Notes sur ma semaine en sciences 4

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• Un bilan de 451 additifs alimentaires autorisés aux Etats-Unis entre 1997 et 2012 indique que l'expertise n'a jamais été indépendente, et qu'elle a été faite par un employé de la compagnie concernée dans 22% des cas. Clairement, un système à revoir. Article d'accès libre.


• J'ai commencé à écrire ma prochaine demande de financement au Fonds national suisse pour la science (je sais, pour un français dire "fonds national" ça sonne bizarre). On peut poser la question de la pertinence de l'écriture de ces projets, sachant que le meilleur prédicteur du succès d'un chercheur est sa productivité passée. Donc en regardant la mienne, on peut raisonablement s'attendre à ce que premièrement je continue à obtenir des résultats et à les publier, deuxièmement ces résultats ne changent pas la face du monde, et troisièmement qu'ils soient quand même utiles et cités par des collègues. Mais cet exercice est quand même important et utile. Cela me force à réfléchir à la cohérence de ce qu'on veut faire, au contexte international, et à convaincre des collègues de la pertinence de nos projets. Je pense que cela vaut le coup.


• Un compte-rendu intéressant d'analyse de la vigueur hybride dans le maïs cultivé : le fait qu'on obtient de meilleurs rendements en croisant deux souches pures bien choisies qu'en sélectionnant une souche seule (et c'est pourquoi la plupart des paysans rachètent des graines tous les ans, OGM ou pas).


• Un collègue améliore la productivité du manioc en Colombie grâce aux champignons microscopiques, j'y reviendrais. Communiqué de presse, article libre d'accès.


• Une nouvelle technique de compression de données spécifique aux génomes humains permet de ternir l'information génomique d'une personne en 2,5 Mb. A noter que cela suppose qu'on ait un génome de référence et qu'on ne code que les différences, donc le point de départ n'est que de 84 Mb, pas 3,2 Gb. C'est quand même 37% de mieux que le record précédent. Article (accès fermé).


• Un prototype de riz OGM qui fournit un anticorps contre un virus mortel (rotavirus) dans le Tiers Monde (news dans Nature). Mais me direz-vous, y a qu'à les rendre riches au lieu de faire des biotechnologies (y a vraiment un commentaire comme ça hélas). Sérieusement, c'est encore loin de l'application sur le terrain, mais c'est une approche originale et intéressante. Le risque bien sur c'est qu'alors que c'est relativement facile d'adapter un vaccin aux changements d'un virus, un OGM qui produit un anticorps donné risque d'être compliqué à mettre à jour quand le virus va évoluer une résistance.


• C'est officiel : si vous utilisez Gmail, vous abandonnez toute prétention à avoir une correspondence privée. Comme remarqué par Nicolas Le Novère, cela s'applique à toutes les communications passant par des tiers (en tous cas aux Etats-Unis).


• Commentaire Slashdot que je trouve intéressant : la carrière de Steve Jobs aurait consisté à rendre réelles les promesses de la "mère de toutes les démos".


• Intéressant par rapport au débat sur le libre accès aux publications scientifiques (open access) : alors que certains collègues arguent que le libre accès pose problème dans le Tiers Monde (parce qu'il faut payer pour publier), une université nigérianne a arrété ses abonnements (qui coutent très cher) et se repose presque exclusivement sur le libre accès. Interview dans The Guardian.


• Un billet de blog de Edzart Ernst, professeur de médecines alternatives, qui explique que sa formation de médecin ne comprenait pas d'apprentissage du pensée critique, et que c'est ses tentatives de comprendre l'homéopathie qui ont formé son esprit critique et son scepticisme.


• Dan Graur attaque une étude de génomique, et l'auteur répond. Presque comme des grandes personnes. Blog de Graur.


• Le poster présentant notre base de données Bgee sur l'expression des gènes et l'évolution pour la conférence ESEB (European society for evolutionary biology) est dans FigShare.


• Ca nous est tous arrivés, mais Rosie Redfield le discute publiquement (comme toute sa science d'ailleurs) : des compétiteurs qui "oublient" de citer votre travail quand ils se basent dessus pour le leur.


• Un petit ralage sur mon blog anglophone concernant l'abus du terme "dogme" dans les publications scientifiques.


• Dans un parallèle que je trouve intéressant avec la conclusion de mon billet de lundi sur la génomique des cellules HeLa, un billet de blog qui note que les "Big Data" nous retournent à une vie de village sans vie privée.