Encore une nouvelle technologie révolutionaire de séquençage de l'ADN, cette fois-ci portable

[caption id="attachment_2445" align="aligncenter" width="169"] cliquez sur l'image[/caption]

Comme on l'entend souvent (en tous cas si on lit des blogs de sciences), le séquençage de l'ADN se fait de plus en plus vite, de moins en moins cher, progressant à une vitesse bien supérieure aux progrès de l'informatique. Par exemple billet de Philippe Julien, de moi (génome à $1000), et bon article récent dans Le Monde.

La plupart des progrès récents sont dus à une société qui domine le marché, Illumina (voir cet article complet en anglais sur Forbes), bien que PacBio présente une alternative intéressante pour les génomes bactériens. Récemment, Mick Watson, bioinformaticien et bloggueur, a écrit sur son expérience avec un nouvel arrivant, Oxford Nanopore. Oxford Nanopore commercialise depuis très peu un séquenceur ultra-compact, le MinION, qui se branche dans la prise USB d'un ordinateur (Windows seulement apparemment pour le moment), et envoie les séquences directement dans l'ordinateur.

[caption id="" align="alignnone" width="204"] image de propagande du fabricant[/caption]

Alors qu'Illumina lit des fragments d'ADN de 100-200 nucléotides ("lettres" d'ADN) (mais plein plein !), et que PacBio lit jusqu'à 20'000 (mais plus souvent dans les 1000), MinION lit couramment des dizaines de milliers, et jusqu'à 100'000 sans problème, semble-t-il. Donc un génome bactérien d'un coup. Mike Mick Watson voit d'énormes possibilités pour un séquenceur si petit, si mobile, et si puissant, et a donc décidé d'écrire un premier logiciel permettant de traiter directement les données produites sur l'ordinateur auquel le séquenceur est branché. Il a mis une première description de sa méthode sur Bioarxiv (un serveur pour mettre des articles pas encore formellement publiés), et explique un peu sur son blog de quoi il retourne. Il tient à ce que son logiciel marche même sans bonne connection internet, pour que ce soit accessible à un vétérinaire de campagne, un médecin de brousse, etc.

Mike Mick voit un futur dans lequel ce vétérinaire, ce médecin, puisse identifier par séquençage le pathogène (bactérie, virus, etc) auquel il a affaire, et ait donc à disposition un test diagnostique rapide, exact, puissant et universel, avec lui tout le temps. Si ça marche, certaines des prédictions enthousiastes des débuts de la génomique (fin des années 1990) seront enfin en train de se réaliser, et cela va changer beaucoup de métiers et de pratiques autour de la biologie. Bon reste à voir ce que ça va donner quand ça sera réellement commercialisé à grande échelle.

(Orthographe du prénom corrigée, suite à remarque sur Twitter)

@marc_rr @BioMickWatson there was a strange polymerase error in the blog that changed Mick to Mike. Could be two BPS or a deletion. Not sure

— Andy Larrea (@AndyLarrea) August 26, 2014

Mise à jour : Mick signale sur Twitter que le papier a été accepté :

poRe manuscript accepted. Woot. Rest of the day has been terrible, but this is good news :-)

— Mick Watson (@BioMickWatson) August 26, 2014

@BioMickWatson Congratulations! (but I hope my blogpost was not part of the terrible day…)

— Marc RobinsonRechavi (@marc_rr) August 26, 2014

@marc_rr ha ha no, not at all...

— Mick Watson (@BioMickWatson) August 26, 2014