Notes sur ma semaine en sciences 11 : de bonnes nouvelles et de la stochasticité

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• Sur le blog Elysa Chlorotica, un très bon commentaire sur les fameux crânes de Dmanisi et l'évolution humaine. Voir aussi ce commentaire sur le blog de PLOS.


• Un papier récent quantifie les problèmes expérimentaux dans l'estimation de la transcription dans une seule cellule, permettant potentiellement de quantifier les composants stochastiques et déterministes de l'expression des gènes au niveau cellulaire (voir cette revue [accès fermé, en anglais], ce petit billet de blog [en anglais], et mon râlage précédent concernant les arguments de JJ Kupiec sur la stochasticité de l'expression des gènes).


• Youpi ! Notre projet commun avec 3 autres labos lausannois sur la comparaison entre espèces des interactions gène-environnement dans le vieillissement a été accepté, on va recevoir plein de sous ! Chers théoriciens du complot, ça ne veut pas dire que je peux m'acheter une nouvelle Ferrari, mais que je peux embaucher un doctorant. C'est une très bonne nouvelle (franchement, qu'est-ce que je ferais d'une Ferrari ?).


• Mon collègue lyonnais Guy Perrière a écrit un article grand public sur la génomique et la bioinformatique dans Pour la Science, accès payant ici. Il fait un bon point sur la croissance des données de séquence disponibles dans des banques centralisées, et des problèmes posés par les nouvelles technologies très haut débit : paradoxalement, on produit tant de données qu'on n'arrive plus à les partager, et donc on arrive à un ralentissement de la croissance des données aisément disponibles.


• De super belles photos de microscopie sur le site de Wired.


• Un article sur notre base de données Selectome a été accepté pour publication. On pré-calcule la sélection Darwinienne (créatrice de nouveauté, par opposition à la sélection conservatrice) sur plein plein de gènes et de périodes évolutives, et vous y donne accès. Principale nouveauté : un meilleur contrôle qualité des données, donc moins de faux positifs. Le futur : des programmes plus rapides, qui nous permettront de faire les calculs sur encore plus de données. Tagada.


• Très bonne "histoire derrière le papier" sur le Dinoblog, qui permet de voir comment progresse la connaissance en paléontologie (lentement et avec plein de détails chiants, comme toute la science) et avec une discussion intéressante du concept de fossile vivant, même si perso je ne l'aime pas trop (le terme). Puis c'est des requins, ce qui est toujours cool. Petit râlage : pourquoi ne pas mettre un lien vers le papier lui-même ?


• Article expliquant la bioinformatique au grand public (anglais, accès libre) : Explain Bioinformatics to Your Grandmother! Mais pourquoi toujours les grand-mères ? Excellent commentaire sur le papier, voir aussi mon commentaire dans un billet précédent.