mesure où dans ce cas particulier l’individu ni ses descendants ne pouvaient être identifies, le conseil tribal était la meilleure autorité avec laquelle discuter. Rasmus est d'accord avec Razib sur le fait que la séquence serait éventuellement disponible, mais ne voit pas cela comme une raison de ne pas essayer de faire au mieux aujourd'hui. Je suis totalement d'accord. D'autant que reconstruire la confiance entre scientifiques et non scientifiques me parait un objectif majeur.

Cela laisse ouverte la question : si un aborigène individuel avait donne son ADN et son consentement, le conseil tribal aurait-il été consulté ? L'information obtenue aurait été sensiblement la même. Question proche de celle posée par les chercheurs et militants australiens, qui trouvent qu'une consultation plus large des aborigènes aurait du être menée.

De manière intéressante, Razib reconnait le problème de déshumanisation passée, et fait remarquer que lorsque l'on a découvert que l'ADN des européens montre un mélange passé avec les néandertaliens, cela n'a pas posé de problèmes, car il n'y a pas d'histoire récente de déshumanisation des européens. Mais pour lui c'est un argument pour traiter les aborigènes de la même manière que les européens. En quelque sorte, il a une vision a-historique des individus, ce qui est cohérent quelque part avec sa vision a-communautaire (ça me rappelle une blague suisse : dans l’appellation Suisse alémanique, le "a" est privatif).

Larry Moran sur Sandwalk (prof de biochimie cité dans le billet sur l'oignon) rebondit sur l'exemple des jumeaux, fortement en desaccord. Il pense qu'il faut demander à toute sa famille proche avant de rendre public son génome. Vos frères, soeurs, parents et enfants ont 50% de chances de partager une mutation que vous portez en simple copie (1 chromosome sur 2), et sont surs de porter au moins en simple copie une mutation que vous portez en double copie (les 2 chromosomes, on dit aussi homozygote). Razib a répondu en mettant cela dans un cadre très légaliste : il pense que l'approche de Larry et Rasmus implique de légiférer, et cela, en défenseur acharné des droits individuels, il est contre. Mais il me semble justifié de légiférer dès lors que l'exercice de la liberté des uns empiète sur la liberté des autres. Si je publie mon génome, cela implique effectivement des conséquences potentielles graves pour ma famille proche, et leur avis devrait être pris (certains de mes lecteurs seront rassurés de lire cela). Si je suis trop asocial pour comprendre cela, la communauté, via le législateur, me semble justifiée à intervenir.

La où je suis moins positif, c'est sur le rôle du conseil tribal. Je suis d'accord avec Rasmus et les autres auteurs que dans ce cas-ci c’était une bonne approche. Mais je suis d'accord avec Razib et d'autres qu'il faut se méfier de donner trop de pouvoir à de telles structures. Si un savoyard publie son génome, faut-il demander au conseil général de Savoie ? Qu'en pensent la Haute-Savoie et le Val d'Aoste ? Exemple rigolo, mais s'il s'agit d'un basque les enjeux politiques et culturels deviennent réels. A discuter pour la prochaine fois.

Redif : Il faut fumer en sautant sans parachute, ou la difficulté d'être objectif

Pendant les fêtes, je vais faire quelques rediffusions de billets de mon ancien blog sur blogspot. Voici la première redif. Billet original ici.

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Vous avez peut-être entendu parler dans les médias d'un papier scientifique qui se proposait de montrer que de fumer des cigarettes est bon pour les coureurs de fond. Dans le Canadian Medical Association Journal, classé 9ème parmi les journaux médicaux au niveau mondial.

L'auteur fait une revue de la littérature scientifique, et trouve qu'il a été établi que :

• La consommation de tabac a été associée avec des niveaux élevés d'hémoglobine : de fumer au moins 10 cigarettes par jour est associé à une augmentation de 3,5% d'hémoglobine. Contrairement à un séjour en altitude, l'effet est durable ; et contrairement au dopage, c'est légal. L'effet semble même augmenter avec l'âge, les personnes âgées ayant fumé ayant des taux d'hémoglobine encore d'avantage élevés par rapport à la moyenne. De plus l'effet du tabac semble augmenté par "une thérapie complémentaire d'éthanol", à savoir la consommation d'alcool. (Tous ces résultats viennent d'une même référence sérieuse.)


• Les fumeurs ont 50% de chances d'attraper une maladie chronique qui résulte en une augmentation du volume pulmonaires. Qui c'est d'autre qui a des gros poumons ? Les sportifs endurants. CQFD.


• Les coureurs de fond bénéficient d'un poids plus faible. Qu'est-ce qui diminue l'appétit ? Le tabac. Qu'est-ce qui l'augmente ? L'exercice. Faites les maths.

L'auteur termine en discutant que les effets du tabac sont surtout visibles sur le long terme, or il existe des législations contraignantes rendant plus difficile l'accès au tabac pour les enfants dans la plupart des pays développés. Ces obstacles sont moins présent dans les pays pauvres qui justement gagnent souvent les sports d'endurance. Coïncidence ? Une étude sur le tabagisme enfantin chez les sportifs africains reste à faire.
Il s'agit bien entendu d'un exercice parodique, mais avec un fond sérieux. Il s'agit de montrer comment un choix biaisé des sources, et la mise en relation de faits établis mais qui ne sont pertinents, permet de faire dire à la littérature scientifique ce qu'elle ne dit pas. Ce qui peut être très dangereux quand on commence à s'intéresser aux effets des médicaments, à la pollution, à la chasse des espèces rares, etc. Dans ces cas, ça ne sera pas toujours une parodie, et les erreurs seront moins évidentes, surtout pour les lecteurs qui ne demandent qu'à être convaincus.
D'abord un autre exemple : Un article dans le British Medical Journal (à ce propos : cherche exemples d'humour scientifique intelligent d'origine francophone. Hmm. [Benveniste ne compte pas, c'était involontaire]) pose une question tout-à-fait pertinente : où sont les études randomisées double-aveugle sur l'usage du parachute pour prévenir les traumatismes et décès liés aux défis gravitationnels ? En effet on ne devrait jamais prescrire un traitement préventif sans de telles études, en médecine moderne (dite en anglais "evidence-based"). Il existe une évidence anectodique de personnes ayant tombé de haut sans parachute et ayant survécu. En moyenne on voit a posteriori que les personnes ayant sauté avec parachute ont survécu plus souvent et en meilleur état que celles ayant sauté sans parachute. Mais il y a un biais : les personnes qui sautent de haut sans parachute sont souvent en mauvaise santé (au moins psychologique) avant le saut, alors que les personnes qui sautent de haut avec parachute sont souvent en bonne santé. Donc il manque bien une étude sérieuse, randomisée, c'est-à-dire que les personnes sont distribuées au hasard entre les groupes de traitement (ici, avec ou sans parachute). Exercice à faire à la maison pour la prochaine fois : justifier rationnellement pourquoi ne pas faire d'étude randomisée ici, mais en faire pour l'acuponcture, l'homéopathie et le nouveau médicament de Servier.
Plus sérieusement, ces articles attirent l'attention sur des problèmes qui peuvent se poser dans la recherche scientifique (pourquoi scientifique ? dans la recherche en général). Par exemple, un article de International Journal of Obesity discute le bais White hat bias (pour lequel je n'ai pas trouvé de traduction en français - même les hacker White Hat restent en anglais sur le wikipedia francophone). Cela consiste à sélectivement choisir les information, ou les interpréter de manière biaisée, en raison de bonnes intentions. Exemples donnés dans le papier:

• Deux papiers ont été publiés qui rapportent certains résultats significatifs, et d'autres non significatifs, sur la relation entre obésité et d'autres facteurs (mode de vie etc.). Parmi les articles citant ces études, plus des deux tiers les citent comme soutenant sans réserve ces relations, pourtant mal établies.


• Les articles financés par l'industrie trouvent des effets moins négatifs de l'alimentation sur l'obésité, que ceux financés par le public. Il semble que cela soit du aux chercheurs publics ne publiant que des résultats très significatifs, alors que ceux financés par l'industrie publient aussi les études peu significatives.


• De même, pour les études sur les effets de l'allaitement maternel, les études plus significatives sont d'avantage publiées. Dans ce cas, il n'y a apparemment aucun effet industriel, ou autre biais évident.


• Des rapports supposément basés sur la recherche (par exemple Organisation mondiale de la santé) citent de manière biaisée les parties des articles qui soutiennent leur conclusion globale.

Ce qui est important dans ces exemples, c'est que les biais sont de bonne foi : les personnes veulent améliorer la santé ou l'information du public. Mais manquent de rigueur, là où la rigueur serait apparemment contradictoire avec leurs objectifs. C'est privilégier le court terme (tout-de-suite dire que les aliments gras c'est vil) sur le long terme (la crédibilité de la recherche, et notre meilleure connaissance du monde), à mon avis.

Tout ceci n'est pas sans rappeler les IgNobel : des résultats qui nous font rire, puis nous font réfléchir. Une excellente combinaison somme toute.

Références françaises dans les articles scientifiques

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Il y a quelques mois j'avais eu des échanges Twitter sur la référence litéraire la plus fréquente dans les titres d'articles. Ca avait démarré parce que je devais expertiser un nième article avec "of mice and men" dans le titre. Une recherche rapide montrait que Frankenstein était nettement plus fréquent que "of mice and men", mais le gagnant était "A tale of two...", suggéré par Richard Sever ‏(@cshperspectives). Autres concurents malheureux, "to be or not to be" et "Ecce homo", et bien sûr "the Red Queen". Vous pouvez jouer vous-mêmes en utilisant dans Google Scholar la syntaxe :

intitle:"phrase a tester"

Du coup, je me suis demandé quelles étaient les références francophones les plus fréquentes dans les titres d'articles scientifiques. Alors là on ne va plus demander de la litérature, juste un mot français, OK ? Je précise que Google Scholar ne référence pas que les articles scientifiques, mais tout se qui est formaté comme tel, donc inclus des humanités. J'ai donc ajouté une recherche dans PubMed, qui indexe les articles de biologie et médecine (parfois au sens large).

Donc voici le tableau d'expressions françaises trouvées dans les titres d'articles indexés par Google scholar, ordonné par nombre d'occurences dans PubMed :

expression	Google Scholar titre	PubMed titre+résumé
déjà vu	872	500
laissez-faire	1110	158
milieu intérieur	15	92
avant-garde	5100	79
Ancien régime	291	43
bricolage	530	28
fait accompli	83	24
idée fixe	16	6
j'accuse	100	3
c'est la vie	26	2
je ne sais quoi	30	1
coup de grâce	15	0
enfant terrible	106	0
plus ça change	327	0

Etant donné que "déjà vu" est une expression passée en anglais courant, et que laissez-faire est utilisé dans un sens de système économique (ultra-libéral au sens européen), le premier terme français en recherche biomédicale semble être "milieu intérieur", merci Claude Bernard. J'aurais parié sur bricolage, mais je dois être biaisé par son utilisation en biologie évolutive. En dehors du biomédical, probablement en humanités, on remarque une forte influence des termes français "avant-garde" et "ancien régime".

Des idées d'expressions litéraires anglophones ou d'expressions francophones que j'aurais oublié d'évaluer ? Avez-vous un meilleur champion que A tale of two..., milieu intérieur ou avant garde ?

Accepte ton destin : le geek est fort en toi

[caption id="attachment_672" align="aligncenter" width="300"] cliquez sur l'image[/caption]

Dans la carrière d'un chercheur interdisciplinaire, il arrive souvent un moment où il faut accepter que l'on a passé une limite invisible, que l'on est autre que ce que l'on pensait devenir quand on a commencé ses études.

Peut-être avez-vous étudié la physique, et le temps est-il venu d'accepter que depuis le temps que vous publiez en génétique médicale, que vous êtes titulaire dans un département de génétique d'un hôpital, et que vous êtes invité à des conférences de génétique (mais pas de physique), eh bien il faut arrêter de vous présenter comme "physicien" dans les soirées mondaines. Peut-être êtes vous biologiste de formation, mais vous avez passé votre thèse à améliorer les méthodes statistiques, toutes vos publications concernent des nouveaux packages R, et maintenant on vous offre un emploi de biostatisticien, tout en continuant à faire des plans sur la comète concernant vos futurs "vrais papiers" de biologie. Peut-être êtes vous chimiste mais maintenant vous avez plus à dire sur les gènes impliqués dans les tumeurs que sur les progrès de la catalyse, et vous râlez aussi bien qu'un vrai biologiste sur la difficulté de travailler avec les médecins. Peut-être avez-vous passé la dernière année à optimiser des requêtes de base de données, peut-être vous contacte-t-on pour coordonner des développements d'ontologies, et pourtant vous avez toujours ce papier de biologie de votre thèse à finir.

(Toute ressemblance entre les cas ci-dessus et des connaissances à moi est le fruit de mon manque d'imagination et de ma paresse.)

Peut-être comme moi avez-vous passé des années à vous vexer quand on vous présentait à un nouveau collègue comme "le bioinformaticien", me défendant de bonne foi : mais non, je suis biologiste évolutif ; l'informatique et les statistiques sont des outils. Mais il a bien fallu admettre que le plus gros projet de mon groupe est une base de données, que j'ai participé à des jurys de thèse en informatique (moins quand même qu'en biologie), et que je suis chez moi dans des conférences de bioinformatique.

Est-ce grave docteur ? Si vous avez attaché votre identité personnelle à une communauté scientifique étroitement définie, oui (riez pas, j'en connais). Sinon, non, je ne pense pas.

Comme je l'ai expliqué dans un autre billet, je ne pense pas que les divisions entre les disciplines aient un sens profond. En fait, je ne suis même pas convaincu qu'une question telle que "qu'est-ce que le vivant ?" (ou sa variante la plus courante, "les virus sont-ils vivants ?") ait un sens intéressant. Nous cherchons à comprendre le monde autour de nous. Pour ce faire, nous devons le diviser en unités gérables par notre petit cerveau, nous devons apprendre un ensemble d'outils et de méthodes et maîtriser une certaine connaissance de base du domaine. Comme nous sommes limités dans l'espace et le temps, nos connaissances sont forcément aussi limitées. Mais elles peuvent évoluer avec le temps. Alors à un moment donné on va appartenir à une communauté donnée, constituée de collègues qui s'intéressent à peu près aux mêmes questions, utilisent plus ou moins les mêmes outils, et partagent un certain baggage commun de connaissances de base.

Parlant de connaissances de base, les débuts d'un domaine interdisciplinaire ça peut ne pas être triste. Aux débuts de la bioinformatique, ça ne manquait pas d'informaticiens qui ne savaient pas que le code génétique est basé sur des codons de 3 nucléotides, et je suis sur que la naïveté informatique des biologistes les faisait rire tout autant.

Alors quand une nouvelle opportunité s'offre à vous, faut-il demander "est-ce que ça correspond à mon engagement dans la systématique des escargots précambriens ?", ou faut-il demander "est-ce un projet intéressant ? suis-je bien placé pour le conduire au mieux ? vais-je apprendre des choses nouvelles qui m'intéressent ?". Je vote pour la deuxième réponse, et pas seulement parce qu'il n'y avait pas d'escargots au précambrien.

Et je vais donner mon avis (parce que c'est mon blog, na) sur le point le plus critique : dans tout travail y a des aspects ennuyeux ; normalement ils prennent le plus gros de votre temps, ou en tous cas c'est l'impression que ça donne : pipeter de l'eau dans des tubes, entretenir les cages des souris, débugger le code, vérifier les calculs, compter les bestioles sous le microscope, calibrer la colonne, etc. Alors la question à se poser est : est-ce que j'aime suffisamment ces détails ennuyeux, est-ce que je suis suffisamment motivé par le résultat final potentiel, pour que ça soit en fait un plaisir pour moi ? Corolaire, est-ce que je veux comme collègues des gens que ces mêmes détails passionnent ?

Maintenant que vous avez défini et accepté votre geek profond, l'aventure peut commencer.