Notes sur ma semaine en sciences

[caption id="attachment_1380" align="aligncenter" width="185"] cliquez pour voir un tweet rigolo sur notre conférence[/caption]

Voir précédent billet de notes pour le principe.

• Peut-être le meilleur article grand public que j'ai lu sur les OGM (en anglais) : article sur PBS (média public américain). C'est basé sur l'interview d'un chercheur en biologie végétale et agronomie qui vient d'une famille de fermiers, et travaille avec des fermiers aux Etat-Unis et en Asie. Il travaille avec les paysans, cherche des moyens d'être plus efficace en utilisant moins de pesticides, particulièrement dans les conditions de sécurité et de standards faibles des pays pauvres, et voit les OGM comme un bon outil pour ça. Il a été surpris et choqué par la réaction des anti-OGM urbains. Lisez tout l'article avant d'être content ou furieux.


• J'ai co-organisé un workshop, Quest for Orthologs, cette semaine. C'est fou tous les détails dont il faut s'occuper quand on est l'organisateur ! Excellentes discussions geeky sur les standards et formats pour parler d'orthologues, et sur l'utilisation que l'on peut en faire (voir ce billet et celui-ci).


• Observation intéressante dans la discussion durant le workshop: des simulations peuvent être très utiles pour montrer quand est-ce qu'une méthode ne marche pas, mais ne permetten pas de montrer qu'une méthode marche sur les vraies données (très complexes en biologie).


• PLOS Computational Biology a une série intéressante (et libre d'accès) sur la bioinformatique appliquée à la médecine : Translational Bioinformatics.


• Une bactérie avec 12'356 gènes protéiques ! Comme une mouche. Pour comparaison, E. coli qu'on étudie le plus et qui est dans notre ventre a environ 4'300 gènes. C'est une cyanobactérie, donc qui fait de la photosynthèse. Les chloroplastes qui permettent la photosynthèse dans les cellules des plantes vertes sont des cyanobactéries absorbées par les cellules eucaryotes. Article dans Genome Biology and Evolution (accès fermé).


• Dans le récent congrès de biologie computationnelle ISMB/ECCB, Nadja, une étudiante du labo, a eu un prix pour son poster, et Romain, un ex-étudiant du labo maintenant en Grande Bretagne, en a eu un autre pour le sien. Yo !


• Kevin Folta, biologiste des plantes qui a déjà utilisé son blog pour discuter avec une anti-OGM (mentionné ici), et qui a proposé en vain à des anti-OGM de collaborer pour reproduire une expérience (mentionné ici), a proposé de débattre avec les participants à une conférence anti-OGM. Surprenamment pour des gens qui cherchent à faire toute la lumière et à comprendre la réalité des choses, ils ont refusé. C'est la vie, comme disent les français.


• Le génome d'un rotifère bdeloide, publié dans Nature (libre accès), permet de comprendre un peu mieux comment un groupe large d'organismes multicellulaires survit sans reproduction sexuée depuis des dizaines de millions d'années. Très bon compte-rendu dans Le Monde.


• Une évaluation de tous les logiciels d'assemblage de génomes (passer de petits fragments d'ADN séquencés à un génome complet) arrive à la triste conclusion que pour le moment c'est la cata. Excellente collection de liens sur le site de l'Assemblathon.


• Réflexion intéressante dans le journal Current Biology sur l'historique de l'héroïne et l'impact de l'interdiction des drogues "récréatives" sur le développement de la neurobiologie. En gros l'auteur défend que la prohibition sauve peu de vies, mais en coûte beaucoup en inhibant la recherche et développement en pharmacologie neurologique. D'accès fermé malheureusement.


• Une analyse suggère que les micro-organismes ne forment pas d'espèces à proprement parler, d'après des arguments mathématiques. Pas eu le temps de lire, mais idée intéressante. Papier libre accès.


• Un article (libre accès) indique que des anti-fongiques appliqués aux plantes à fleurs peuvent affecter les abeilles en les rendant plus sensibles à des infections fongiques. Potentiellement très important.


• Un billet de blog attire mon attention sur un concours de compression de données spécifiquement pour les séquences d'ADN. Intersection intéressante d'informatique et de génomique.