Aidez vos enfants à classifier des animaux comme des pro

[caption id="attachment_1144" align="aligncenter" width="199"] Cliquez sur le dessin[/caption]

Mes enfants ont un jeu de cartes sur les Primates (Bioviva Défi Nature), dans lequel ils doivent s'affronter sur le poids, la taille, la longévité et le temps de gestation de diverses espèces. Je recommende le jeu, il y a aussi des explications sur chaque espèce et un code couleur sur le statut de conservation de l'espèce (menacée ou non, voire danger critique d'extinction).

Un de mes enfants a essayé de classer les cartes pour mettre ensemble "les mêmes espèces". Bon comme chaque carte est une espèce différente, j'ai supposé qu'il voulait regrouper les espèces apparentées proches.

Premièrement, expliquer la classification binomiale : chaque nom latin d'espèce contient deux parties, par exemple Papio ursinus, le babouin chacma. La première partie est en fait le nom de genre, lequel est un regroupement d'espèces proches. Par exemple dans les babouins on a aussi Papio hamadryas. Donc on peut commencer par regrouper les espèces du même genre. Mais dans l'échantillon présenté cela présente peu de regroupements possibles.

Donc deuxièmement on va regarder la classification au degré suivant. Les discussions arcanes sur la définition d'une famille ou d'une sous-famille nous intéressent peu ici. Ce qui nous intéresse, c'est que dans le paradigme actuel de la classification taxonomique, on nomme des groupes qui correspondent à des espèces plus proches apparentées entre elles qu'à toute autre espèce. Donc on va trouver ces noms, et ça va nous donner les relations.

Heureusement le NCBI américain maintient une excellente resource gratuite sur internet sur la taxonomie (la classication des espèces), au nom original et poétique de NCBI Taxonomy. Si on cherche par exemple Papio ursinus on obtient l'information suivante :

Lineage (full): root; cellular organisms; Eukaryota; Opisthokonta; Metazoa; Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Simiiformes; Catarrhini; Cercopithecoidea; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Papio

Chacun de ces termes correspond à un groupe de la taxonomie. Cela commence en haut à gauche par le groupe le plus grand, le plus inclusif, à savoir la racine l'arbre de la vie puis le groupe "organismes cellulaires", et au fur et à mesure on trouve des groupes plus petits et plus spécifiques, pour finir sur le genre Papio dont nous étions partis. Pour regrouper les babouins avec leurs proches parents, cliquons donc sur le nom immédiatement à gauche de Papio : Cercopithecinae. Le résultat est un peu long pour le copier en entier ici, mais on trouve ainsi que les babouins Papio sont proches parents des mangabey Cercocebus et des macaques Macaca, entre autres.

Ca a beaucoup plu à mon fils, qui a fait des jolis tas de cartes et a appris quelque chose sur les relations entre primates, mais je sais que beaucoup de systématiciens (profession : classer les espèces, voir commentaires sur ce billet) n'aiment pas NCBI Taxonomy, qu'ils trouvent plein d'erreurs et pas à jour.

D'abord, de par sa mission de servir la bioinformatique, NCBI Taxonomy ne contient que les espèces pour lesquelles on connaît des données d'ADN ou de protéines. Ca fait pas mal d'espèces quand même. Ensuite, à ma connaissance aucune resource informatique (ou livre d'ailleurs) n'est complètement à jour en permanence dans ce domaine très changeant. Et les systématiciens aimant bien se disputer, il n'y a souvent pas une information non ambigue à jour, mais plusieurs alternatives (voir aussi ce billet). Le NCBI préfère dans ces cas-là attendre que le débat se soit calmé avant de modifier sa classification, ce qui lui donne un peu de retard mais évite de prendre partie dans les débats, ce qui me paraît sage. Enfin, il faut bien voir que le NCBI Taxonomy, comme Wikipedia, est aussi ce que l'on en fait. Récemment nous avons trouvé un terme mal utilisé (Coelomata) et un terme manquant (Dipnotetrapodomorpha), et nous avons demandé poliment et avec références et justification au NCBI de modifier leur taxonomie. Et ils l'ont fait. Résumé de nos interventions sur ces deux billets en anglais :
New taxon Dipnotetrapodomorpha in NCBI taxonomy
Don’t complain about NCBI taxonomy, improve it!

Ma conclusion est similaire à celui du billet sur l'hibernation : il existe beaucoup d'informations scientifiques de haute qualité à votre disposition sur internet, il ne faut pas hésiter à s'en servir.